Galime prisiminti, kad balandžio Lietuvoje žiniasklaidoje pasirodė pranešimų apie ligos protrūkį Anykščiuose. Nustatyti 35 atvejai, kai asmenys užsikrėtė neidentifikuota koronaviruso atmaina, skelbė BNS balandžio 20 dienos pranešimas. Iki šiol ši viruso atmaina kartais pravardžiuojama anykštietiška, nors jos kilmė yra toli nuo Lietuvos.

Už visą tos istorijos išnarpliojimą jos autoriai išgarsėjo mokslo pasaulyje.

„Gytis Dudas ir komanda parašė straipsnį apie „Anykščių šilelį“ (turima mintyje atmaina, kuri Lietuvoje pirma paplito Anykščiuose – „Delfi“). Apie tą straipsnį jau rašo tiek „Nature“, tiek „Science“. Tai yra didžiulis pasiekimas moksle. Deja, jis įvyko tokioje situacijoje“, – laidoje „Delfi rytas“ pasakojo duomenų analitikas Vaidotas Zemlys-Balevičius.

Akį patraukė viruso mutacijos

Dabar jau ši atmaina turi ir savo techninį pavadinimą B.1.620. Švedijoje gyvenantis ir dirbantis epidemiologas ir evoliucinis biologas G. Dudas pasakojo, kad minimame tyrime jie aprašė, kaip atrado atmainą, kuo ji sukėlė jų susirūpinimą, ir, kodėl jiems atrodo, kad į ją reikėtų kreipti daugiau dėmesio. Tyrimas dar nėra recenzuotas, bet jau prieinamas medRxiv duomenų bazėje.

Pirmas dalykas, kuris patraukė mokslininkų dėmesį – B.1.620 mutacijos. Jų buvo daug ir įvairių, tačiau blogiausia buvo tai, kad didelė jų dalis buvo matytos atmainose keliančiose rūpestį. Tai yra ir B.1.1.7 (vadinamąja „britiškąja“), ir B.1.351 („Pietų Afrikos“ atmaina), ir P.1 („braziliška“).

„Aprašėme, kad turime protrūkį tokios atmainos, kuri turi daugelį mutacijų, kurios turėtų kelti susirūpinimą“, – pasakojo G. Dudas.

Klastinga atmaina

Paskui mokslininkai pradėjo tyrimą, kad išsiaiškintų, iš kur ji atsirado.

„Apskritai šitą atmainą nebuvo lengva rasti, nes viena iš programų (pangolin), kuri yra naudojama klasifikuoti SARS-CoV-2 genomus, klaidingai ją priskyrė kitai atmainai, kuri tikrai pavojaus nekėlė.

Vėliau, kuomet pradėjome žiūrėti SARS-CoV-2 genomų duomenų bazėje, pastebėjome, kad B.1.620 (tuomet dar neturėjusi pavadinimo) taip pat buvo rasta kitose šalyse, ir lygiai taip pat buvo klaidingai priskirta“, – pasakojo G. Dudas.

Pirma mokslininkai pamatė, kad susirgimų tokia koronaviruso atmaina fiksuojama ir Belgijoje, Prancūzijoje, Vokietijoje, Jungtinėje Karalystėje (JK). Jiems sukėlė įtarimų aplinkybės, kad stebimi sporadiški tokios atmainos pastebėjimai, be didesnių protrūkių, ir kad pati atmaina niekur neaprašyta, nepaisant rūpestį keliančių jos turimų mutacijų.

„Automatiškai man formavosi prielaida, kad matome šios atmainos importavimą iš kažkur kitur. Tas paaiškintų, kodėl Europoje niekas nieko nepaskelbė, ir kodėl apskritai yra toks pasiskirstymas.

Apie tai vis galvojau, ir nusprendžiau atidžiau peržvelgti genomus, kurie yra“, – pasakojo G. Dudas.

Užčiuopė siūlo galą Prancūzijoje

Pirmasis didesnis atradimas buvo tuomet, kai mokslininkai pastebėjo, kad ankstyviausias genomas iš Prancūzijos buvo keliautojo iš Kamerūno.

„Jau mums buvo kilęs įtarimas, kad matome importą iš kažkur, kur nevyksta labai daug sekoskaitos (tyrimų, kurie leistų nustatyti viruso atmainą – „Delfi“). Tuomet mano kolega Guy Baele iš Leveno universiteto dar keletui žmonių parašė, aš pats parašiau keletui žmonių, kurie buvo pridavę B.1.620 sekas į duomenų bazę.

