Kolegija šiuo metu Lietuvoje yra aukštoji mokykla, kurioje vyrauja neuniversitetinės studijos, kurioje plėtojami taikomieji moksliniai tyrimai ir (ar) taikomoji mokslinė veikla arba profesionalus menas. Kolegijoje rengiami specialistai praktikai, gebantys savarankiškai dirbti įvairiausiose srityse, taigi tęsti mokslus kolegijose norinčių netrūksta. Daug kas pirmenybę kolegijai teikia būtent dėl to, kad jos, skirtingai nei universitetai, orientuojasi į praktiką, o ne į teoriją.
Tačiau ne visi žino, kad viena seniausių Lietuvos vidurinio mokslo institucijų – Collegium Vilnense Societati Jesu – įsteigta 1570 metų liepos 17 dieną. Pirmasis kolegijos rektorius – jėzuitas Stanislovas Varševickis. Nuo 1572 metų pradėta skaityti logikos paskaitas, vėliau imta mokyti matematikos, teologijos, hebrajų kalbos.
Kolegija, kaip tam tikra vidurinio, iš dalies aukštojo mokslo įstaiga ėmė formuotis viduriniais amžiais prie universitetų. Iš pradžių ji rūpinosi neturtintų studentų ir dėstytojų maistu bei butu ir tik vėliau įgijo kitą reikšmę.
Pirmos tokio tipo mokyklos atsirado XIII a. viduryje Anglijoje, Prancūzijoje. Lietuvoje kolegija – vidurinio mokslo įstaiga – oficialiai buvo įsteigta XVI antroje pusėje – 1570 metais Vilniuje. Bet čia dar prieš tai buvo stengiamasi turėti vidurinę mokyklą. Vidurinį mokslą jaunimas gaudavo pirmiausia privačiose mokyklose, dažniausiai turtingų feodalų namuose.
Savo mokyklų turėjo ir vienuolynai. Stengdamiesi parengti dvasininkų, sugebančių dalyvauti ir religinėje, ir politinėje propagandoje, jie keldavo jų lygį iki vidurinio ano meto mokslo. Apskritai feodalinėje visuomenėje kolegijos, kaip ir kitos mokyklos, daug priklausė nuo bažnyčios.
Kartu tenka pažymėti, kad Lietuvoje vidurinės mokyklos bei kolegijos ėmė atsirasti tada, kai čia plačiai įsigalėjo renesanso bei humanizmo kultūra., suteikusi jaunimo ugdymui naujų elementų, gerokai pakeitusi mokymo turinį bei metodiką. Iniciatyvą steigti kolegiją Lietuvoje parodė humanizmo kultūros bei bažnyčios reformų propaguotojas A. Kulvietis. Remiamas didikų Goštautų, 1539 m. jis įsteigė kolegiją Vilniuje. Čia mokėsi bajorų bei miestiečių vaikai. Prie mokyklos buvo mokamas internatas. Mokykla veikė iki 1542 metų.
Kurį laiką Lietuvoje nebuvo tokios mokyklos. 1566 metais Žygimantas Augustas įsteigė „Civilinės teisės akademiją“, o jai vadovavęs žinomas teisininkas ir poetas P. Roizijus. Prie mokyklos būta korepetitorių. Po trylikos metų ta mokymo įstaiga perėjo į jėzuitų rankas.
Dar vykstant Livonijos karui, 1570 metais teisė įsteigti kolegiją buvo suteikta Vilniaus vyskupui Valerijonui Protasevičiui, kuris savo ruožtu ją įkurti pavedė jėzuitų ordinui, išgarsėjusiam Europoje aktyvia veikla prieš reformaciją, daugelyje kraštų paėmusiam į rankas jaunosios kartos ugdymą. Tokią veiklą šis ordinas išvystė ir Lietuvoje. Be Vilniaus, XVII a. pirmojoje pusėje Lietuvoje jėzuitai įsteigė kelias kolegijas: Kražių (1614), Kauno (1648), Pašiaušės (1655). LDK jų buvo įkurta beveik 20. Kadangi visos tos kolegijos buvo vienoje valstybėje, valdomos vieno centro, palaikomos pasaulietinės valdžios, galima suprasti, kas jėzuitai darė nemažą įtaką jaunimo mokymui bei auklėjimui.
Lietuvos jėzuitų kolegijos tvarkėsi pagal bendrą visoms jų provincijoms tvarką. Iš stojančiųjų buvo reikalaujama mokėti skaityti ir rašyti. Priimtieji būdavo apgyvendinami bendrabučiuose, ir juos išlaikydavo ordinas. Steigiama Vilniaus kolegija turėjo 5 klases – retorikos, poetikos ir tris gramatikos: pirmą, antrą ir žemiausią (jos skaičiuojamos nuo viršaus). Nuo 1583 m.jau veikė 6, o nuo 1616 m. – 7 klasės. Pilna kolegija buvo laikoma ta, kuri turėdavo trejų metų filosofijos ir ketverių metų teologijos kursą. Kolegijos su 3 skyriais (humaniora, filosofija ir teologija) galėjo gauti Akademijos teises. 1579 m. Vilniaus kolegija buvo sujungta su universitetu.
