Tyrimai atliekami įvairiu dažnumu, priklausomai nuo vandens telkinių svarbos, būklės. Vieni telkiniai tiriami kasmet 12 kartų, kiti – periodais: 1 kartą per 6 metus, 1 kartą per 3 metus, nuo 1 iki 4 kartų per metus. Tokią metodiką taiko ir kitos šalys.

Tiriamos organinės medžiagos, maistmedžiagės, deguonies ir skendinčių medžiagų kiekis vandens telkinyje, sunkieji metalai. Taip pat tiriami biologiniai elementai – didesnieji vandens augalai, dumbliai, fitobentosas, fitoplanktonas, žuvys ir makrobestuburiai, gyvenantys vandens telkinių dugne, galiausiai, pavojingos medžiagos: pesticidai, lakūs organiniai junginiai, ftalatai, policikliniai aromatiniai angliavandeniliai, fluorintos medžiagos ir kt.

Ištyrus visus vandens kokybės elementus galima įvertinti ekologinę, cheminę bei bendrą vandens telkinių būklę. Toks išsamus vertinimas atliekamas per 6 metų periodą, rengiant upių baseinų rajonų (UBR) valdymo planus.

Šiuo metu yra parengti 2022–2027 m. periodo Nemuno, Lielupės, Ventos ir Dauguvos UBR valdymo planų ir priemonių programų pagal Vandens įstatymo ir ES Direktyvos 2000/60/EB reikalavimus projektai.