„J.Bernatonis yra man labai gerai pažįstamas žmogus, turintis gerą išsilavinimą. Jis yra mokslų daktaras. Filosofijos daktaro disertaciją yra apsigynęs Prahoje, baigęs teisę Vilniaus universitete”, – taip savo motyvus siūlyti J.Bernatonį į valstybės kontrolieriaus postą aiškino A.Brazauskas. Jis taip pat teigė vertinąs J.Bernatonio patirtį, kurią šis sukaupė parlamente ir būdamas vidaus reikalų ministras.
Atrodo, J.Bernatonis visą laiką nuo pat savo karjeros pradžios dar Komunistų partijoje jautė A.Brazausko paramą. Vėliau J.Bernatonis yra dirbęs A.Brazausko, kaip Prezidento, patarėju politikos klausimais, vidaus reikalų ministru jau premjero A.Brazausko Ministrų kabinete. Premjeras J.Bernatonį ilgą laiką gynė kilus šio konfliktui su generaliniu policijos komisaru Vytautu Grigaravičiumi – šis konfliktas baigėsi ministro atsistatydinimu.
Pasak politologės Lidijos Šabajevaitės, jei ne A.Brazausko parama, J.Bernatonis tikriausiai nebūtų pasiekęs tokių aukštų postų. Tačiau kuo šis politikas nusipelnė tokios partijos lyderio paramos? Politologės teigimu, J.Bernatonis niekada A.Brazauskui neprieštaravo, kaip tai dabar daro A.Salamakinas ar B.Genzelis, visuomet darė tai, ko norėjo dabartinis laikinasis premjeras. Pastarasis savo ruožtu visuomet paremdavo J.Bernatonį. Anot žurnalistės Linos Pečeliūnienės, A.Brazausko paramą šiam politikui lemia senosios nomenklatūros inercija – socdemų lyderis jaučia, kad J.Bernatonis – jo kompanijos žmogus. Tarp jų susiklostę tarsi šeiminiai ryšiai.
L.Pečeliūnienė sako, kad J.Bernatonis – prieštaringa asmenybė. Apžvalgininkė prisimena 1992 metus, kai LDDP atėjo į valdžią ir kai J.Bernatonis, kaip Seimo Pirmininko pavaduotojas, vadovaudavo Seimo posėdžiams. Tuomet jis buvo vienas aršiausių parlamentarų. Pasak L.Pečeliūnienės, J.Bernatonis nuolat sukeldavo skandalus, kurie prieidavo vos ne iki muštynių ir parlamentarų išvesdinimo iš salės. „Jis buvo labiau aršus komunistas nei linkęs į demokratiją”, – sako žurnalistė. Ji priduria, kad J.Bernatonis, kaip politikas, per kurį laiką pasikeitė. Jis išaugo iš aršaus chuliganiško tipo politiko, tai jau buvo matyti jam tapus A.Brazausko patarėju. L.Pečeliūnienė svarsto, kad tam galbūt galėjo turėti įtakos ir studijos Teisės universitete (baigė 2002 m.) – teisinių, demokratinių žinių įgijimas. Tačiau dideliu diplomatu jo, šiaip ar taip, pavadinti negalima.
L.Šabajevaitės teigimu, J.Bernatonis yra politikas, puikiai mokantis prisitaikyti prie aplinkybių ir nevengiantis keisti savo nuomonės. Politologė prisimena tuos pačius 1992–1996 metų Seimo posėdžius: J.Bernatonis per vieną posėdį laikydavosi vienokios nuomonės, per kitą – jau kitokios. Anot L.Šabajevaitės, kaip žmogui tokia savybė tikrai nėra gera, tačiau politikoje ji, deja, yra beveik natūrali.
Atėjęs dirbti į ministeriją, J.Bernatonis siekė susigrąžinti tiesioginį policijos pavaldumą ministrui. Po kontroversiškų policijos pareigūnų veiksmų užtikrinant Kinijos prezidento Jiang Zeminio (Dzian Dzeminio) vizito saugumą, pakviestas pasiaiškinti į Seimą, J.Bernatonis siūlė padidinti jo įgaliojimus kontroliuoti policijos veiklą, pažymėjęs, kad ministro atsakomybė turi būti adekvati jo įgaliojimams. Tačiau Seimas jo norų nepatenkino. Gal dėl to ir prasidėjo nesutarimai su V.Grigaravičiumi?
