Šiandieninė agentūra yra tiesioginė ČK, kurią Vladimiras Leninas įkūrė po bolševikų revoliucijos, NKVD, liūdnai pagarsėjusio 4-ojo dešimtmečio valymais bei šimtų tūkstančių žmonių nužudymu, bei KGB įpėdinė. Žlugus Sovietų sąjungai, KGB skilo į atskiras agentūras ir patyrė pažeminimą. Saugumo tarnybos buvo įstumtos į naują atvirumo erą, o į jos archyvus pirmą kartą buvo įleisti mokslininkai, pradėję tirti Josifo Stalino laikmečio nusikaltimus.
Daug gudresnių ir sumanesnių KGB darbuotojų per praėjusio amžiaus 10-ojo dešimtmečio chaosą išėjo iš agentūros ir pasinaudoję pažintimis bei informacija pasuko į verslo sritį, tapdami saugumo konsultantais, meistrais ar savarankiškais verslininkais. Tarp jų buvo ir dabartinis Didžiosios Britanijos laikraščių „Evening Standard“ bei „Independent“ savininkas Aleksandras Lebedevas, prieš tai dirbęs jaunesniuoju tarnautoju Sovietų sąjungos ambasadoje Londone. Savo turtus jis susikrovė panaudodamas žinias apie tarptautines finansų rinkas.
1999 metais Borisas Jelcinas tuometiniam agentūros direktoriui Vladimirui Putinui, neseniai užėmusiam vadovo poziciją po karjeros žemesniuose tarnybos ešelonuose, pasiūlė tapti ministru pirmininku.
V. Putinui einant ministro pirmininko, o vėliau ir prezidento pareigas, buvo atgaivinta didžioji dalis FST galios. Daug buvusių jo kolegų iš KGB užėmė aukštus postus vyriausybėje ar stojo prie valstybinių įmonių vairo. Vadovavimo grandine leidžiantis žemyn, buvo užmerktos akys prieš FST generolus, besirūpinančius savo asmenine gerove: dabar nebuvo būtina išeiti, kad praturtėtum. Vienas aukštas pareigūnas skundėsi, kad slaptosios tarnybos „kareiviai“ tapo „prekybininkais“.
Nepaisant reputacijos, jog yra lėtai dirbanti biurokratija, FST seniai remiasi savo sričių entuziastais, kurie padeda jai žengti į priekį technologijų srityje. Pagal seną tradiciją agentūra žvejoja garsiausių šalies technologijų institutų paskutinio kurso studentus ir kviečia dirbti gabiausius absolventus.
Agentūra turi savo pačios specialų Kriptografijos ir informacijos apsaugos institutą, žinomą kaip IKSI. Anksčiau jis specializavosi kodų iššifravimo srityje, bet dabar daugiausia dėmesio skiria informacijos apsaugai. Instituto puslapyje FST svetainėje giriamasi, jog čia dirba daugiau kaip 200 profesorių, mokančių studentus visko, ką reikia žinoti apie kompiuterių sistemas ir saugumą. Vienintelis trūkumas tas, kad FST informacinių technologijų vunderkindų atlyginimai, bent jau oficialiai, yra kur kas mažesni, negu būtų stambiose technologijų įmonėse.
Priešingai negu KGB atveju, FST nėra atsakinga už žvalgybą užsienyje. Atsakomybė už tokius šnipus kaip Anna Chapman ar dar devynis agentus, kurie buvo sučiupti Jungtinėse Valstijose, tenka kitai agentūrai – Užsienio žvalgybos tarnybai (UŽT). Tačiau šalies viduje FST kompetencija yra labai plati.
Kai šiais metais su šviesių plaukų peruku ir kompasu buvo sulaikytas įtariamas Centrinės žvalgybos valdybos (CŽV) pareigūnas Ryanas Fogle`as, veikiausiai mėginęs užverbuoti rusų kontržvalgybos agentus Jungtinėms Valstijoms, jo areštą bei apklausas rengė būtent FST. Ji paskelbė ir vieną žeminantį vaizdo įrašą.
Pasieniečiai, nuo 2003 metų pavaldūs FST, rugsėjo mėnesį šturmavo „Greenpeace“ laivą „Arctic Sunrise“, nusileisdami į jį iš sraigtasparnio ir apsiginklavę šautuvais bei peiliais. Ši agentūra aktyviai kovoja ir su „ekonominiais nusikaltimais“ bei yra atsakinga už daugelį kontržvalgybos operacijų. Vakarų diplomatai praneša, kad juos itin pradėjo stebėti ir persekioti asmenys, galintys būti FST agentais. Panašaus „dėmesio“ sulaukia ir užsienio žurnalistai bei įmonės.
Agentūra vis dar įsikūrusi Lubiankoje – Maskvos pastate, Sovietų metais liūdnai pagarsėjusiame savo tardymais ir kameromis rūsiuose. Oficialių duomenų, kiek žmonių samdo FST, nėra, bet saugumo tarnybų ekspertas Andrejus Soldatovas mano, kad darbuotojų skaičius turėtų siekti bent 200 tūkst.
2006 metais nuo apsinuodijimo poloniu mirus buvusiam FST pareigūnui Aleksandrui Litvinenkai, dėl kurio mirties Skotland Jardas kaltina ir Rusijos vyriausybę, Didžioji Britanija paskelbė moratoriumą bet kokiam bendradarbiavimui tarp britų saugumo tarnybų ir FST. Jis galiojo iki šių metų gegužės, kai Didžiosios Britanijos ministras pirmininkas savo vasarnamyje Sočyje susitiko su V. Putinu. Abu lyderiai sutarė, kad artėjant Sočio Olimpinėms žaidynėms, Didžioji Britanija atnaujins „ribotą“ bendradarbiavimą, kad užtikrintų sportininkų ir žiūrovų saugumą.