Tarptautinės organizacijos, kaip mes suprantame jas šiuo metu, pradėjo kurtis tik XIX a. pabaigoje, kai spartėjantis tarptautinis bendradarbiavimas įvairiose gyvenimo srityse ėmė veikti ir politinius klausimus.

Tarptautinių organizacijų istorija prasidėjo nuo specializuotų tarptautinių organizacijų: pavyzdžiui, Centrinė laivybos Reinu komisija, 1856 m. – Dunojaus komisija laivybai upe reguliuoti ir kontroliuoti. 1865 m. įkurta Tarptautinė elektros ryšio sąjunga; vėliau – Pasaulinė pašto sąjunga. Tačiau tarptautinių organizacijų tyrinėtojai mini, kad tam tikrų tarptautinių organizacijų užuomazgų galima ieškoti jau nuo Antikos laikų – tai karinės – politinės miestų ir valstybių sąjungos (pavyzdžiui, Atėnų, Spartos simachijos, Delfų