J.Bernatonio karjeroje konfliktas su generaliniu policijos komisaru nebuvo vienintelis skandalas. Prieš porą metų jis turėjo aiškintis dėl galimo viešųjų ir privačių interesų konflikto, susijusio su jo žmonos paskolos grąžinimu. 1996 metais J.Bernatonio žmonos skolas grąžino bendrovė „Itilija”, susijusi su Vakarų Lietuvos pramonės ir finansų korporacija – ji sumokėjo dabar jau bankrutavusiam Vakarų bankui Vilmos Bernatonienės paimtos paskolos dalį – 163 tūkstančius litų. Pats politikas tuomet aiškino, kad 1994–1996 metais imant ir grąžinant paskolą buvo laikomasi tuo metu galiojusių įstatymų. Be to, jo teigimu, jis pats nei paimant, nei grąžinant kreditą nedalyvavęs.
J.Bernatoniui einant vidaus reikalų ministro pareigas ministerijoje įvyko keletas viešųjų pirkimų skandalų.
Vienas jų buvo susijęs su asmens tapatybės kortelių pirkimo ir gamybos konkursu. Konkursai asmens tapatybės kortelių gamybos programinei įrangai ir dokumentų blankams įsigyti buvo paskelbti dar Seimui nepriėmus įstatymo dėl tokių kortelių įvedimo. Gavusi aštuonių bendrovių pasiūlymus, tarpžinybinė viešojo pirkimo komisija surengė du riboto konkurso dokumentų išdavimo programinei įrangai įsigyti etapus ir nustatė preliminarią pasiūlymų eilę. Dėl antrąją vietą užėmusios bendrovės skundo konkursas buvo sustabdytas. Tuomet buvo kilę įtarimų, kad laimėtojas nuspręstas iš anksto. J.Bernatonis aiškino, kad konkursai buvo paskelbti sprendimus priėmus ministrams pirmininkams Andriui Kubiliui ir Rolandui Paksui. O jis, kaip vidaus reikalų ministras, susitaręs su STT vadovu, kad būtų nuodugniai patikrintas visų šiame konkurse dalyvavusių pareigūnų suinteresuotumas.
Pasak L.Pečeliūnienės, kaip J.Bernatonis besiaiškintų dėl vieno ar kito skandalo, tai yra didelis minusas jo biografijoje. Tačiau socdemams, atrodo, jokie partijos kolegos trūkumai nesvarbūs. Nors, L.Šabajevaitės manymu, tai veikiau yra tik A.Brazausko nuomonė – tikriausiai partijoje atsirastų nemažai tokiam sprendimui nepritariančių narių.
Svarstydama, ar žmogus, turintis J.Bernatonio reputaciją, gali užimti Valstybės kontrolės vadovo postą, L.Šabajevaitė sako, kad iš anksto galbūt nereikėtų pasmerkti žmogaus, kol jis tame poste nėra dirbęs ir nėra padaręs neteisėtų veiksmų – gal jis vadovautų visai gerai. Kita vertus, visiško pasitikėjimo juo negali būti. Be to, Valstybės kontrolė, prižiūrinti, ar teisėtai ir veiksmingai valdomas ir naudojamas valstybės turtas ir kaip vykdomas valstybės biudžetas, yra ta institucija, kuriai ypač turėtų vadovauti žmogus, turintis švarią reputaciją.
L.Pečeliūnienės teigimu, Valstybės kontrolė dabar bus svarbi ir kaip institucija, tikrinanti, kaip skirstomi ES pinigai – tą pripažino pats A.Brazauskas. Politikos apžvalgininkė mano, kad A.Brazauskui būtų patogu, jei Valstybės kontrolė stipriai netikrintų, kaip skirstomos ES lėšos, ir nekeltų skandalų.