Pirmaisiais krizės mėnesiais patogeno pokyčiai, regis, buvo riboti, nereikšmingi. Kievienas britų išnagrinėtas genomas atrodė panašus į ankstesnį, ir net šios srities specialistai gana skeptiškai vertino tokias pastangas.

„Žmonės iš tiesų manė, kad tai laiko švaistymas, – sakė Nickas Lomanas, Birmingamo universiteto genomikos ir bioinformatikos profesorius, padėjęs inicijuoti projektą. – Būta tokio jausmo, „lyg kolekcionuotum labai brangius pašto ženklus drebinant pandemijai“.

Vėliau pavojingos viruso atmainos, atsiradusios Anglijoje, Pietų Afrikoje ir Brazilijoje, išsklaidė bet kokias abejones dėl sistemos svarbos. Kitos valstybės skuba pasivyti britus sekų nustatymo sferoje, o Joe Bideno administracija vasarį paskelbė skirsianti beveik 200 mln. JAV dolerių atmainų sekimui, pasitelkiant į pagalbą spartesnę JAV ligų kontrolės ir prevencijos centrų (CDC) priežiūrą.

Britų visuomenės sveikatos agentūrų ir akademinių institucijų grupė „Covid-19 Genomics U.K. Consortium“ tapo pasauliniu genomų analizės modeliu ieškant ženklų, rodančių, kad koronavirusas įgauna galią plisti – arba žudyti.

Foto: PA / Scanpix

Vis daugiau mokslininkų atidžiai stebi, ar naujosios atmainos gali būti atsparios „Johnson & Johnson“, „AstraZeneca Plc.“, „Moderna Inc.“ ir partnerių „Pfizer Inc.“ ir „BioNTech SE“ vakcinoms, į kurias dideles viltis deda pasaulis. Koronavirusas viso pasaulio mastu jau pareikalavo daugiau nei 2,5 mln. gyvybių.

Britų grupė, vadovaujama Kembridžo universiteto mikrobiologės Sharon Peacock, planuoja plėsti mokymus visuomenei – nuo laboratorijų technikų iki politikos formuotojų – taip siekdama sustiprinti stebėseną visame pasaulyje. Virusui plintant, nerimaujama, kad kai kurie regionai pristigs ne tik vakcinų, bet ir galimybių susekti mutacijas, kurios gali pakirsti visas imunizacijos kampanijas.

Viruso sekimas

„Daugelyje pasaulio dalių mes nesekame viruso“, – interviu sakė Sh. Peacock. Ji baiminasi, kad ateis laikai, kai „pasaulis bus padalytas į dvi dalis: vietoves, kurios neturi jokios informacijos apie virusą, negali visu pajėgumu pasinaudoti vakcinavimo paslaugomis ir kenčia dėl didelio sergamumo“ ir visas kitas.

Artimiausi keli viruso evoliucijos stebėjimo mėnesiai bus kritiniai.
Sharon Peacock

Programos, pavadinimu „COG-UK“, idėja gimė ankstyvosiose diskusijose su Jungtinės Karalystės vyriausiuoju moksliniu patarėju Patricku Vallance‘u, ir vos per kelias savaites, Sh. Peacock pakvietus į pagalbą N. Lomaną ir kitus mokslininkus, ši programa įgavo realų pavidalą. Jie sulaukė pradinės 20 mln. svarų sterlingų (28 mln. JAV dolerių) vyriausybinės paramos.

Mokslininkai COVID-19 pacientų mėginius nagrinėja regioninėse laboratorijose ir mokslinių tyrimų institute „Wellcome Sanger Institute“, esančiame į pietus nuo Kembridžo.

Genomų atsekimo tempai paspartėjo iki 30 000 SARS-CoV-2 genomų – trigubai, lyginant su tempais prieš porą mėnesių. Šis rodiklis yra daugiau nei dvigubai didesnis nei JAV, net atsižvelgus į galingą impulsą, kurį suteikė CDC naujoji direktorė Ropchjelle Walesnky, paskirta eiti šias pareigas sausį.

Iki šiol COG-U.K. prisidėjo beveik puse koronaviruso sekų, dalydamasi šiuo vaidmeniu su pasauline duomenų baze GISAID. Didelė dauguma viruso pokyčių yra nekenksmingi, bet keletas jų verčia nerimauti.

Sharon Peacock
Foto: Stopkadras

„Evoliucijos proveržis“

Gruodžio pradžioje, nepaisant griežtesnių ribojimų, infekcijų rodikliai šoktelėjo aplink Londoną ir Kentą pietrytinėje Anglijoje. Britų programos mokslininkai pastebėjo tam tikrų neįprastų požymių. Bent pusė ligą sukeliančių virusų genetiškai atrodė labai panašūs.