Labai dažnai, kuomet žmonės atrašydavo, sakydavo, kad „taip, tai yra žmogus, kuris yra neseniai grįžęs iš Kamerūno“. Automatiškai jau turėjome ne tik bendrą straipsnio pavidalą, bet mums net pasisekė, kad atsakymai buvo labai koncentruoti ir vedė būtent į centrinę Afriką“, – pasakojo G. Dudas.

Mokslininkas pasakojo, kad tuomet jo kolega iš Leveno universiteto susisiekė su savo kolegomis Vokietijoje, kurie dirbo su kolegomis Centrinėje Afrikos Respublikoje (CAR).

„Tiesiog jiems parašė: „ar žinote apie tokį dalyką, ar galima gauti daugiau genomų, kurie galbūt nėra priduoti į tarptautines duomenų bazes?“. Sebastien Calvignac-Spencer atrašė, kad taip, jie kaip tik su kolegomis irgi planavo rašyti trumpą raportą, ir mokslo bendruomenei pranešti, kad yra tokia atmaina CAR“, – sakė G. Dudas.

Pasak pašnekovo, gauti genomai gražiai užpildė visas likusias spragas, kurias jie turėjo iki tol.

„Ganėtinai įtikinamai tame straipsnyje pademonstravome, kad yra tokia atmaina, ji plinta Lietuvoje. Panašu, kad ji plinta ir kai kuriose kitose Europos valstybėse. Ji greičiausiai atkeliavo iš centrinės Afrikos regiono.

Pabaigai, mes gavome skrydžių duomenis iš Kamerūno, kur labai aiškiai pasimatė, kad, sprendžiant iš keliautojų srautų būtent iš Kamerūno, B.1.620 turėtų būti ganėtinai plačiai paplitusi Afrikoje“, – sakė G. Dudas.

Pasak jo, ši atmaina buvo pastebėta tose Europos šalyse, kurios ganėtinai intensyviai vykdo sekoskaitą.

„Realiai tiesiog stebime ledkalnio viršūnę. Ir viso to bendras moralas, kad Afrikoje nevykstant sekoskaitos tyrimams ir tarptautinėms organizacijoms nepadedant Afrikos šalims juos vykdyti mes praleidome progą pagauti šią atmainą anksti. Toliau apsimetinėjant, kad pandemijos valdymas kiekvienoje šalyje yra tik tos šalies problema, informacijos spragos ir nevienoda prieiga prie vakcinų toliau kiš visam pasauliui koją. Kai mes pirmą kartą pamatėme B.1.620, ji turėjo žiauriai daug mutacijų lyginant su artimiausiais giminaičiais, kurie net nebuvo labai artimi. Yra keletas genomų iš Kamerūno, kurie turi kažkiek bendrų mutacijų, reiškia, kad jos irgi yra paveldėtos iš bendro protėvio, bet be jų B.1.620 pasirodė tiesiog kaip iš giedro dangaus“, – pasakojo G. Dudas.

Neaišku, kaip ji evoliucionavo

Mokslininkas sako, kad nėra aišku, kaip ši atmaina evoliucionavo, nes jos evoliucijos procesas liko nestebėtas, dėl minėto sekoskaitos tyrimų trūkumo Afrikoje. Siekiant paaiškinti, kaip virusas galėtų įgauti didelį mutacijų skaičių, jis pateikė B.1.1.7 („britiškiosios“) atmainos pavyzdį. Ši atmaina irgi turi daug mutacijų, ir didelė dalis jų įvyko per trumpą laiką.

„Vienintelės aplinkybės, kuriose buvo stebimas toks staigus mutacijų atsiradimas, tai yra imunosupresuoti žmonės (t. y. su neegzistuojančia ar nusilpusia imunine sistema), kurių kūnuose dėl labai virusui neįprastų sąlygų yra atrenkami virusai su sunkiai nuspejamais bruožais.

Dėl tos pačios priežasties buvo kilęs susirūpinimas dėl audinių, kur irgi yra sudaromos labai neįprastos sąlygos virusui plisti, ir labai sunku nuspėti, kokios viruso savybės bus atrenkamos“, – pasakojo G. Dudas.

