Vis dėlto mažai kas žino, kad 1944 metų rugpjūčio 28-osios naktį Žaliąjį tiltą vėl sudrebino sprogimas. Tilto prieigose išbyrėjo aplinkinių namų langai, suskilinėjo pastatų konstrukcijos, o silpnesni medinukai sprogimo apskritai neatlaikė. Panašūs, netikėti sprogimai tuoj po karo Vilniuje kartas nuo karto pasitaikydavę. Tačiau Šnipiškių sprogimas, panašu, buvęs vienas pirmųjų, miestą jau kontroliuojant Raudonajai armijai. Kas gi tądien nutiko?
Besitraukiantys Vermachto kariai pirmą kartą tiltą sprogdino siekdami kuo smarkiau užgaišinti artėjančią Raudonąją armiją. Deja, tai pasiteisino menkai, mat jau liepos 13 d. miestas buvo „išvaduotas“. Po keturių dienų pradėjo veikti ir pirmos naujosios valdžios institucijos. Valyti miesto nuo praūžusio fronto likučių nedelsta – Vilniaus miesto vykdomasis komitetas (atlikęs Savivaldybės funkciją) gyventojams duoda nurodymą pradėti nuo nuolaužų valyti šalia jų gyvenamų namų esančias gatves, nurodymo nevykdantys grasinami traukti atsakomybėn. Prisimintas ir Žaliasis tiltas. Priimamas sprendimas sumontuoti laikinus medinius lieptus pėsčiųjų eismui, išvalyti nuolaužas ir galiausiai tiltą atstatyti.
Tai žinodamas, inžinierius Bortkevičius, Kisino nurodymu, raštu kreipėsi į Vilniaus garnizono viršininką, prašydamas išskirti specialų sprogdintojų būrį darbų atlikimui. Garnizono vadas prašymą patenkino ir paskyrė specialistus, vadovaujamus kapitono Černovo, kaip ir visi čia buvę kariuomenės daliniai, priklausiusio Trečiajam Baltarusijos frontui „išvadavusiam“ Vilnių.
Sprogimas driokstelėjo. Jo būta tokio stipraus, kad „prižadintas“ ir pats Lietuvos komunistų partijos sekretorius A. Sniečkus, 4 val. ryto į įvykio vietą atsiuntęs specialią komisiją. Ją sudarė pirmininkas, Vilniaus miesto Vykdomojo komiteto pirmininko pavaduotojas N. Liubimcevas, Lietuvos SSR prokuratūros pirmininkas, Lietuvos SSR NKVD Vietinės priešlėktuvinės apsaugos skyriaus viršininkas, 12-jo atskirojo bataliono viršininkas ir dar keli aukšti karininkai.
Vietoje paaiškėjo, kad kapitono Černovo vadovaujami specialistai, tilto konstrukcijose sumontavo 150 kg sprogstamosios medžiagos, kuria tikėtasi pagelbėti tilto išrinkimo darbams. Sprogmenys, žinoma, turėjo būti dedami mažais paketais ir sprogdinami paeiliui, išlaisvinant atskiras Vermachto sugadinto tilto dalis. Tačiau šį kartą sprogimu ne tik nepasiekta norimų rezultatų (mat tilto konstrukcijos taip ir liko kaboti virš upės), bet smarkiai apgadinti miesto pastatai kilometro spinduliu nuo epicentro. Komisija nustatė, kad sudaužyta dauguma aplinkinių namų stiklų, sužalotos akmeninės bei medinės pastatų konstrukcijos.
Šiandien, deja, nėra žinoma Vilniaus gyventojų reakcija į minėtą sprogimą, mat darbai vykdyti naktį, o specialios žalos vertinimo komisijos dokumentacija tuoj pat įslaptinta. Tai būdinga praktika dangstant sovietų nesėkmes.
Taip pat nėra iki galo aiškus sprogdintojų trijulės likimas, tačiau žinoma, kad Kisinas ir toliau vadovavo kitų Vermachto sprogdintų objektų – miesto elektrinės ir vandens pumpavimo stoties – atstatymo darbams. Savo ruožtu Žaliojo tilto ardymo darbams naudotas tas pats sprogdinimo metodas. Tik šį kartą viskas daryta pagal taisykles – „draugas“ Kisinas nuo šio darbo nušalintas, 1944 m. lapkričio 16 d. suburiama didelė tilto nuolaužų demontavimo komisija, o darbus akylai kontroliuoja Centrinis Lietuvos komunistų partijos komitetas. Be to skubėta demontuoti likučius iki upę sukaustant ledui. Po pusmečio, 1945 m. gegužės 6 d., transporto ir pėsčiųjų eismui atidaromas laikinas medinis, tarnavęs iki 1952-ųjų, o šį pakeičia šiandieninis, nenutrūkstančias diskusijas keliančiomis skulptūromis puoštas tiltas.