Tiesa, LJL generuojami pinigų srautai yra gerokai didesni nei skelbiamas grynasis pelnas. 2003 metais LJL amortizacijos ir nusidėvėjimo sąnaudos siekė 23 mln. litų.
Šiuo metu Danijos bendrovė "Trident Marine" bylinėjasi su Vyriausybe dėl LJL privatizavimo. Skelbta, kad "Trident Marine" iš Lietuvos Vyriausybės arbitraže reikalaus 50 mln. JAV dolerių už esą negautą naudą. Žiniasklaidos teigimu, Lietuvos teismams "Trident Marine" taip pat yra pateikusi 12-15 mln. litų ieškinį.
Danijos bendrovė "Trident Marine" bylinėjasi dėl to, kad Valstybės turto fondo viešojo konkurso komisija dar 2003 metais pašalino ją iš LJL privatizavimo konkurso.
Didžiausią 33 mln. litų kainą už 66,66 proc. LJL akcijų paketą pasiūliusi "Trident Marine" varžytis dėl teisės pirkti laivininkystę neteko suabejojus jos finansiniu patikimumu. LJL yra viena didžiausių šalies laivybos įmonių, eksploatuojanti maždaug 20 trampinių laivų laivyną.