Jono Basanavičiaus muziejaus įkūrimo pradžia laikomi 1989 metai, kai buvo parengtas J. Basanavičiaus gimtosios sodybos atstatymo Ožkabalių kaime (Vilkaviškio r.) projektas ir pradėtas sodinti Tautinio Atgimimo Ąžuolynas.
1996 metais Jono Basanavičiaus muziejus ir Lietuvos Tautinio Atgimimo Ąžuolynas buvo įtraukti į Lietuvos nekilnojamųjų kultūros vertybių registrą kaip objektai, turintys architektūrinę, istorinę ir urbanistinę reikšmę.
2006 m. sodyba-muziejus buvo perduotas Marijampolės apskrities viršininko žinion, buvo įsteigta biudžetinė įstaiga – Jono Basanavičiaus sodyba-muziejus.
Be Jono Basanavičiaus gimtinės Lietuvos nacionalinis muziejus turi dar aštuonis ekspozicinius padalinius. Tai Naujasis ir Senasis arsenalai Vilniuje, Gedimino pilies bokštas, Vilniaus gynybinės sienos bastėja, Signatarų namai, Kazio Varnelio namai-muziejus, aušrininko Jono Šliūpo memorialinė sodyba Palangoje ir varpininko Vinco Kudirkos muziejus Kudirkos Naumiestyje (Šakių raj.).
