Į komisiją deleguoti šeši parlamentarai ir šeši teisininkai, kuriuos pasiūlė Teismų taryba ir Generalinė prokuratūra.
Pagal Seimo statutą trečdalį arba keturis komisijos narius delegavo apkaltos iniciatoriai - po vieną nuo valdančiųjų Socialdemokratinės koalicijos ir Naujosios sąjungos (NS, socialliberalų) bei opozicinių Liberalų ir centro sąjungos ir Tėvynės sąjungos - konservatorių frakcijų.
Apkaltos iniciatoriams komisijoje atstovaus socialdemokratas Julius Sabatauskas, socialliberalas Vaclovas Karbauskis, liberalcentristas Raimondas Šukys ir konservatorius Jurgis Razma.
Du komisijos nariai deleguoti nuo Seimo daugumos ir mažumos. Dauguma į komisiją delegavo socialdemokratą Algirdą Macaitį, nuo mažumos į komisiją deleguotas liberalcentristas Gintaras Steponavičius, kurį parėmė 29 liberalcentristai ir konservatoriai.
Tai yra daugiau negu pusė visų mažumai priklausančių parlamentarų. Tuo tarpu, Liberaldemokratų, Valstiečių ir Naujosios demokratijos partijų frakcijos bei mišri Seimo narių grupė užprotestavo tokį sprendimą ir siūlė pačiam Seimui apsispręsti, kas turi atstovauti mažumai.
Seimo Etikos ir procedūrų komisija konstatavo, jog toks siūlymas neatitinka Seimo statuto normų.
Burtų keliu iš pasiūlytų dvylikos teisininkų komisijos nariais buvo atrinkti Aukščiausiojo teismo Baudžiamųjų bylų skyriaus pirmininko patarėjai Irma Randakevičienė ir Pranciškus Žalkauskas, Apeliacinio teismo teisėjo padėjėjas Vaidas Pajeda, Vilniaus Apygardos teismo Apeliacinio skyriaus prokuroras Kęstutis Bieliauskas, Vilniaus apygardos prokuratūros Organizuotų nusikaltimų ir korupcijos tyrimo skyriaus prokuroras Linas Belevičius ir Generalinės prokuratūros Valstybinio kaltinimo skyriaus prokuroras Jonas Martinaitis.
Į komisiją nebuvo deleguotas nė vienas šiuo metu teisėjo pareigas einantis teisininkas, nes tai gali prieštarauti Konstitucijoje įtvirtintam valdžių atskyrimo principui, tačiau P.Žalkauskas yra anksčiau yra buvęs teisėju.
Socialdemokratai pasiūlė paskirti P.Žalkauską komisijos pirmininku, tačiau šio klausimo svarstyme nuspręsta daryti pertrauką iki antradienio. Iki tol Seimo nariai ketina susipažinti su P.Žalkausko kandidatūra, taip pat paklausti, ar jis sutiktų pirmininkauti komisijai.
Dvylikos narių komisija spręs, ar 86 apkaltos iniciatorių pagrįstai kaltina prezidentą šiurkščiai pažeidus Konstituciją ir sulaužius duotą priesaiką.
"Mes pradedame patį rimčiausią šio Seimo kadencijos darbą (...). Nuo Seimo ir jame vykstančio apkaltos proceso priklausys demokratijos ateitis", - teigė vienas iš apkaltos iniciatorių opozicinės Tėvynės sąjungos - konservatorių frakcijos seniūnas Andrius Kubilius.
"Turime atsiminti, jog Adolfas Hitleris ir Aleksandras Lukašenka atėjo į valdžią per demokratinius rinkimus, bet tuo demokratija ir baigėsi", - pažymėjo A.Kubilius.
Prezidentas kaltinamas savo veiksmų sudaręs grėsmes Lietuvos nacionaliniam saugumui, neužtikrinęs valstybės paslapties apsaugos, daręs neteisėtą įtaką privačių ūkio subjektų veiklai, nesuderinęs viešųjų ir privačių interesų, neužtikrinęs ir sutrikdęs darnų valdžios institucijų funkcionavimą, aplaidžiai vykdęs savo pareigas, sudaręs prielaidas prezidento patarėjams piktnaudžiauti savo pareigomis.
Kaltinimai remiasi anksčiau Seimo patvirtintomis parlamentinės tyrimo komisijos dėl galimų grėsmių nacionaliniam saugumui išvadomis. Ši komisija konstatavo, jog prezidentas dėl savo ryšių "buvo ir yra pažeidžiamas", ir tai sudaro grėsmes Lietuvos nacionaliniam saugumui.
Parlamentinei tyrimo komisijai siūloma pavesta iki kitų metų vasario 13 dienos pateikti savo išvadas Seimui.
Jos posėdžiuose turi būti išklausyti apkaltos proceso iniciatoriai ir prezidentas, taip pat ji gali apklausti liudytojus, prireikus pasitelkti ekspertus bei specialistus. Liudytojai ir ekspertai turi būti apklausiami pagal baudžiamojo proceso taisykles, jie turės atsakyti už atsisakymą liudyti ar melagingus parodymus.
Komisijos posėdžiuose taip pat gali dalyvauti ir asmens, kuriam taikoma apkalta, advokatas. Seimo statutas numato, jog apkaltos iniciatorių kaltinimus svarstančios komisijos posėdžiai "paprastai" yra uždari.
Kadangi prezidentas kaltinamas šiurkščiu Konstitucijos pažeidimu, savo išvadą dėl to turės pateikti ir Konstitucinis Teismas. Į KT Seimas gali kreiptis savo iniciatyva arba kaltinimus prezidentui svarstančios komisijos siūlymu.
Prezidentui nušalinti po apkaltos reikia ne mažiau kaip 85 balsų. Iš viso šiuo metu Seime yra 137 nariai, keturios vietos yra laisvos.
Prezidentas bet kuriuo apkaltos proceso metu iki balsavimo dėl jo nušalinimo pradžios gali atsistatydinti iš pareigų. Tačiau iki šiol R.Paksas teigia neketinąs to daryti.
Premjeras Algirdas Brazauskas ir Seimo pirmininkas A.Paulauskas paragino R.Paksą atsistatydinti nelaukiant apkaltos pradžios. Prezidento skandalui užsitęsus pusantro mėnesio, Lietuvoje vis ryškiau pastebimas visuomenės skilimas, atsiranda tarptautinės izoliacijos požymių.