Mokslininkas sako, kad dėl sekoskaitos trūkumo Afrikoje dabar negalima pasakyti, ar B.1.620 vienu metu įgavo tas visas mutacijas panašiai kaip B.1.1.7, evoliucionuodamas imunosupresuotuose asmenyse (nemažoje Afrikos dalyje ŽIV paplitimas yra ganėtinai aukštas), ar, jeigu tai būtų stebėta nuolatos, matyti, kaip tos mutacijos atsirado viena po kitos. Tada būtų galima išsiaiškinti, kokia tvarka jos vyko, ar kai kurios mutacijos leido kitoms atsirasti.

„Tai yra vienas iš akademinių praradimų“, – sakė G. Dudas.

Pasak jo, į Lietuvą ši viruso atmaina pakliuvo per kitas vietas Europoje.

„Labai didelė dalis atvejų pačioje Prancūzijoje iki šiol yra vienas nuo kito nepriklausomi įvežimai, – greičiausiai dėl ilgalaikių kolonijinių ir kultūrinių ryšių tarp Kamerūno ir Prancūzijos“, – pasakojo G. Dudas.

Kol kas atmainos nekonkuruoja viena su kita

Mokslininkas paneigė mitą, kad šio viruso atmainos konkuruoja viena su kita, ir nugali stipriausia.

„Tiesiogiai skirtingos SARS-CoV-2 atmainos nelabai gali konkuruoti viena su kita. Didžioji dalis žmonių dar nebuvo užsikrėtę, ir dėl tų, kurie dar nėra sutikę jokio SARS-CoV-2, konkuruoti tiesiog neišeina“, – sakė G. Dudas.

B.1.1.7 dominavimą galime paaiškinti tuo, kad atvykus šiai atmainai kiekvienoje šalyje šoktelėdavo bendri ir hospitalizuotų atvejų skaičiai, todėl daugelis valstybių buvo priverstos imtis papildomų priemonių suvaldyti B.1.1.7 sukeltų atvejų prieaugį. Taikomos priemonės neskiria kokia SARS-CoV-2 atmaina ar išvis kuo žmogus serga, todėl smogia visoms kvėpavimo takų infekcijoms vienodai, tačiau tik B.1.1.7 turi pranašumą, leidžiantį prasprųsti pro paskutines likusias ligų kontrolės spragas.

Pasak mokslininko, konkurencijos klausimas spręsis tada, kai jau bus susidaręs populiacinis imunitetas.

„ Tarkime, žinome, kad B.1.1.7 antigeniškai (tai yra mūsų imuninei sistemai) atrodo taip pat kaip pirminis virusas, kuris peršoko į žmones, kurio pagrindu sukurtos vakcinos. Iš tos pusės B.1.1.7 praras savo pranašumą, kuomet dauguma žmonių bus paskiepyti.

O tarkime B.1.351 („Pietų Afrikos“), P.1 („braziliškoji“), B.1.620 („kamerūnietiška“, „Anykščių“ atmaina), jos turi vieną bendrą mutaciją. Tai yra E484K viruso spyglio baltyme mutacija, kuri, turime įrodymų, savaime ženkliai sumažina antikūnų efektyvumą, jeigu yra persirgta kitomis atmainomis“, – sakė G. Dudas.

Pasak mokslininko, tai reiškia, kad sutikus bet kurią iš atmainų, kuri turi E484K mutaciją, antikūnų sudarytų prieš kitas atmainas efektyvumas yra sumažėjęs, todėl ir didėja tikimybė užsikrėsti pakartotinai.

„Didžiausia konkurencija tarp įvairių atmainų būtent ir įvyks, kuomet jau bus paskiepyta kritinė dalis populiacijos, kur B.1.1.7 turėtų ženkliai prarasti savo perdavimo pranašumą. Tuomet jau bus galima stebėti kitų atmainų, greičiausiai tų, kurios turi E484K mutaciją, pranašumą. Nors JK jau žinoma keletas atvejų, kuomet B.1.1.7 linijos-palikuonės irgi įgijo E484K mutaciją“, – pasakojo G. Dudas.

Skiepytis vis tiek verta

Pasak mokslininko, ta atmaina, kurios pagrindu buvo sukurta vakcina, ji neturi E484K mutacijos. Net pasiskiepijus būtų didesnė tikimybė užsikrėsti pakartotinai.

