Laivuose su Lietuvos vėliava dirba tik 2000 jūrininkų iš 6000 registruotų, o iš šių, dirbančių laivuose su užsienio vėliava, per pastaruosius trejus metus pajamų mokestį sumokėjo tiktai 8. Tikėtina, kad dėl kažkokių tikslų deklaruodami turtą ir pajamas, jie turėjo sumokėti ir pajamų mokestį.
Dirbti laivuose su užsienio vėliava, kuri gali būti tiek ir ofšorinių valstybių, tiek ES valstybių, kurios jau yra sumažinusios mokesčių jūros verslui, yra daug pelningiau, nes dėl sutvarkytos mokesčių sistemos darbdaviai gali mokėti didesnius atlyginimus, o iš šių darbo užmokesčių dar nėra išskaičiuojamas pajamų mokestis. Dėl per didelių mokesčių Lietuvoje registruoto laivo valdytojas negali mokėti jūrininkui laive net minimalaus darbo užmokesčio, nustatyto Tarptautinės transporto federacijos.
Laivybos kompanijų vadovai papildomai draudžiasi laivų savininkų savitarpio draudimo klubuose, kurie užtikrina jūrininkui gyvybės bei sveikatos draudimus. Turint galvoje, kad socialinio draudimo mokestį ir darbdaviai, ir darbuotojai sumoka ir Lietuvoje, jūrų verslas iš esmės apmokestinamas du kartus. Specialistai mano, kad jūrininkas savo draudimu krante turėtų pasirūpinti pats. Tam, žinoma, geriausiai pasitarnautų galimybė privačiai draustis ar dabar veikiančiose gyvybės draudimo kompanijose, ar būsimuosiuose pensijų fonduose.
Šiuo metu jūrininkai ir jų darbdaviai moka visą socialinio draudimo mokestį, bei 15 proc. fizinių asmenų pajamų mokestį tie, kurie dirba laivuose su Lietuvos vėliava, ir 20 proc. mokestį tie, kurie dirba laivuose su užsienio valstybės vėliava. Tarptautinė konkurencija skatina laivus registruotis lengvatinių mokesčių zonose. Dėl šios priežasties praėjusio šimtmečio devintajame dešimtmetyje pradėjo nykti Vakarų Europos šalių nacionaliniai laivynai - šalių laivai ėmė plaukioti su kitų valstybių, dažniausiai ofšorinių, vėliavomis.
Todėl ES 1989 m. patvirtino valstybės paramos jūrų transportui gaires, pagal kurias šalys - Europos Sąjungos narės gali remti savo šalių laivininkystes, jas atleidžiant nuo jūrininkų darbo apmokėjimui skirtų lėšų apmokestinimo pajamų bei socialinio draudimo mokesčiais, arba tuos mokesčius sumažinant. Reikėtų pažymėti, kad tai yra rekomendacinio pobūdžio gairės, todėl jos nėra privalomos.
Seimo narys Vaclovas Stankevič vasario pabaigoje pateikė Prekybinės laivybos įstatymo pataisas, kuriomis siūlo tiksliau reglamentuoti jūrininkų apmokestinimą. Seimo narys siūlo jūrininkams, dirbantiems laive, netaikyti Darbo santykių įstatymo, o pačius jūrininkus prilyginti savarankiškai dirbantiems asmenims, sumažinti jų socialinio draudimo ir fizinių asmenų pajamų mokesčius. Taigi Lietuvoje veikiančioms kompanijoms būtų sudarytos panašios sąlygos, kurios yra kituose Europos uostuose.
Viena jūrininko vieta sukuria 4-5 darbo vietas uoste, todėl taip svarbu yra išlaikyti nacionalinį uostą ir jūrininkus Lietuvoje, kuriems užsienyje siūlomos daug geresnės sąlygos. "Juk geriau, kad jūrininkas parvežtų savo darbo užmokestį Lietuvoje gyvenančiai šeimai ir čia išleistų tuos pinigus, be to, dar sukurdamas darbo vietų krante, nei išvežtų savo šeimą į Kiprą ar Graikiją", - teigia V.Stankevič. Be to, jūrininkams persikėlus į kitas valstybes, kompanijoms pakeitus registracijos vietą, visa uosto infrastruktūra paprasčiausiai persikelia į kitas valstybes.
Pasak viešųjų ryšių kompanijos "Hill&Knowlton", kuri atstovauja kompanijos DFDS Tor Line, "Lisco Baltic Service" savininkės, interesams, direktorius Arūnas Pemkus teigė, jog DFDS Tor Line yra įsipareigojusi kurį laiką samdyti lietuvių įgulas ir išlaikyti Lietuvos vėliavas laivuose kompanijai. Tačiau kol kas šiai kompanijai, atėjusiai į Lietuvą beveik prieš metus, dabar tai daryti apsimoka labiau, nei samdyti tokiam pačiam darbui danus ar vokiečius. Anot A.Pemkaus, samdant lietuvių įgulas, kompanija gali mokėti didesnius atlyginimus, tuo patenkinti ir darbuotojai, ir darbdaviai, be to, darbu aprūpinamos ir Lietuvos kompanijos, kurios turi bazes Klaipėdos uoste.
Tačiau pasak A.Pemkaus, valstybė turėtų pati labiau rūpintis, kad kompanijos norėtų plaukioti su Lietuvos vėliava, o tai reiškia pirmiausiai pajamas pačiai valstybei. Pačioje Baltijos jūroje šiuo metu yra didelė konkurencija, o dėl nesutvarkytos mokesčių sistemos, laivai, plaukiojantys su Lietuvos vėliava, tampa mažiau konkurentiški, palyginti su kitų šalių laivais.
Didžiausių Lietuvos laivybos kompanijų, tarp kurių yra AB "Lisco Baltic Service", nuomonę palaiko ir smulkūs laivų savininkai. Anot Lietuvos laivų savininkų asociacijos prezidento Vytauto Lygnugario, Lietuva taip praranda gerus specialistus, o ilgainiui praras ir jūrinės valstybės vardą.
Seimo narys V.Stankevič teigia, kad jo siūlomos Prekybinės laivybos įstatymo pataisos - tai tiktai darbo pradžia. O prie sprendimo dar turi daug padirbėti tiek ir Socialinių reikalų ir darbo ministerija, tiek ir Finansų ministerija, nes kol kas neapskaičiuota, kiek tokios pataisos galėtų kainuoti biudžetui.
Tokioms pataisoms iš esmės pritaria ir Lietuvos jūrininkų sąjunga, tačiau, pasak jų, jeigu jūrininkams, dirbantiems laive, nebus taikomi darbo įstatymai, vadinasi, neturėtų būti taikomi ir Kolektyvinių sutarčių, ir Profsąjungų, ir Kolektyvinių ginčų sprendimo įstatymai. Tokiu būdu būtų pažeistos jūrininkų socialinės garantijos, o jūrininkų profsąjunga negalėtų efektyviai ginti jų teisių.