Siekiant šio tikslo, ES suteikė valstybėms narėms galimybę savo nuožiūra pasirinkti geležinkelių transporto sektoriaus valdymo modelį, nusprendžiant, kuris iš veiklos modelių labiausiai atitiktų rinkos ypatybių visumą ir specifiškumą – integruotas, iš dalies atskirtas ar visiškai atskirtas.
Šiuo metu Lietuvoje geležinkelių transporto sektoriaus veiklos valdymo modelis yra integruotas, t. y. AB „Lietuvos geležinkeliai“, valdoma valstybės, veikia tiek kaip viešosios geležinkelių infrastruktūros valdytoja, tiek ir kaip geležinkelių įmonė (vežėjas), o esmines viešosios geležinkelių infrastruktūros valdytojo funkcijas įgyvendina Lietuvos transporto saugos administracija.
Būtina atsižvelgti į tai, jog viešosios geležinkelių infrastruktūros valdytojo funkcijas vykdant keliems subjektams, t. y. AB „Lietuvos geležinkeliai“ ir Lietuvos transporto saugos administracijai, sudėtinga įgyvendinti viešosios geležinkelių infrastruktūros valdytojo veiklos skaidrumo, nešališkumo ir nepriklausomumo nuo geležinkelių įmonių (vežėjų) reikalavimus, kurie turi būti įtvirtinti įgyvendinant ES teisės aktus.
AB „Lietuvos geležinkeliai“ susilaukia nemažai kritikos dėl esamos situacijos, kadangi į rinką nėra įleidžiamos privačios geležinkelių įmonės (vežėjai), norintys teikti keleivių, bagažo ir krovinių vežimo paslaugas, nes AB „Lietuvos geležinkeliai“ šiuo metu turi visas galimybes suteikti sau prioritetines sąlygas skirti geležinkelių infrastruktūros pajėgumus ir teikti atitinkamas paslaugas.
Privatūs vežėjai šiuo metu jaučiasi diskriminuojami, kadangi AB „Lietuvos geležinkeliai“ veikia kaip monopolis, neįleisdama į rinką jokių naujų geležinkelių įmonių (vežėjų). Dėl šios priežasties net yra kreiptasi į Europos Komisiją, siekiant įvertinti AB „Lietuvos geležinkeliai“ elgesį kaip pažeidžiantį geležinkelių įmonių (vežėjų) interesus ir atitinkamai ES teisės aktus.
Eiti šiuo keliu nuspręsta pasirėmus Vokietijos pavyzdžiu. LR Susisiekimo ministerijos buvo įvertinta, jog visiškai atskirto geležinkelių transporto sektoriaus veiklų valdymo modelio pasirinkimas vertintinas kaip rizikingas dėl galimybių trečiųjų valstybių (Rusijos Federacijos, Baltarusijos Respublikos ir kt.) kapitalo įmonėms perimti pelningiausius vežimus geležinkelių transportu Lietuvoje.
Kadangi šių šalių, o ne ES valstybių narių, geležinkelio įmonės (vežėjai) yra suinteresuotos ir turi išteklius (finansinius, technologinius) aktyviai veikti Lietuvos geležinkelių transporto rinkoje (vykdyti vežimus geležinkelių transportu ir kitas su geležinkelių transportu susijusias veiklas). Tačiau Lietuvos ir kitų ES valstybių narių geležinkelių įmonės (vežėjai) veikti minėtose trečiosiose valstybėse galimybių neturi, todėl egzistuoja asimetrinė konkurencija.
Dėl minėtų priežasčių nurodytų trečiųjų valstybių kapitalo įmonių veikla Lietuvos geležinkelių transporto rinkoje buvo įvertintina kaip kelianti grėsmę Lietuvos ekonomikai ir nacionaliniam saugumui.
Visgi atsižvelgtina į tai, jog AB „Lietuvos geležinkeliai“ sukūrus iš dalies atskirtą viešosios geležinkelių infrastruktūros valdymo modelį, kuriame viešosios geležinkelių infrastruktūros valdytojo funkcijas, taip pat keleivių, bagažo ir krovinių vežimo vietiniais ir tarptautiniais maršrutais paslaugas vykdys atskiros bendrovės, AB „Lietuvos geležinkeliai“ vis tiek išliks visų šių bendrovių akcijų savininke. Tai reiškia, jog nors ir tikimasi didesnio skaidrumo bei nešališkumo geležinkelių įmonių (vežėjų) atžvilgiu, vis tik išlieka didelė interesų konflikto galimybė.
Paminėtina, jog AB „Lietuvos geležinkeliai“ nemažai kritikos susilaukia dėl kryžminio subsidijavimo, kai nepelningos keleivių vežimo paslaugos yra dotuojamos iš pelną nešančio krovinių pervežimo. Esant iš dalies atskirtam geležinkelių infrastruktūros valdymo modeliui, kryžminio subsidijavimo tikimybė išlieka.
Manytina, jog visiškai atskirtas viešosios geležinkelių infrastruktūros modelis yra veiksmingiausias konkurencingumo skatinimo metodas, galintis užtikrinti didžiausią viešosios geležinkelių infrastruktūros skaidrumą ir nešališkumą.
Keliant klausimą, ar buvo būtinas geležinkelių transporto veiklos modelio keitimas, vienareikšmiškai galima patvirtinti, jog tai padaryti buvo būtina. Kaip minėta, esminė šių pokyčių priežastis – būtinumas perkelti į nacionalinę teisę ES teisės aktų nuostatas. Lietuva, būdama ES valstybe nare ir įsipareigojusi geležinkelių transporto srityje įgyvendinti geležinkelių transporto veiklos pokyčius, privalėjo atlikti atitinkamus veiksmus, siekiant įtvirtinti ES teisės aktų reikalavimus.
Iš vienos pusės, Lietuva, pasirinkdama iš dalies atskirto geležinkelių transporto sektoriaus veiklos valdymo modelį, gali būti tikra, jog teoriškai šis pasirinkimas padės įgyvendinti ES teisės aktuose keliamus nediskriminavimo, nešališkumo ir finansinio skaidrumo principus, tačiau vertinant iš kitos pusės, kyla daug abejonių, ar AB „Lietuvos geležinkeliai“ įsteigtos dukterinės bendrovės viešosios geležinkelių infrastruktūros valdymo bei keleivių, bagažo ir krovinių paslaugų teikimo funkcijoms atlikti yra tinkamas sprendimo būdas, siekiant minėtų principų ir iš jų sekančių reikalavimų bei pareigų ES lygiu įgyvendinimui.
Manytina, jog didžiausias nešališkumo ir skaidrumo principų įgyvendinimas galėtų būti pasiekiamas, kuriant visiškai atskirto geležinkelių transporto sektoriaus veiklos valdymo modelį.
Taigi geležinkelių transporto sektoriaus veiklos pasikeitimų kontekste – nieko naujo. Vertintina, jog perdavus viešosios geležinkelių infrastruktūros valdymą naujam subjektui, tikėtina, kad nebus sudarytos sąlygos skaidriam ir nešališkam bendradarbiavimui su geležinkelių įmonėmis (vežėjais) ir šie pakeitimai nesudarys sąlygų atverti rinką ir įsileisti naujas geležinkelių įmones (vežėjus), jų nediskriminuojant. Pastaroji išvada daroma, nes nors ir kuriama vertikaliosios integracijos įmonių grupė, vis tiek naujai steigiamų bendrovių akcijų savininke išlieka AB „Lietuvos geležinkeliai“.
