Išnagrinėjęs audito ataskaitą, valstybės kontrolierius Jonas Liaučius priėmė sprendimą, kuriame, be kita ko, konstatavo, kad valstybės biudžeto asignavimus darbo užmokesčiui LNF naudojo ne pagal paskirtį, pažeisdama Biudžeto sandaros įstatymą ir kitus teisės aktus. Valstybės biudžeto asignavimus LNF gauna "viena eilute", neišskiriant, kokia jų dalis skiriama darbo užmokesčiui. Todėl LNF administracija šiam tikslui lėšas skirdavo savo nuožiūra.
Per praėjusius ketverius metus darbo užmokesčiui ir įnašams už darbuotojų socialinį draudimą mokėti LNF administracija panaudojo 29,6 mln. Lt, o tai kasmet sudarydavo nuo 73 iki 82 proc. LNF skiriamų valstybės biudžeto lėšų. Darbo užmokesčiui panaudoti asignavimai LNF teikiamose ataskaitose neatsispindėdavo.
LNF generalinis direktorius Egidijus Mikšys apskundė valstybės kontrolieriaus sprendimą Vilniaus apygardos teismui ir apeliacine tvarka - Lietuvos vyriausiajam administraciniam teismui. Skundus rėmė kultūros ministrė Roma Dovydėnienė (Žakaitienė), kurios nuomone, teisės aktai neįpareigojo LNF išskirti darbo užmokesčio lėšų nei teikiant paskaičiavimus dėl bendro valstybės biudžeto asignavimų poreikio, nei atsiskaitant už tų lėšų panaudojimą.
Abu teismai atsisakė patenkinti LNF skundus ir paliko galioti valstybės kontrolieriaus sprendimą.
Pasak J. Liaučiaus, Lietuvos vyriausiojo administracinio teismo sprendimas pagaliau padėjo tašką ilgoje diskusijoje, kurią inicijavo LNF ir kitos asignavimus "viena eilute" iš valstybės biudžeto gaunančios įstaigos, užsispyrusiai nenorėjusios laikytis įstatymo nustatytos tvarkos. Jos ir toliau norėjo savo nuožiūra disponuoti biudžeto asignavimais ir neteikti ataskaitų apie darbo užmokesčiui panaudotas lėšas. Siekiant šioje srityje įvesti tvarką, nereikėjo jokių naujų įstatymų, tereikėjo tik juos teisingai suprasti ir taikyti, sakė J. Liaučius.
Lietuvos vyriausiasis administracinis teismas ne tik nepatenkino LNF skundo, bet ir išaiškino Biudžeto sandaros įstatymo taikymą. Savo nutartyje jis pabrėžė, kad asignavimų iš valstybės biudžeto panaudojimas darbo užmokesčiui galimas tik tuo atveju ir tik tokioje asignavimų dalyje, kiek tai konkrečiai nurodyta Biudžeto rodiklių įstatyme. Todėl nuo šiol jame nustatytos tvarkos turės laikytis ir LNF, ir Lietuvos nacionalinis radijas bei televizija, taip pat kitos įstaigos, kurioms 2003 metų valstybės biudžeto ir savivaldybių biudžetų finansinių rodiklių patvirtinimo įstatymu valstybės biudžeto asignavimai buvo skirti paprastosioms išlaidoms, nenustačius, kokia jų dalis gali būti skirta darbo užmokesčiui.
Valstybės kontrolierius rekomendavo Seimui ir Vyriausybei patobulinti lėšų skyrimo tvarką, kad ji garantuotų teisėtą ir taupų valstybės biudžeto asignavimų naudojimą.