„Dažnai tenka skaityti komentaruose žiniasklaidoje: „ai, jeigu dabar jau yra atmainos, kai jau net skiepai nebepadeda, tai kam eiti skiepytis?“. Tačiau bet kokiu atveju pasiskiepijus tikimybė numirti arba būti nusiųstam į ligoninę yra žymiai mažesnė.

Galbūt kai kuriais atvejais žmogaus sudarytas imuninis atsakas bus pakankamai geras, kad sustabdytų viruso plitimą. Tai reiškia, kad žmogus suserga, gali jausti simptomus, bet galbūt negalės užkrėsti kito žmogaus, kas irgi ženkliai padeda“, – sakė G. Dudas.

Mokslininkas ragino nepamiršti, kad pandemijos metu didžiausia problema visuomet buvo, kad bus apgultos ligoninės, ir teks stabdyti planines paslaugas.

„Net, jei pas mus dominuotų atmainos, su kuriomis didėja tikimybė užsikrėsti pakartotinai (arba užsikrėsti po skiepo), paskiepijus populiaciją nebus tokio pat lygio ligonių apgulties, kokį stebėjome 2020 gruodį Lietuvoje. Realiai mes sustabdome pačią didžiausią pandemijos grėsmę“, – sakė G. Dudas.

Dominuoja „britiškoji“ atmaina

Pasak mokslininko, Lietuvoje, kaip ir daugelyje vietų pasaulyje, dominuoja B.1.1.7, vadinamoji „britiškoji“ atmaina.

„Tą buvo ganėtinai lengva nuspėti turint mintyje, kokį perdavimo pranašumą ji turi, lyginant su pirminiu virusu – maždaug 40-50 proc. padidėjusį perdavimo efektyvumą. Kas mano ir mano kolegoms buvo visiška mokslinė fantastika. Mes niekuomet nesitikėjome, kad taip gali būti. Tai yra ženklus pokytis“, – sakė G. Dudas.

Pasak mokslininko, dešimtmečiai tyrimų niekuomet nerodė nieko panašaus tarp žmonių virusų.

„Tarkime su Ebola buvo labai panašus atvejis Vakarų Afrikoje, kur mokslininkai pastebėjo, kad yra viena mutacija Ebolos viruso paviršiaus baltyme, kuri buvo susieta su atmaina atsakinga už epidemiją Siera Leonėje, kur iki šiol sunku įtikinti kitus žmones ir pačiam save įsitikinti, kad tas perdavimo pranašumas iš viso egzistavo, kadangi jos poveikis buvo labai mažas ir neišvengiamai susietas su virusui naujomis epidemiologinėmis aplinkybėmis – pakliuvimu į Sierą Leonę. O B.1.1.7 tapo labai skaudžia pamoka tiek mokslininkams, tiek visoms šalims pasaulyje“, – sakė G. Dudas.

Nes B.1.1.7 paplito visur, nežinau, kaip gerai jam sekasi Afrikos šalyse, kur sekoskaita nevyksta tokiais pat tempais kaip Vakaruose, bet labai drąsiai galima sakyti, kad B.1.1.7, jau kuris laikas dominuojanti Šiaurės Amerikoje ir Europoje, ženkliai apsunkino situaciją, nes šalia padidėjusio užkrečiamumo ši atmaina taip pat dažniau guldo sergančiuosius į ligonines.

Pasaulis su nerimu stebi indiškos atmainos plitimą. Pasak kalbinto mokslininko, kol kas apie ją sunku kažką konkrečiai pasakyti.

„Sunku vienareikšmiškai kažką pasakyti, nes duomenys eina iš Indijos, kur nėra daroma tiek daug sekoskaitos, kiek turėtų būti. Daugelis atvejų Europoje yra nauji įvežimai, jie gali būti sekami akyliau, daugeliui įvežimų savaime atsitiktinai nepavyksta paplisti. Tuo pačiu metu tiek JK, tiek bendrai Europos populiacija, yra ganėtinai plačiai paskiepyta. Yra labai daug įvairių niuansų, tiek teigiamų, tiek neigiamų aplinkybių, todėl bendrą jų sąveiką sunku įvertinti“, – sakė G. Dudas.

Jo nuomone, bet kokiu atveju, skiepijant populiaciją, indiška atmaina neturėtų būti didelė problema.

„Bet tik, jeigu pakankama visuomenės dalis yra paskiepyta“, – sakė G. Dudas.