27 metų D. Bugavičius buvo nušautas 2015 m. lapkričio 7-osios vakarą prie nuomojamo kotedžo Šilainiuose, Kaune. Tuo metu automobilyje buvo ir buvusi grupės „Naujosios pupytės“ narė Vita Jakutienė – D. Bugavičiaus mylimoji bei jo vaiko motina.

Du žudikai (vėliau paaiškėjo, kad tai Estijos piliečiai) iš nusikaltimo vietos pasišalino automobiliu „Renault Megane“, kuris netrukus buvo rastas padegtas Vėtrungės gatvėje.

Trečiadienio spaudos konferencijoje buvo pranešta, kad baigta byla perduota Kauno apygardos teismui. Du Estijos piliečiai ir jų talkininkas iš Lietuvos (visi teismo laukia už grotų) kaltinami nužudymu, šaunamųjų ginklų laikymu ir svetimo turto sunaikinimu visuotinai pavojingu būdu. Jiems gresia įkalinimas iki 20 metų arba iki gyvos galvos.

D. Bugavičiaus nužudymo tyrimas buvo išskirtas iš didžiulės bylos, kurioje tiriama tarptautinio nusikalstamo susivienijimo veikla (Lietuvoje ir užsienyje sulaikyta per dvi dešimtis įtariamųjų).

D. Bugavičiaus nužudymo organizatoriai nustatyti, jie sulaikyti užsienio valstybėse, šiuo metu vyksta jų perdavimo Lietuvai procedūra.

Pasak R. Kiškio, pagrindinis nužudymo motyvas buvo tas, kad „užsakovai manė, jog D. Bugavičius kelia grėsmę jų veiklai“. Tarptautinė gauja vertėsi didelio masto narkotikų kontrabanda, ginkluotais juvelyrikos parduotuvių ir kt. plėšimais, pinigų plovimu (išplauta per 600 mln. eurų). „Agurkinių“ gauja, kurios vienu iš vadeivų buvo D. Bugavičius, su minėtuoju nusikalstamu susivienijimu nepasidalino įtakos sferų, konkuravo, tarp jų nuo seno kildavo daug konfliktų.

Teisėsaugininkai neįvardijo, kokia suma buvo sumokėta žudikams, tačiau pasakė, kad nužudymo užsakovai tam skyrė dešimtis tūkstančių eurų.

Lietuvos pilietis, talkinęs žudikams iš Estijos, iki šiol buvo neteistas, tačiau policijai žinomas. Manoma, kad jis yra dalyvavęs ne viename nusikaltime.

Į klausimą ar pasaulio bušido čempiono Remigijaus Morkevičiaus nužudymas (nušautas Kaune 2016-ųjų gruodį) nesusijęs su D. Bugavičiaus nužudymu, LKPB viršininkas atsakė, kad šios žmogžudystės tarpusavyje nesusiję, bet R. Morkevičiaus nušovimas siejamas su tuo pačiu tarptautiniu nusikalstamu susivienijimu.