Vokietija, Prancūzija ir kai kurios kitos ES šalys susirūpino, kad dėl tokio Komisijos sprendimo gali prasidėti ES vidaus rinkos fragmentacija, bei baiminosi, kad pasiūlymui pasipriešins Pasaulio prekybos organizacija (PPO).

Italija ir GMO remianti Ispanija taip pat išreiškė susirūpinimą dėl bendros ES politikos renacionalizavimo, tuo tarpu GMO besipriešinančios Austrija, Vengrija ir Graikija palaiko Komisijos pasiūlymą. Jį remia ir Nyderlandai, pritariantys GMO produktų auginimui.

Liepos mėnesį pateiktame Komisijos siūlyme sakoma, kad l
eidimų auginti tam tikras GMO rūšis, atsižvelgiant į jų poveikį aplinkos apsaugai ir sveikatai, išdavimas turėtų būti vykdomas ES lygiu, tačiau šalys narės, remdamosi kitais kriterijais, turėtų pačios spręsti, ar uždrausti savo teritorijoje auginti Komisijos patvirtintus GMO produktus. Tokie kriterijai galėtų būti socioekonominiai, taip pat valstybėse gali būti rengiami referendumai. Konkrečiau juos apibrėžti turėtų iš valstybių narių pareigūnų sudaryta darbo grupė.

GMO produktai tarp daugumos ES piliečių tebėra nepopuliarūs, dažnai vadinami „Frankenšteino maistu“.

Europos vartotojų reikalų komisaras Johnas Dalli gina EK pasiūlymą, teigdamas: „Jis nepakenks vieningai vidaus rinkai ir neprieštarauja PPO taisyklėms. Atvirkščiai, teisės ekspertai sako, kad PPO problematiška atrodo dabartinė GMO padėtis“.

„EurActiv“ cituoja ALDE priklausančią europarlamentarę iš Prancūzijos Corinne Lepage, Parlamento atstovę GMO klausimams: „Su teisiniu užtikrintumu susiję klausimai, vidaus rinkos funkcionavimas ar Aplinkos apsaugos tarybos 2008 m. gruodžio mėnesio išvadų dėl sanitarijos gerinimo ir grėsmės aplinkos apsaugai taikymas – visa tai turi būti apsvarstyta, vertinant šį pasiūlymą“.

„Greenpeace“ ES žemės ūkio politikos vadovas Marco Contiero teigia, kad valstybėms narėms priėmus pasiūlymą, jos nebegalės taikyti spaudimo Komisijai ir priversti ją nuodugniai ištirti naujas GMO rūšis, prieš suteikiant leidimą jas auginti.