Paukštis minta smulkiomis žuvelėmis. Rečiau renkasi vėžiagyvius, įvairius vabzdžius ir jų lervas. Medžioja staigiai nerdama žemyn ir auką vandenyje sučiupdama snapu.
Mėgsta atokius smėlėtus vandens telkinių krantus, kriauklių ir žvyro juostas. Lietuvoje aptinkamos tiek pavienės poros tiek ir mažųjų žuvėdrų grupės. Dėl aktyvios šių paukščių migracijos sunku tiksliai nustatyti jos populiaciją mūsų šalyje. Spėjama, kad šiuo metu Lietuvoje peri maždaug 150–200 šių retų paukščių porų. Daugiausia jų aptinkama palei Nemuną, Neries žemupyje. Pavienės poros pastebimos žuvininkystės tvenkiniuose, užlietuose karjeruose, jūros pakrantėse.
Šis ištvermingas paukštis gali nuskristi šimtus kilometrų. Iš tolimų kraštų į Lietuvą grįžta maždaug gegužės mėnesį. Sudaro monogamiškas poras. Norėdamas privilioti patelę, patinėlis jai pasiūlo žuvies. Birželio mėnesį patelė iškasa nedidelę duobutę žemėje, grunte. Čia sudeda nuo 2 iki 3 pilkšvos spalvos kiaušinių su juodomis dėmelėmis. Perėjimas vyksta nepilną mėnesį (18–22 dienas). Išsiritę paukščiukai jau po kelių savaičių pradeda skraidyti. Jaunikliai pirmaisiais gyvenimo metais būna dėmėti, kiek tamsesni už suaugusius paukščius. Mažosios žuvėdros lytiškai subręsta būdamos dviejų – trijų metų amžiaus.
Labai svarbu, kad perėjimo metu šie paukščiai nebūtų trikdomi. Būtent žmonės (žvejai, poilsiautojai) ir jų lankymasis perėjimo vietose mažina šių unikalių paukščių populiaciją. Nyksta vietos, kuriose mažoji žuvėdra gali dėti kiaušinius. Tai atsitinka dėl vandens lygio svyravimų, pakrančių apžėlimo medeliais, kita augalija. Norint išsaugoti mažąsias žuvėdras, būtina valyti šių sparnuočių perėjimui tinkamus krantus. Svarbu riboti žmonių lankymąsi veisimosi plotuose.
Į Lietuvos raudonąją knygą šis paukštis įtrauktas dar 1976 metais. Mažąsias žuvėdras globoja ir Berno, Bonos konvencijų, Paukščių direktyvos nuostatai.
