Ikiteisminio tyrimo duomenimis, A. Margelis su kitais pareigūnais piktnaudžiavo tarnybine padėtimi, siekdami tarybos narės Daivos Ambrazevičienės palankumo ir palaikymo Tėvynės sąjungai-Lietuvos krikščionims demokratams Lazdijų rajono savivaldybės tarybos koalicijoje.
Kaltinamajame akte teigiama, kad A. Margelis davė nurodymus savo pavaldiniams Investicijų skyriaus vadovui Vidmantui Pilviniui ir administracijos direktoriui Gintautui Salatkai bei Virgaudui Šerėnui kuo skubiau įsteigti Marijai Bakšienei naują etatą įmonėje "Lazdijų šiluma", kurios vadovas tebėra V. Šerėnas. Anot prokurorų, naujai pareigybei numatytas atlyginimas buvo kelis kartus didesnis nei ankstesnėje M. Bakšienės darbovietėje.
Teismas nusprendė apklausti M. Bakšienę ir D. Ambrazevičienę. Kitas teismo posėdis numatytas spalio 22-ąją.
Meras esą ne tik piktnaudžiavo tarnybine padėtimi, bet ir organizavo pavaldžių asmenų piktnaudžiavimą. Be to, asmeniškai nustatė valstybinėje įmonėje įdarbintos moters užmokesčio dydį, kuris viršijo net ir Lazdijų rajono savivaldybės administracijos direktoriaus pavaduotojo darbo užmokestį.
Šioje byloje kyšininkavimu kaltintas ir aukštas pareigas užimantis valdininkas Petras Salilionis. Jis esą priėmė kyšį, suteikiantį teisę nemokamai naudotis vieno iš Lietuvoje veikiančių pramogų centro bei jame esančio viešbučio, paslaugomis. Jomis naudojosi ir pastarojo šeimos nariai.
V.P. pateikti kaltinimai piktnaudžiavimu tarnybine padėtimi dėl to, kad jis reikalavo iš Kauno verslininkų nemokamų vieno iš Lietuvoje veikiančių pramogų centro paslaugų.
A. Margelis viešai neigė jam mestus įtarimus ir svarstė, kad STT galėjo tapti jo oponentų politinės kovos įrankiu. Pasak mero, M. Bakšienės balsas neturėjo lemiamos įtakos renkant jį meru - A.Margelį palaikė 20 tarybos narių, administracijos direktorių - 19 tarybos narių iš 25.
A.Margelis Lazdijų rajono meru perrinktas balandžio 12 dieną.
A. Margelis mero pareigas taip pat ėjo 1997-2000 metais ir nuo 2007-ųjų iki pernai vasarį vykusių savivaldos rinkimų.
Prokuroras paprašė tokių bausmių kaltinamiesiems: V. Pilviniui skirti 4 m. laisvės atėmimo bausmę, bausmės vykdymą atidėti 2 metams, A. Margeliui skirti 3 metus laisvės atėmimo, bausmės vykdymą atidėti 2 metams, G. Salatkai skirti 1 m. laisvės atėmimo, bausmės vykdymą atidėti 1 metams, V. Šerėnui skirti 1 m. laisvės atėmimo, bausmės vykdymą atidėti 1 metams, Petrą Selilionį atleisti nuo baudžiamosios atsakomybės perduodant jį pagal laidavimą A. Selilionienės atsakomybėn dvejiems metams.