Jonas Paulius II buvo pirmasis Romos Katalikų bažnyčios vadovas, kuris įžengė į mečetę. Tai įvyko 2001 m. jo ganytojiškos kelionės po Siriją metu. Per pastaruosius du dešimtmečius popiežius stengėsi, kad dvi pasaulio religinės bendruomenės nekonfliktuotų, bet bendradarbiautų. Pasaulyje yra apie 1,1 milijardo katalikų ir 1,2 milijardo musulmonų.
Palestiniečių ir Afganistano lyderiai dėkojo Jonui Pauliui II už jo paramą jų tautų laisvės siekiui, o Indonezijos, Malaizijos ir Bangladešo dvasininkai išreiškė viltį, kad popiežiaus įpėdinis tęs Šventojo Tėvo misiją stiprinti tarpusavio supratimą tarp katalikų ir musulmonų.
Palestiniečių prezidentas Mahmoudas Abbasas popiežių pavadino "dideliu religiniu veikėju, kuris savo gyvenimą pašventė taikos, laisvės, teisingumo ir visų rasių bei religijų lygybės ir mūsų tautos teisės į laisvę gynimui".
Afganistano prezidentas Hamidas Karzai pasakė: "Mes prisiminame, kaip Sovietų sąjungos okupacijos Afganistane metais popiežius pareiškė paramą Afganistano tautai".
Irano prezidentas Mohammadas Khatami teigė, kad pontifikas buvo įvaldęs tris sritis: religinio mokymo, filosofinės minties ir poetinės bei meninės kūrybos.
Tapęs pirmuoju ne italų kilmės popiežiumi per 455 metus, Jonas Paulius II atsisakė daugybės Vatikano formalumų. Jis lankėsi įvairiose šalyse, parašė penkias knygas ir parengė religinės muzikos rinkinį.
Daugelis musulmonų bendruomenių išreiškė viltį, kad mirusio Šventojo Tėvo įpėdiniai tęs supratimo tarp abiejų religijų politiką. Vienas iš ryškiausių įvykių dviejų religijų santykiuose buvo 1986 m. Vatikano išsiųstas kvietimas musulmonų bendruomenei ir kitų religijų atstovams Asyžiuje kartu pasimelsti už taiką.
Islamo pasaulis taip pat vertina Jono Pauliaus II pareikštą kritiką dėl JAV vadovaujamos invazijos į Iraką.
Pakistano islamistų aljanso atstovas sakė, kad JAV prezidento George'o W.Busho "kalbos apie Kryžiuočių žygį yra akivaizdus Jono Pauliaus II pastangų skatinti religijų dialogą ir santarvę neigimas".
Vienos iš Filipinų įtakingiausių islamistų grupuočių lyderis anapilin išėjusį Šventąjį Tėvą pavadino "tarpusavio supratimo tiltu" tarp krikščionių ir musulmonų bendruomenių.
"Aš buvau sujaudintas, kai jis atleido jį bandžiusiam nužudyti musulmonui", - sakė Filipinų Ulamos lygos atstovas Sharifas Julabbi.
Turką Mehmetą Ali Agcą, kuris 1981 m. pasikėsino į popiežiaus Jono Pauliaus II gyvybę, giliai sujaudino žinia apie Šventojo Tėvo mirtį, sakė M.A.Agca brolis Adnanas.
M.A.Agca šiuo metu atlieka bausmę Stambulo kalėjimo. Popiežiaus žudiko brolio teigimu, Mehmetas liūdi dėl "didelio draugo mirties".
"Jis apimtas gilaus liūdesio ir sielvarto. Jis mylėjo popiežių. Jų asmeninė draugystė užsimezgė, kai Mehmetas Ali kalėjo Italijoje, ir jie paskelbė apie savo brolybę. Popiežius mano broliui ir visiems šeimos nariams rodė savo artumą. Jis buvo didis žmogus", - sakė nusikaltėlio brolis. Jis pridūrė, kad pontifikas jį ir jo motiną Vatikane priėmė net šešis kartus.
Jonas Paulius II į jo gyvybę pasikėsinusiam žudikui atleido, kai 1983 m. apsilankė jo kalėjimo kameroje Italijoje, praėjus dvejiems metams po pasikėsinimo Romos Šv. Petro aikštėje. M.A.Agca šovė į Šventąjį Tėvą, tačiau Katalikų bažnyčios vadovas po šio pasikėsinimo išgyveno.
Daugelis pasaulio žmonių sveikino popiežiaus susitaikymą su M.A.Agca, nes tai atitinka vieną iš svarbiausių krikščionybės principų - atleisti kitam žmogui.
Devyniolika metų už šį nusikaltimą praleidęs Italijos kalėjime, 2000 m. turkas buvo perduotas savo šalies teisėsaugai, kad atliktų bausmę už kitus nusikaltimus.
M.A.Agca yra pateikęs įvairių prieštaringų versijų, kodėl jis kėsinosi į popiežiaus gyvybę. Viena iš versijų - kad šį pasikėsinimą surengė Sovietų sąjungos saugumo tarnyba KGB ir Bulgarijos komunistinės eros saugumo tarnybos, kurios esą baiminosi, jog Jonas Paulius II organizuos judėjimą prieš komunizmo režimą Rytų Europoje.