Atkūrus Nepriklausomybę, į tikintiesiems sugrąžintą bažnyčią 1994 metais grįžo Lietuvoje kiek anksčiau savo veiklą atnaujinę broliai pranciškonai, pamažu atkuriantys bažnyčios interjero grožį.
Kaip Eltai sakė tapybos restauratorius Juozapas Blažiūnas, P. Gudyno restauravimo centre restauruojamas devyniolikos nealtorinių paveikslų ciklas, kuriame vaizduojami šventųjų atvaizdai su jų gyvenimo ir stebuklų scenomis. Uždarius Bernardinų bažnyčią, šie paveikslai dar ilgai joje pasiliko, tačiau prieš patekdami į muziejaus rinkinį apie 1972 metus buvo vandališkai suniokoti - iš kai kurių buvo išpjauti ir pavogti nemaži fragmentai, matyt, ketinant juos įsirėminti, tačiau vėliau šie fragmentai buvo surasti ir grąžinti, sakė restauratorius.
Ant tapybos restauratorių stalo ištiesta pirmoji didelio formato (283 x 281,5 cm) drobė "Šv. Brunonas. Stebuklas bažnyčioje" - viena iš seniausių nežinomo autoriaus paveikslų cikle, kaip spėjama, sukurta XVII amžiuje. Pasak dailėtyrininkų, viduramžių ispanų vienuolio, kartūzų ordino įkūrėjo Šv. Brunono (1032-1101) atvaizdas Lietuvos ir Europos dailėje aptinkamas labai retai. "Šis šventasis nesusijęs su Lietuva, tad lieka neaišku, kaip jis atsidūrė Bernardinų bažnyčioje Vilniuje. Į muziejaus fondus šis paveikslas atkeliavo su didžiule skyle - kažkas buvo išpjovęs centrinę šventojo Brunono figūrą. Laimei, šis fragmentas vėliau buvo surastas, tačiau paveiksle dar trūksta Švč. Mergelės Marijos atvaizdo", - pasakojo vienas iš paveikslo restauratorių J. Blažiūnas, prie šio paveikslo dirbantis kartu su restauratoriais Algimantu Vaineikiu, Mantu Matuiza ir Brigita Kaupyte.
Kultūros paminklų paveldo archyvo fototekoje išlikusioje vienoje prieškario fotografijoje užfiksuotas paveikslo vaizdas dar prieš jo sužalojimą. Ši nuotrauka ir padėjusi surasti Dailės muziejaus rinkiniuose išlikusį iš paveikslo išpjautą fragmentą su Šv. Brunono figūra, o kartu ir patikslinti viso paveikslo siužetą.
Pasak specialistų, kai kurie šventųjų ciklo paveikslai kelis kartus buvo atnaujinti - nuo XVIII amžiaus atlikti restauravimai gerokai pakeitė autorinės tapybos meninę išraišką. Prieš ketvirtį amžiaus buvo sutvirtintas beveik visų paveikslų tapybos sluoksnis, keletą dešimtmečių paveikslai saugoti suvynioti ant didžiulių ritinių.
Ankstesnių restauravimų žymės geriausiai matomos nugarinėje paveikslo dalyje - čia daugybė skirtingo grūdėtumo, tankumo ir storumo drobės lopų, užklijuotų vienas ant kito rupaus malimo kvietinių miltų kleisteriu, kurį sudaro miltai, natūrali derva ir kreida, tad dabar restauratoriams gana sunku šį sluoksnį pašalinti.
"Įdomu tai, kad, pašalinus viršutinius lopus, miltų kleisteryje rasti pavieniai sveiki kviečių grudai, taip pat augalų lapų likučiai, smulkios medžio atplaišos ir grūdinių kultūrų gemalai - tai tarsi užkonservuotas laikas. Dabar nei kleisteris, nei sintetiniai klijai šių dailės vertybių restauravimui netinka, tad naudojame brangius ir patvarius klijus, gaminamus iš vertingos jūrų žuvies - eršketo - pūslės. Vienas kilogramas tokių klijų kainuoja apie pusę tūkstančio eurų, o vienam paveikslui šių klijų reikėtų dviejų kilogramų", - sakė restauratorius.
Paveikslo "Šv. Brunonas. Stebuklas bažnyčioje" restauravimo darbai, specialistų skaičiavimais, gali užtrukti apie penkerius metus. Pasak J. Blažiūno, kol kas šio paveikslo restauravimo niekas nefinansuoja, nors brangiausiai atsieina medžiagos. Pavyzdžiui, vien didelis profesionaliai pagamintas medinis porėmis, ant kurio bus užtraukta restauruoto paveikslo drobė, kainuoja apie 10-15 tūkstančių litų.