Šio centro direktorius Algirdas Stankevičius Eltai sakė, kad per pastaruosius 20 metų Baltijos jūros lygis pakilo 15 cm. Kai kurių mokslininkų siūlymai į Baltijos jūros priekrantes išpilti smėlį, išgaunamą gilinant uostą, vertinami prieštaringai. Pačia ekologiškiausia ir ekonomiškiausia apsaugine priemone A.Stankevičius laiko krantų pynimą.

Pavyzdžiui, Kuršių nerijos Nacionalinis parkas, kurio darbuotojai skiria nuolatinį dėmesį tokiam krantų tvirtinimui, nuo ardančio audrų poveikio nukentėjo daug mažiau: čia išplauta tik 4 tūkst. kub. m smėlio.

Kuršių mariose, ypač Klaipėdos sąsiauryje ir Malkų įlankoje, taip pat Baltijos jūros rekreacinėje zonoje (ties Melnrage ir Būtinge) nežymiai didėja užterštumas naftos angliavandeniliais. Kuršių mariose vis dar randama organinių chloro junginių (kurie kaip ir DDT ar gyvsidabris kaupiasi gyvuosiuose organizmuose), o Baltijos jūros priekrantėje jų mažėja, nes yra pamažu išnešami į atvirą jūrą.

Klaipėdos nuotekų išleistuvo akvatorijoje, pradėjus biologinį valymą, net tris kartus sumažėjo fosfatų kiekis. Sanitariniu mikrobiologiniu požiūriu gerėja Kuršių marių vandens kokybė.

Jūrinių tyrimų centro direktoriaus A.Stankevičiaus nuomone, šiuo metu, kol Rusija dar nepradėjo eksploatuoti naftos telkinio ties Nida, labai aktualu atlikti čia kompleksinius tyrimus ir užfiksuoti esamą būklę.

Su kolegomis iš Kaliningrado srities jau pradėta bendradarbiauti tiriant Kuršių marias, tačiau neišvengiama ir problemų: kaliningradiečių stebimų stočių koordinatės laikomos paslaptyje, o į specialistų susitikimus atvyksta vis kiti ir sprendimų dažniausiai negalintys priimti aplinkosaugos darbuotojai.

Tam tikrą susirūpinimą kelia ir ties ekonominės zonos riba su Švedija bei Latvija Antrojo pasaulinio karo metais palaidotas cheminis ginklas.

Detalesnis arseno ir jo junginių koncentracijos tyrimas cheminio ginklo laidojimo rajone pareikalautų papildomų lėšų. Tikimasi ir Krašto apsaugos struktūrų supratimo bei paramos.