Pamokos vykdavo priešpiet ir popiet. Per pirmą išmačių mokinių paskirti vadinamieji dekurionai tikrindavo mokinių žinias ir kartodavo, mokytojas tikrindavo mokinių užrašus. Antrą pamoką buvo einamos gramatikos taisyklės, atliekami pratimai, skaitomi autorių tekstai. Popiet pirmą pamoką buvo mokomasi atmintinai gramatikos taisyklių, autorių tekstų ištraukų, antrą pamoką atliekami pratimai raštu. Šeštadieniais tikrindavo mokinių žinias ir kartodavo visą savaitės kursą. Poetikos bei retorikos klasės geresni mokinių darbai kas du mėnesiai arba kokia nors proga būdavo rodomi klasėje ir kt.
Vilniaus akademijos (universiteto) vizitatorių memorialų ir vyresniųjų nutarimų LDK jėzuitų mokykloms dėl mokslo, tvarkos, teatro nurodymuose buvo pageidaujama, kad po pamokų pusvalandį būtų giedojimas: „Reikia stengtis atgaivinti beveik visai apleistus muzikos ir giedojimo užsiėmimus, sudaryti sąlygas lankyti chorą tiems, kurie moka giedoti. Chorui vadovaujančiam mokytojui kiek galima turi padėti kolegija, kad jis nesusidurtų su tokiais sunkumais ir trukdymais, ieškodamas giesmininkų ir muzikantų švenčių iškilmėms“. Buvo žiūrima, kad kolegijose nesimokytų tie, kurie nesugeba, nepaisant jokių tarpininkavimų, nes „mokykloms, kurios išleidžia tokius neišprususius mokinius, užtraukiama nešlovė“.
Taip pat numatytos ir elgesio taisyklės. Buvo baudžiami tie, kurie prasivardžiuoja, keikiasi, tujinasi, mini velnio vardą, atsikalbinėja, prieštarauja, murma, nerimtai lanko užsiėmimus, mieste daro prasižengimus, turi brangių daiktų, puotauja, žaidžia šachmatais arba kauliukais, reiškia nacionalinius jausmus, turi ginklų, naktį kalbasi. Tokiems mokiniams būdavo sumažinamas maisto davinys, skiriama bučiuoti kojas arba žemę, o pakartotinai prasikaltusius siųsdavo pas tėvą provinciolą. Buvo cenzūruojami mokinių laiškai.
Kolegijose pagrindinė dėstomoji kalba buvo lotynų, kuri humanistinėse klasėse buvo svarbiausias mokymosi dalykas. Jos mokytasi vis didinant skaitomų antikinių autorių skaičių ir jų raštų ištraukas. Autorių buvo nemažai: Kornelijus Dionisijas, Fedras, Ciceronas, Cezaris, Ovidijus, Vergilijus, Livijus, Saliustrijus ir kt. Vidurinėje gramatikos klasėje pradedama mokytis ir graikų kalbos, skaitomos ezopo pasakėčios, lukeno, Sokrato, Platono, Plutarcho, Grigaliaus Nazianziečio, Jono Chrizostomo raštų ištraukos. Poezijos klasėje toliau plečiamas bei gilinamas lotynų ir graikų kalbos mokymasis, skaitoma daugiau autorių ar jų raštų ištraukų. Retorikos klasėje daugiausia dėmesio skiriama iškalbos teorijai, stilistikai, įvairiems pagalbiniams mokslams. Svarbiausias autorius čia Ciceronas, paskui – Aristotelis; iš pagalbinių mokslų einama mitologija, istorija, geografija, archeologija.
Jėzuitų kolegijose (daugiau nei kitose Lietuvoje veikusiose) buvo skaitoma nemažai antikinių autorių. Tačiau jie skaitomi ne visi ir pirmiausia tos jų raštų ištraukos, kuriose atrodė nekenksmintos ir „neapsunkino“ moksleivių sąžinės. Taip „apvalyti“ autorius reikalauta ir Tridento bažnytiniame susirinkime (1545 metais), kurio nutarimus vykdyti ir buvo pašauktas jėzuitų ordinas. Apskritai jėzuitai stengdavosi neperkrauti mokinių faktais, bet daug valandų skirdavo mokytis atmintinai, kartoti, rašiniams, pratyboms, varžyboms, disputams, deklamacijoms, teatrui. Buvo laikomasi formaliosios ir koncentruotos mokymosi sistemos. Gramatikos klasėse buvo rūpinamasi išlavinti atmintį, o aukštesnėse – poezijos ir retorikos – įdiegti įgūdžius lengvai formuluoti mintis ir kalbą. Buvo mokoma gražios rašysenos.
