Šv.Kazimiero bažnyčios vargonus pagamino žymios vokiečių firmos "Oberlinger" meistrai. Vieną vargonų dalį - 35 balsų - 1968 metais ši firma prijungė prie Karlsrūės bažnyčios 10 balsų 18 amžiaus Stumo (Štumo) dirbtuvėje pagamintų vargonų, įmontavus naujesniuosius į barokinį korpusą. Būtent šis - praėjusio amžiaus septintojo dešimtmečio - "Oberlinger" instrumentas dabar stovi Vilniuje, Šv.Kazimiero bažnyčioje.
35 balsų vargonus tos pačios "Oberlinger" firmos meistrai papildė dar dešimčia balsų, sukurtų pagal istorinį Stumo vargonų pavyzdį. Barokinės formos medinis vargonų korpusas pagal senuosius brėžinius buvo pagamintas Telšiuose.
Vienas sudėtingiausių darbų, pasak L.Digrio, buvo šių vargonų intonavimas. Vokiečių specialistai kartu su lietuvių kolegomis turėjo pritaikyti daugiau nei 3 tūkst. vargonų vamzdelių skambesį prie naujos erdvės - unikalios Šv.Kazimiero bažnyčios akustikos. Šiuos darbus intonatoriai atliko per 80 dienų.
Naujuose šv.Kazimiero bažnyčios vargonuose yra įmontuota kompiuterinė registrų kombinacijų programavimo įranga.
Pasak L.Digrio, Šv.Kazimiero bažnyčioje sovietų laikais yra buvęs ir antireliginis, ir ateizmo, ir religijos istorijos muziejus, vargonų joje neliko nuo 1863-iųjų, kuomet bažnyčia buvo uždaryta. 1991 metais, grąžinus bažnyčią tikintiesiems, į ją buvo atgabenti elektriniai vargonai - "tikrųjų" pakaitalas. Su šiuo instrumentu buvo tęsiama sekmadieninių koncertų tradicija, perkelta iš Vilniaus arkikatedros.
Su naujuoju instrumentu dirbęs vargonų meistras Laimis Pikutis sakė, kad šiuo metu šių įvairiuose miestuose esančių instrumentų padėtis yra itin liūdna. Apleistus vargonus geriausiu atveju remontuoja vietiniai meistrai, pasitelkę "plaktukus ir vinis".
Anksčiau skaičiuota, kad sostinės bažnyčios vargonai turėjo kainuoti apie 4 milijonus litų, tačiau tikroji suma, pasak vargonininkų, turėtų būti keliskart mažesnė.
Didžiausią lėšų dalį vargonų statybai skyrė Vyriausybė, Kultūros ir sporto rėmimo fondas, Kultūros ministerija, Vokietijos ambasada, įvairūs fondai.
Naujųjų vargonų atidarymo ir pašventinimo proga penktadienį Šv.Kazimiero bažnyčioje vyks koncertas, kuriame gros L.Digrys, Irena Budrytė-Kummer, Renata Marcinkutė-Lesieur kartu su choru "Jauna muzika", perkusininku Vladimiru Tarasovu ir Lietuvos kameriniu orkestru.
Naujaisiais vargonais muzikuos M.K.Čiurlionio konkurso dalyviai, kiti profesionalūs vargonininkai, vyks koncertai. Taip pat Šv.Kazimiero bažnyčioje liepos bei rugpjūčio mėnesiais atnaujinama tarptautinių vargonų festivalių tradicija.