Prieš burtus komandos buvo padalintos į du krepšelius. Pirmajame atsidūrė šešios „Betsafe–LKL“ komandos, praėjusį sezoną užėmusios 5–10 vietas, o antrajame – šeši Nacionalinės krepšinio lygos (NKL) klubai.
Pirmajame KMT etape susirungs šios poros:
Jonavos „Jonava“ – Pasvalio „Pieno žvaigždės“
Šilutės „Šilutė“ – Alytaus „Dzūkija“
Šakių „Vytis“ – Kėdainių „Nevėžis-Optibet“
Klaipėdos „Neptūnas-Akvaservis“ – „Šiauliai“
„Žalgiris-2“ – Prienų „CBet“
Marijampolės „Sūduva-Mantinga“ – Utenos „Juventus“
Planuojama, kad komandos pirmąsias rungtynes žais spalio 6 ir 13 d. NKL klubų namų aikštėse, atsakomosios rungtynės „Betsafe–LKL“ komandų namų arenose planuojamos spalio 20 ir 27 d.
Dvi porų nugalėtojos automatiškai pateks į turnyro ketvirtfinalį. Tai bus komandos, praėjusį sezoną užėmusios aukščiausias pozicijas.
Jei pirmame KMT etape laimėtų visos šešios „Betsafe–LKL“ komandos, į ketvirtfinalį automatiškai patektų „Juventus“ (5 vieta praėjusį sezoną) ir „CBet“ (6 vieta).
Likusios keturios komandos, laimėjusios pirmajame etape, tarpusavyje žais antrajame etape. Keturios komandos bus suporuotos burtais ir žais dvejas rungtynes namie ir išvykoje.
Ketvirtfinalyje prie keturių atranką įveikusių komandų prisijungs keturi stipriausi praėjusio sezono klubai: Kauno „Žalgiris“, Vilniaus „Rytas“, Panevėžio „Lietkabelis“ ir Klaipėdos „Neptūnas“.
Citadele KMT finalo ketvertas vyks 2021 m. vasario 13–14 dienomis.