Kolegijų mokytojai stengėsi bet kokio gabumo jaunuolį išmokyti rašyti eiles, visų pirma šmaikščias epigramas, o galutinis mokymo tikslas – išugdyti gerą kalbėtoją. Tai buvo aktualu, nes vyko atkakli ideologinė bei politinė polemika. Decentralizuota valdžia Lietuvoje labai daug priklausydavo nuo iškalbingo veikėjo seimuose ir seimeliuose. Iškalbos poreikis artindavo katalikiškas ir skirtingų konfesijų kolegijas, nes vadovai nenorėjo, kad jų auklėtiniai atsiliktų nuo kitų visuomeninės veiklos. Pagrindinė kolegijos narių rekreacijos vieta buvo Lukiškės. Sklypą šioje vietoje (dabar |vingio parko dešinė pusė) Vilniuje jėzuitų kolegijai padovanojo Mykolas Kristupas Radvila.
1757 metais, po sunkaus karų, okupacijos ir marų šimtmečio, jėzuitų kolegija prie Vilniaus Universiteto buvo pertvarkyta į kilmingųjų kolegiją (collegium nobilium). Ji įsikūrė vėliavininko Kazimiero Šiškos jėzuitams padovanotame žemės sklype ir namuose, esančiuose prie Šv. Kazimiero bažnyčios ir vienuolyno.
1773 metais, paskelbus jėzuitų ordino panaikinimą, buvę kolegijos pastatai sunyko, o vėliau caro valdžios buvo atiduoti kareivinėms.
1918 metais, Vilniaus vyskupui Jurgiui Matulevičiui pavedus, vokietis jėzuitas Friedrichas Muckermanas pradėjo paruošiamus jėzuitų gimnazijos atkūrimo darbus.
1919 metais balandžio mėnesį, lenkams išvijus bolševikus, prie Šv. Kazimiero bažnyčios įsikūrė Lenkijos provincijos jėzuitai.
1921 metais senuose kilmingųjų pastatuose jie atidarė jėzuitų berniukų gimnaziją. Pirmaisiais metais ją lankė 135 moksleiviai.
1938/1939 mokslo metais gimnazijoje mokėsi 580 gimnazistų. Lietuvai atgavus Vilnių, jėzuitų generolo V. Leduchovskio dekretu gimnazija perduota Lietuvos jėzuitų provincijolo jurisdikcijai.
1939/1940 metais Vilniaus jėzuitų gimnazija veikė kaip Kauno jėzuitų gimnazijos filialas, kol sovietų okupacinė valdžia ją uždarė. Pokario metais jėzuitų gimnazijos patalpose atidaryta Vilniaus pirmoji berniukų gimnazija, vėliau pertvarkyta į A. Vienuolio vidurinę mokyklą.
1982 metais mokykla pradėta rekonstruoti. Darbai pradėti ir nebaigti.
1994 metų lapkričio 11 d. Vilniaus miesto valdyba pastatus sugrąžino tikriesiems šeimininkams. Tą patį mėnesį susikūrė gimnazijos steigimo iniciatyvinė grupė.
1995 m. vasario mėnesį Lietuvos jėzuitų provincijolas kun. J. Boruta SJ kreipėsi į Vilniaus arkivyskupą metropolitą A. J. Bačkį prašydamas sutikti atkurti gimnaziją.
1995 m. birželio 19-osios dekretu Vilniaus arkivyskupas metropolitas pritarė sumanymui. Moksleiviams gimnazija duris vėl atvėrė 1995 metų rugsėjo 11 dieną. Mokslo metus pradėjo 336 moskleiviai ir 54 mokytojai. Sukomplektuotos 5–11 klasės.
Nuo 1996 metų rugsėjo 1 d. gimnazijos 9 klasei suteiktas humanitarinio profilio pirmosios gimnazijos klasės statusas. Sustiprintu lygiu pradėta mokyti lietuvių, vokiečių ir anglų kalbų. 1996 / 1997 mokslo metais išleista pirmoji abiturientų laida. Nuo 1997 metų rugsėjo 1 d. Lietuvos Respublikos švietimo ministerijos kolegija Vilniaus jėzuitų gimnazijos 9 klasei suteikė realinio profilio pirmosios gimnazijos klasės statusą. Švietimo ir Mokslo ministro įsakymu Nr. 760 (1999 06 11) ir provincijolo t. A. Saulaičio SJ dekretu Nr. 1 (1999 08 31) nuo 1999 m. rugsėjo 1 d. mokyklai suteiktas realinio ir humanitarinio profilio gimnazijos statusas.
