Rekonstrukcijos projektui finansuoti numatyta skirti 44,9 mln. eurų iš valstybės ir savivaldybės biudžetų, iš PHARE programos ir iš EIB paskolos. PHARE ir valstybės biudžeto lėšomis jau iš dalies yra rekonstruotas dumblo ūkis bei parengtinio nuotėkų valymo įrenginiai.
Pastaruoju metu pradėtas įgyvendinti Panevėžio nuotėkų valymo įrenginių rekonstrukcijos pirmasis etapas, panaudojant EIB paskolą ir valstybės dotaciją. Trūkstamas lėšas - 9,3 mln. litų subsidiją pagal Lietuvos aplinkos ministerijos ir Švedijos tarptautinės plėtros agentūros (SIDA) bendradarbiavimo programą nutarė skirti Švedijos Vyriausybė. Pasirašyta finansavimo sutartis leis atlikti Panevėžio nuotėkų valymo įrenginių rekonstrukcijos pirmojo etapo projekte numatytus atnaujinimo darbus.