Grupė bendrų šio viruso atmainos pokyčių išsiskyrė nuo likusių genealoginio medžio duomenų, teigė Birmingamo universiteto profesorius Nickas Lomanas, perspėdamas apie „evoliucijos proveržį“.

Tolesnė analizė parodė, kad atmaina yra daug lengviau perduodama nei ankstesnės atmainos. Maža to, ji jau buvo pakeliui į kitas šalies dalis.

Likus šešioms dienoms iki Kalėdų, šalies premjeras Borisas Johnsonas sugriežtino judėjimo bei kelionių kontrolę ir „sunkia širdimi“ perspėjo apie naują ir labiau užkrečiamą atmainą, pavadinimu B.1.1.7. Netrukus ji išplito į dar 50 šalių, įskaitant Jungtines Valstijas, Australiją, Vokietiją ir Singapūrą.

Mutacijos, kurių tuo metu atsirado Pietų Afrikoje ir Brazilijoje, sugebėjo sumažinti – bet ne užgesinti – vakcinų veiksmingumą. Tai suteikė postūmį įmonėms, tokioms kaip britų „Oxford Nanopore Technologies“, kurios gamina įrangą virusų sekoms nustatyti.

Darbas, atliekamas Jungtinėje Karalystėje, yra „nepaprastai sumenkinamas ir neįvertinamas“, sakė Gordonas Sanghera, „Oxford Nanopore“ vykdomasis direktorius.

„Virusas mutuos ir judės. Tos šalys, kurios intensyviai jį seka, jį atpažįsta. Būtina suprasti, kas jis yra, ir būtina veikti greitai“, – sakė jis.

Nepaisant pastangų susekti virusą ir užtikrinti vakcinų atsargas, Jungtinė Karalystė Europoje pirmauja pagal viruso aukų rodiklį. Taip nutiko dėl ankstesnių pandemijos metu padarytų klaidų, vyriausybė iki šiol dėl jų sulaukia didžiulės kritikos.

Foto: PA / Scanpix

Naujų atvejų skaičiui mažėjant ir vakcinacijos kampanijai sparčiai judant į priekį, B. Johnsonas pareiškė, kad pandemijos pabaiga Anglijoje „jau tikrai matyti“ ir pristatė planą, kaip bus švelninami dėl koronaviruso pandemijos įvesti ribojimai.

Nors mokslininkų žinios apie virusą smarkiai išsiplėtė, vis dar trūksta informacijos apie jo evoliuciją, pradėjus daugiau domėtis tokiais variantais kaip rekombinacijos. Jų gali atsirasti, kai du skirtingi viruso genomai vienu metu užkrečia tą pačią ląstelę-šeimininką ir apsikeičia genetine medžiaga.

„Artimiausi keli viruso evoliucijos stebėjimo mėnesiai bus kritiniai“, – sakė Sh. Peacock. Jos ir jos kolegų komanda surengia per 50 „Zoom“ vaizdo skambučių per savaitę, sekdama virusą „nenuleisdama akių nuo daugybės mutacijų, kurios, panašu, gana ženkliai pakeičia biologinę sudėtį.“

Kembridžo mokslininkė ir jos kolegos stengiasi, kad jų bendradarbiavimas su pora dešimčių šalių įgautų daugiau oficialumo. Siekdami maksimizuoti savo darbo poveikį, jie mėgina integruoti pastangas į bendrą JK visuomenės sveikatos agentūrų veiklą.

„Mums to prireiks per kitą pandemiją“, – sakė ji.

Nebūtina būti turtingam, kad susektum virusus, sako N. Lomanas. Kongo Demokratinė Respublika užima gan stiprią poziciją, dėl savo patirties stebint „Ebola“ virusą. Bet ateityje nepakaks turėti stiprią genomų sekimo sistemą, sako Jeremy Farraras, „Wellcome“, Jungtinėje karalystėje veikiančios sveikatos mokslinių tyrimų fondo, direktorius.

Sekimas turi būti siejamas su „visuomenės sveikatos atsaku norint sugebėti jį perprasti“, sakė jis. „Kitu atveju, jūs turėsite tūkstančius atmainų, kurių išaiškinti bus neįmanoma neturint epidemiologinių duomenų“, – sakė J. Ferraras.

Tuo tarpu vakcinų kūrėjai ruošiasi, esant būtinybei, patobulinti vakcinas pritaikant jas prie atsirandančių atmainų ir susiduria su nauja banga neaiškumų. Galimybė, jog pasauliui reguliariai reikės vakcinų, kaip kad reikia gripo vakcinų, kurios kasmet turi būti performuluojamos, tampa vis labiau reali.

„Naujų variantų stebėsena ir pastangos pažaboti tuos, kurie kelia didžiausią rūpestį, greičiausiai užims daugiau mūsų laiko ateinančius metus, – sakė N. Lomanas. – Situacija gali būti panaši kaip ir su gripu, ir, panašu, kad likusį laiką turėsime ties tuo dirbti.“