Tai, kad asmuo buvo išteisintas, savaime nereiškia, kad jis gaus žalos atlyginimą. Ikiteisminis tyrimas yra įstatymais numatyta valstybės institucijų veikla, siekiant šalyje įtvirtinti ir palaikyti įstatymais grindžiamą tvarką. Ikiteisminis tyrimas ir baudžiamojo persekiojimo veiksmai negali būti vertinami kaip neteisėti vien dėl to, kad asmens atžvilgiu nebuvo priimtas apkaltinamasis nuosprendis.
Santykius, susijusius su žalos, padarytos neteisėtais ikiteisminio tyrimo pareigūnų, prokuratūros ir teismo veiksmais, atlyginimu reglamentuoja Žalos, atsiradusios dėl valdžios institucijų neteisėtų veiksmų, atlyginimo ir atstovavimo valstybei įstatymas ir Civilinis kodeksas.
Atkreiptinas dėmesys, kad įstatymų leidėjas, įtvirtindamas pagrindus teisėsaugos institucijų veiksmais baudžiamojo proceso srityje padarytos žalos atlyginimui, nustatė, kad valstybė atlygina žalą, padarytą teisėsaugos institucijų procesiniais teisiniais aktais, kuriais remiantis taikomos procesinės prievartos priemonės, taip pat teismų sprendimais, nuosprendžiais, nutarimais, nutartimis ar kitokiais procesiniais dokumentais, ir kurie yra neteisėti. Teisėsaugos institucijų neteisėti veiksmai turi būti pagrįsti įstatymų nustatyta tvarka. Jeigu veiksmai teisėti, jie negali būti prievolės dėl žalos atlyginimo atsiradimo pagrindas. Ši nuostata įtvirtinta tarptautiniuose ir nacionaliniuose teisės aktuose – Europos žmogaus teisių ir pagrindinių laisvių apsaugos konvencijoje (5 str.) ir Civiliniame kodekse (6.246, 6.272 str.). Sprendžiant klausimą, ar tam tikri procesiniai veiksmai baudžiamojoje byloje buvo neteisėti, svarbus asmens išteisinimo baudžiamojoje byloje teisinis pagrindas.
Asmuo, patyręs žalą dėl ikiteisminio tyrimo pareigūnų, prokuroro ar teismo neteisėtų veiksmų: nuteisimo, suėmimo, sulaikymo, procesinės prievartos priemonių pritaikymo, gali prašyti atlyginti žalą ne teismo tvarka, t. y. įstatymų nustatyta tvarka kreiptis į Teisingumo ministeriją arba paduoti ieškinį teismui civilinio proceso tvarka. Kreiptis į šias institucijas asmuo gali per tris metus nuo tos dienos, kai sužinojo arba turėjo sužinoti, kad veiksmai jo atžvilgiu buvo neteisėti.
Pagal Žalos, atsiradusios dėl valdžios institucijų neteisėtų veiksmų, atlyginimo ir atstovavimo valstybei įstatymą neteismine tvarka atlyginamos žalos dydis negali viršyti 10 tūkst. litų, o neturtinės žalos dydis negali viršyti 5 tūkst. litų. Jeigu asmuo mano, kad jam padaryta didesnė žala, jis turi teisę paduoti ieškinį teismui ir teisme privalo įrodyti patį žalos atsiradimo faktą, žalos dydį, jo atžvilgiu atliktų veiksmų neteisėtumą ir priežastinį ryšį tarp žalos ir neteisėtų veiksmų.
Europos žmogaus teisių ir pagrindinių laisvių apsaugos konvencijoje (6 str.) numatyta asmens teisė į įmanomai trumpiausią bylos išnagrinėjimo laiką. Tačiau 2,5 metų trukęs tyrimas nereiškia, kad buvo pažeista teisė į trumpą procesą. Kriterijai, kuriais remiantis vertinama baudžiamojo proceso trukmė, nustatyti Europos Žmogaus Teisių Teismo praktikoje: konkrečios bylos sudėtingumas, asmens, dėl kurio taikytas baudžiamasis persekiojimas, elgesys, valdžios institucijų veiksmai ir jų intensyvumas organizuojant procesą. Teismui nustačius nepagrįstą procesinį delsimą, gali būti padaryta išvada, kad tai asmeniui sukėlė žalą ir sprendžiamas jos atlyginimo ir dydžio klausimas.