J. D. Aleksa 1975-1990, 1995-2000 ir nuo 2003-ių iki mirties buvo teatro vyriausiasis dirigentas, 1995-1998 m. - teatro vadovas. 1990-1994 m. dirbo Bratislavoje, Slovakijos nacionalinės operos vyriausiuoju dirigentu.
1994 metais J. D. Aleksa buvo apdovanotas Latvijos Respublikos Didžiuoju muzikos prizu, 1995 m. - Didžiojo Lietuvos Kunigaikščio Gedimino 3-iojo laipsnio ordinu. 2003 metais tapo Lietuvos nacionalinės kultūros ir meno premijos laureatu.
J. D. Aleksa 1965 m. parengė savo pirmąją premjerą - K. Orfo operą "Gudruolė".
Dirigento J. D. Aleksos repertuare buvo per 30 operų premjerų, tarp jų V. A. Mocarto "Figaro vedybos", "Don Žuanas", L. van Bethoveno "Fidelio", Dž. Rosinio "Sevilijos kirpėjas", R. Vagnerio "Lohengrinas", Ž. Bizė "Carmen", Dž. Verdžio "Don Carlos", "Aida", "Macbeth", P. Čaikovskio "Eugenijus Oneginas", M. Musorgskio "Borisas Godunovas" ir daugelis kitų.
J. D. Aleksa parengė per 15 baleto pastatymų - P. Čaikovskio "Miegančioji gražuolė", B. Bartoko "Stebuklingas mandarinas", S. Prokofjevo "Romeo ir Džuljeta", R. Ščedrino "Ana Karenina " ir kt. Šiuo metu kaip tik buvo repetuojama R. Ščedrino "Ana Karenina", kurios premjerą turėjo diriguoti Maestro Jonas Aleksa.
J. Aleksa parengė premjeras Erfurto miesto teatre, Sankt Peterburgo M. Musorgskio teatre, Slovakijos nacionaliniame teatre Bratislavoje. 1990 m. Sankt Peterburgo M. Musorgskio teatras pakvietė J. Aleksą diriguoti daugelį "Eugenijaus Onegino", "Pikų damos", "Boriso Godunovo", "Chovanščinos" ir "Auksinio gaidelio" spektaklių gastrolėse Paryžiuje ir Italijoje.
Neįkainojamas šio operos meno riterio indėlis į Lietuvos operos raidą, rašoma LNOBT nekrologe.