Toks teismo išaiškinimas nurodo vieną iš PVM sistemos esminių elementų, aiškiai išreikštų tiek Direktyvoje 2006/112, tiek PVM įstatyme. Tačiau prireikė beveik septynerių metų ir teismo nutarties, kad paslaugos teikėjas, bendru sutarimu su paslaugos gavėju sutaręs dėl paslaugos kainos sumažinimo, neprivalėtų sumokėti PVM nuo sumos, kurios paslaugos gavėjas nesumokėjo ir neturi mokėti paslaugos teikėjui.
Mokesčių mokėtojas, po beveik septynerius metus trukusio įrodinėjimo galės susigrąžinti permokėtą beveik 285 tūkst. eurų PVM.
Faktinės aplinkybės: Mokesčių mokėtojas (Bendrovė) pagal 2005 metais sudarytą nuomos sutartį (įskaitant vėlesnius jos pakeitimus) nuomojo nekilnojamąjį turtą PVM mokėtoja įregistruotai įmonei (Nuomininkui). Nuomos sutartyje buvo nustatytas nuomos mokesčio apskaičiavimo mechanizmas, o 2007 m. nuomos mokestis indeksuotas pagal vartotojų kainų indeksą. Jau nuo 2008 m. Nuomininkas pradėjo nebemokėti pilno nuomos mokesčio dėl skirtingai suprantamos vartotojų kainų indekso reikšmės apskaičiuojant nuomos mokestį, nuo 2009 m. pradėjo kauptis nesumokėtos nuomos mokesčio sumos dar ir dėl nekilnojamojo turto nuomos segmente prasidėjusių sunkumų.
Bendrovė ir nuomininkas derėjosi dėl sumos, kurią pagal Bendrovės išrašytas PVM sąskaitas faktūras Nuomininkas privalėjo sumokėti, tačiau dar nebuvo sumokėjęs, sumažinimo, taip pat dėl būsimų mokėjimų už turto nuomą. Po šalių derybų buvo sudarytas nuomos sutarties pakeitimas (Pakeitimas), kuriuo susitarta sumažinti Nuomininko nesumokėtą mokėtiną sumą iki sutartos konkrečios sumos. Ginčas dėl nuomos mokesčio skaičiavimo ir mokėjimo buvo išspręstas teisme taikos sutartimi. Visą derybų laikotarpį Bendrovė rašė PVM sąskaitas faktūras Nuomininkui, o visą nuomininkui išrašytose PVM sąskaitose faktūrose išskirtą PVM mokėjo į biudžetą, nors ir iš Nuomininko apmokėjimo (atlygio) negavo.
Nuomininkas, nors Bendrovei nemokėjo PVM, bet PVM sąskaitose faktūrose išskirtą PVM įtraukė į atskaitą ir taip sumažino mokėtino PVM sumą, tačiau kai Bendrovė išrašė kreditinę PVM sąskaitą faktūrą, sąskaitą grąžino Bendrovei nurodydamas, jog tokio dokumento išrašymas neatitinka Nuomos sutarties ir pakeitimo nuostatų. Taigi Nuomininkas nepatikslino PVM deklaracijų, nesumažino per daug atskaityto PVM ir PVM į biudžetą nesumokėjo. Esant tokioms aplinkybėms 2011 m. Bendrovė mokesčių administratoriui pateikė prašymą grąžinti beveik 1 mln. litų PVM permoką.
Šiame procese mokesčių administratorius atsisakymą pripažinti PVM permokos faktą motyvavo įvairiais teiginiais. Dalis jų prieštaravo vieni kitiems, o dalį pats mokesčių administratorius vėliau pripažino neteisingais.
Teismas padėjo tašką procese trumpa, konkrečia ir aiškia nutartimi, konstatavęs, jog visi įstatyme nurodyti kreditinio dokumento išrašymo atvejai sietini su aplinkybe dėl mokėtino / gautino atlygio pasikeitimo, o tai gali lemti įvairios aplinkybės, kurių teisėkūros subjektas nėra apibrėžęs. Kai nustatoma bent viena iš aplinkybių, kyla prievolė išrašyti kreditinę PVM sąskaitą faktūrą. Bendru sutarimu nustatyta mažesnė nuomos kaina nulemia atlygio už nuomą sumažėjimą, o tai reiškia, kad keičiasi ir apmokestinamoji vertė. Taigi kyla pareiga išrašyti kreditinį dokumentą.
Iš vykusio proceso matyti, jog mokesčių mokėtojas gali būti labai nustebintas tiek mokesčių administratoriaus motyvų, tiek jų kaitos, netgi aplinkybių vertinimo be jokių nuorodų į teisinį reglamentavimą. Tačiau kartu ši istorija parodo, kaip gali būti sunku susigrąžinti permokėtą mokestį, kai suma yra sąlyginai nemaža, o kita šalis, atskaičiusi PVM, nenori tikslinti atskaitos ir papildomai mokėti PVM, nors paslaugos teikėjui už paslaugą sumokėjo mažiau, nei suma, nuo kurios apskaičiavo atskaitytiną PVM.
