M. Čepas trenerio karjerą pradėjo Vilniaus „Žalgiryje“, o 2009 metais klubui susidūrus su finansiniais sunkumais buvo vienas iš jo gelbėtojų.
Vėliau 42-ejų specialistas dirbo kituose A lygos klubuose: Gargždų „Bangoje“, Utenos „Utenyje“, „Jonavoje“, „Kauno Žalgiryje“ bei Vilniaus „Riteriuose“.
„Su Šiauliais susiję tik geriausi mano prisiminimai. Čia tapau Lietuvos čempionu kaip žaidėjas, jaučiu sentimentus šiam nuostabiam miestui. Todėl mano apsisprendimas buvo greitas. Matau tik vieną bėdą, kad nukentės šeima“, – sakė M. Čepas.
Jo vadovaujamame ekipos trenerių štabe dirbs šiauliečiai Marius Gurskis, Tadas Šalkauskas bei Jonas Andriulis.
FA „Šiauliai“ praėjusiame Pirmos lygos sezone užėmė penktą vietą ir teisės pakilti į A lygą neiškovojo.