Olimpinėse žaidynėse iš viso gali dalyvauti 206 šalys – tai yra 193 Jungtinių Tautų narės, viena Jungtinių Tautų narė stebėtoja Palestina bei 12 limituotai pripažintų ar priklausomų šalių: Kosovas, Taivanas, Kuko salos, Guamas, Kaimanų salos, Puerto Rikas, Mergelių salos, Bermuda, Didžiosios Britanijos Mergelių salos, Aruba, Amerikos Samoa ir Honkongas.
Tokijuje varžosi būtent 206 delegacijos, tiesa, dvi iš jų – po olimpinio komiteto vėliava. Po debiuto Rio de Žaneire, žaidynėse ir vėl varžosi Pabėgėlių rinktinė, kurią šiemet sudaro 29 sportininkai. Kompaniją šiai rinktinei palaiko Rusijos olimpinio komiteto komanda, užimanti diskvalifikuotos Rusijos Federacijos vietą.
Dėl Pasaulinės antidopingo agentūros sprendimo diskvalifikuoti Rusiją iš visų tarptautinių sporto renginių ketveriems metams, šios šalies vėliava plazdėti ir himnas skambėti Tokijuje negali.
