Teisės aktuose nėra aiškios medicininių atliekų tvarkymo sampratos, nepatvirtinta farmacinių atliekų surinkimo, tvarkymo ir apmokėjimo tvarka, nenustatyti medicininių atliekų, susidarančių teikiant gyvūnų sveikatos priežiūros paslaugas, tvarkymo reikalavimai. Taip sudaromos sąlygos medicinines atliekas, kuriose gali būti toksinių medžiagų, sunkiųjų metalų, įvairių mikroorganizmų, šalinti kartu su buitinėmis atliekomis. Tai daro neigiamą poveikį aplinkai, žmonių ir gyvūnų sveikatai.
Valstybiniai auditoriai konstatavo, kad Valstybiniame strateginiame atliekų tvarkymo plane buvo numatyta parengti Medicininių atliekų tvarkymo programą, kurios priemonės padėtų spręsti medicininių atliekų tvarkymo problemas. Tačiau numatytos priemonės tik daliai problemų spręsti ir įgyvendinta tik nedidėlė dalis Medicininių atliekų tvarkymo programose numatytų priemonių.
Medicininių atliekų apskaitą koordinuoja Aplinkos ir Sveikatos apsaugos ministerijos. Jų duomenys netikslūs, nežinomas tikras ir teisingas susidarančių medicininių atliekų kiekis, pavyzdžiui, panašaus profilio ligoninėse duomenys skiriasi iki dešimties kartų. Dėl apskaitos netikslumų sudėtinga planuoti medicininių atliekų tvarkymo būdus, apskaičiuoti tvarkymo išlaidas.
Aplinkos ministerijos sukurta kontrolės sistema, siekiant užtikrinti pavojingų medicininių atliekų pervežimą, iki šiol neveikia. Tai rodo, kad neužtikrinama šių atliekų srautų judėjimo nuo jų susidarymo vietų iki galutinio pašalinimo priežiūra ir kontrolė.
Šalyje neišvystyta ir pavojingų atliekų šalinimo infrastruktūra – nėra nė vieno pavojingų atliekų sąvartyno, Vilniuje veikia vienintelė medicininių atliekų deginimo įmonė. Šiaulių rajone pastatytas deginimo įrenginys, turėjęs pradėti veikti 2008 m., audito metu dar nebuvo eksploatuojamas. Dėl to sveikatos priežiūros įstaigos, perduodančios deginti medicinines atliekas vienintelei įmonei šalyje, patiria didesnes jų tvarkymo išlaidas. Tačiau ir Vilniaus sveikatos priežiūros įstaigos už tokių atliekų šalinimą įmonei moka ne miesto savivaldybės nustatytą kainą – beveik 2 tūkst. Lt už toną be PVM –, bet nuo 1,3 iki 15,8 karto brangiau. Auditorių nuomone, Vilniaus miesto savivaldybės administracija turėtų užtikrinti kainos reikalavimų laikymosi kontrolę, pavyzdžiui, galėtų būti numatytos ir turtinės sankcijos.
Auditoriai nurodė, kad kai kurios įstaigos rado būdų geriau ir pigiau tvarkyti medicinines atliekas. Pavyzdžiui, Alytaus apskrities S. Kudirkos ligoninė parengė ir patvirtino Gamtos išteklių taupymo ir atliekų mažinimo planą, kuriame nurodyta, kad tokios medicininės atliekos, kaip vienkartiniai švirkštai, medicininis stiklas, medicininė guma, gipsas, popierius, foto juostos ir kt. turi būti perduodami kaip antrinė žaliava. Iš viso per 2006–2009 m. Alytaus ligoninė perdavė perdirbti apie 44 tonas atliekų, o vienkartinių švirkštų ir sistemų – beveik 22 tonas, tai sudarė daugiau kaip 18 proc. visų deklaruotų medicininių atliekų.
Tai padėjo šiai ligoninei ir sutaupyti. Praėjusiais metais ligoninė, perduodama plastiko atliekas perdirbėjui, patyrė apie 12–14 kartų mažiau išlaidų, negu jai kainuotų šių atliekų perdavimas deginti.
Valstybės kontrolė rekomendavo Vyriausybei tobulinti medicininių atliekų tvarkymo teisinį reglamentavimą. Aplinkos ministerija turėtų numatyti priemones, užtikrinančias pavojingų medicininių atliekų judėjimo srautų kontrolės veiksmingumą. Sveikatos apsaugos ir Aplinkos ministerijoms pasiūlyta nustatyti sveikatos priežiūros įstaigų poreikį šalinti nepavojingas medicinines atliekas sąvartynuose ir, siekiant taupesnio šių atliekų tvarkymo, siūlyti regionų atliekų tvarkymo centrams sudaryti galimybes nepavojingas medicinines atliekas šalinti regioniniuose atliekų sąvartynuose.
