Vis dėlto tos lengvatos pasiekiamos tik labai mažai daliai ūkio subjektų, kartu su savimi didina biurokratijos aparatą tiek valstybėje, tiek pačiose įmonėse, o pagal investicijas į mokslo tyrimus ir investicinę plėtrą vis tiek daugiau nei dvigubai atsiliekame nuo ES vidurkio.

Naudojantis pelno mokesčio lengvata moksliniams tyrimams ir eksperimentinei plėtrai (MTEP), tos išlaidos trigubinamos ir atskaitomos iš apmokestinamųjų pajamų. Vadinasi, jeigu įmonė turėjo 6 tūkst. eurų išlaidų, iš kurių 1 tūkst. buvo MTEP išlaidos, iš viso išlaidomis bus pripažįstami jau 8 tūkst. eurų. Jeigu pajamų iš viso buvo 10 tūkst., vadinasi, pelno mokesčiu bus apmokestinami tik 2 tūkst. vietoje 4 tūkst., jei nebūtų tokios lengvatos. Taip sumažėja pajamų dalis, kuri bus apmokestinama pelno mokesčiu.

Viskas skamba gražiai, tokia lengvata tikimasi paskatinti mokslinius tyrimus bei eksperimentus, siekiant spartesnės mokslo pažangos ir efektyvesnių sprendimų, kuriant produkciją. Tačiau pasikapsčius giliau, galima užčiuopti pavojingų biurokratijos apraiškų.

Mokslinių tyrimų ir eksperimentinės plėtros sąvoką galima skirtingai traktuoti. Pagal Lietuvos Respublikos mokslo ir studijų įstatymą, moksliniai tyrimai ir eksperimentinė plėtra – tai sisteminga kūrybinė gamtos, žmonijos, kultūros ir visuomenės pažinimo veikla ir jos rezultatų panaudojimas. Sąvokoje neužsimenama apie naujų žinių gavimą ar naujų produktų sukūrimą, tačiau situacija, kai gamybos būdas yra visiškai naujas vienai įmonei, tačiau jau seniai naudojamas kitos, bet pirmajai būtų nuoseklios pažinimo veiklos ir bandymų rezultatas, Lietuvoje į lengvatą pretenduoti negalėtų.

Vis dėlto Lietuvos institucijos MTEP skaido į tris rūšis: fundamentinius tyrimus (įgyti naujų žinių apie reiškinių esmę ir (arba) stebimą tikrovę), taikomuosius mokslinius tyrimus (eksperimentiniai arba teoriniai darbai, atliekami norint gauti naujų žinių ir pirmiausia skiriami praktiniams tikslams pasiekti), eksperimentinę veiklą (veikla, kurios tikslas kurti naujus produktus ar procesus arba tobulinti jau sukurtus produktus ar procesus).

Toks mokslinių tyrimų ir eksperimentinės veiklos apribojimas reikšmingai sumažina ir galimą ūkio subjektų naudojimąsi šia lengvata, nes nors ūkio subjektas ir vykdo mokslinę veiklą, nebūtinai ji yra „nauja“ ir dar nepritaikyta kito ūkio subjekto. Atsiranda neaiškumas bei papildomi kriterijai, kuriuos Mokslo, inovacijų ir technologijų agentūros (MITA) ekspertai, remdamiesi savo turima patirtimi, gali skirtingai įvertinti – ir nebūtinai ūkio subjekto naudai.

MTEP lengvata naudojasi labai nedidelis skaičius ūkio subjektų. Tik apie 1 proc. Lietuvos bendrojo vidaus produkto sukuriama vykdant mokslinius tyrimus ir eksperimentinę plėtrą. Statistikos departamento duomenimis, 2019 m. Lietuvoje veikė 1028 tokią veiklą vykdančios įmonės. MITA teigimu, 2018 m. MTEP lengvata iš viso pasinaudojo tik 204 įmonės ir tik 48 įmonės kreipėsi į MITA dėl ekspertinio vertinimo – įvertinti, ar išlaidos gali būti priskirtos moksliniams tyrimams ir eksperimentinei plėtrai.

Lengvatos dėka įmonėms pavyko sutaupyti apie 9 mln. 300 tūkst. eurų – taigi vidutiniškai po daugiau nei 45 tūkst. eurų vienai įmonei. Tai reiškia, kad išlaidų pripažinimo MTEP procesai didžiajai daliai ūkio subjektų apskritai yra neprieinami, o tiems, kam prieinami – neįkandami arba per brangiai kainuoja, o lengvatos pritaikymo nauda sąlyginai nedidelė.

Lengvatos pritaikymo ir mokestinių išlaidų sumažinimo procesas yra labai stipriai biurokratizuotas ir reikalaujantis nemažų išteklių. Yra keli atvejai, kai įmonei nėra prievolės kartu su mokesčių deklaracijomis pateikti MITA išvados dėl galimybės taikyti lengvatą. Pavyzdžiui, jei įmonė kartu su mokslo institucijomis vykdė mokslinę veiklą, tada gali naudotis MTEP lengvata, taip pat tos įmonės, kurios nuolat vykdo MTEP veiklą, gali pačios pripažinti išlaidas kaip MTEP, jei turi įdarbinusios du ekspertus, kurie yra įregistruoti MITA ekspertų bazėje ir praėję atranką.

Kitais atvejais, reikia teikti paraiškas į MITA dėl MTEP veiklų įvertinimo, o tai reiškia dar daugiau administracinių sąnaudų. Pavyzdžiui, subjektas privalo turėti apmokestinamojo vieneto vadovo ar jo įgalioto asmens patvirtintą MTEP darbų dokumentaciją, kurioje aprašyti atliekami MTEP darbai (jų tikslai, vykdymo eiga, kita svarbi informacija) ir panašiai. Taigi, ūkio subjektai norėdami pasinaudoti lengvata arba turi kreiptis į instituciją prašydami vertinimo, arba įdarbinti du specialistus, kurie tą procesą prižiūrėtų įmonės viduje. Kad tokie procesai per sudėtingi ir reikalauja per daug išteklių, parodo tiek mažas lengvata besinaudojančių subjektų skaičius, tiek ganėtinai maža „sutaupytų“ mokesčių dalis, vidutiniškai tenkanti vienai lengvata pasinaudojusiai įmonei.

Iš pirmo žvilgsnio palanki investicijoms, inovacijoms ir moksliniams tyrimams lengvata su savimi atneša daug biurokratijos, kai reikia valstybinių institucijų priežiūros ar įvertinimų, ar netgi poreikį įdarbinti asmenis, kurie būtų akredituoti lengvatą kuruojančios institucijos. Taigi, tokia lengvata neatlieka esminės savo funkcijos – paskatinti mokslinį ir technologinį progresą, lengvinant mokestinę naštą ūkio subjektams. Lietuvoje estiško pelno apmokestinimo modelio reikia ne tik todėl, kad esame paskutiniai regione jo neįsivedę, bet ir todėl, kad egzistuojančios lengvatos yra popierinės: jomis gali pasinaudoti ne visi, kurie investuoja ir siekia patobulinti gamybos procesus.