Per artimiausius metus keliuose didžiausiuose universitetuose bus atnaujintos ar sukurtos specializuotos mokomosios laboratorijos ir praktikos bazės, reikalingos biologinių ir žemės gelmių išteklių, civilinės inžinerijos, humanitarinių ir socialinių mokslų, taip pat su mechatronika susijusioms studijoms. Laboratorijos bus aprūpintos modernia laboratorine, kompiuterine bei programine įranga, jose įrengtos naujos studentų darbo vietos, kuriose jie galės ruošti savo bakalauro ar magistro darbus, atlikti tyrimus. Universitetai taip pat įsigis naujų šiuolaikiškų vadovėlių, mokymo priemonių, atnaujins studijų programas ar sukurs naujas (tarp jų – nuotolines, taip pat studijų programas anglų kalba).

Tai numatoma projektuose, parengtuose pagal 4-ias naujas nacionalines kompleksines programas: tvaraus gamtinės aplinkos naudojimo, civilinės inžinerijos sektoriaus plėtros ir transporto, humanitarinių ir socialinių mokslų bei mechatronikos.

Kaip numatoma pagal programas parengtuose projektuose, ES struktūrinių fondų lėšos bus skiriamos I, II pakopos studijų plėtrai, doktorantūros studijoms, taip pat studijų ir mokslinių tyrimų ir eksperimentinės plėtros (MTEP) infrastruktūrai gerinti konkrečiose srityse. Bus rengiami aukštos kvalifikacijos specialistai, atitinkantys valstybės ir visuomenės poreikius, stiprinamos doktorantų ir tyrėjų kompetencijos, skatinamas jų mobilumas.

Pavyzdžiui, Tvaraus gamtinės aplinkos naudojimo programos projekte numatyta įrengti 8 specializuotas mokomąsias laboratorijas Vilniaus universitete, mokomąją geologinių kolekcijų ekspoziciją, Puvočiuose atnaujinti mokomąją lauko praktikų bazę, sukurti atitinkamą infrastruktūrą lauko praktikoms atlikti, įrengti laboratoriją ir interneto prieigą. Kairėnų botanikos sode planuojama sukurti reikalingą infrastruktūrą hidrogeologijos ir inžinerinės geologijos lauko praktikai atlikti: įrengti tiriamuosius gręžinius, mokomąją kompleksinę lizimetrinę stotį ir kt. Topografijos, hidrologijos ir meteorologijos, ekogeografijos praktikoms atlikti universitetas įsigis šiuolaikinę lauko darbams skirtą įrangą. Dabar lauko praktikos atliekamos naudojant pasenusią įrangą, o kai kuriems stebėjimams jos iš visai nėra.

Bus atnaujintos Vilniaus universiteto ir Vytauto Didžiojo universiteto vykdomos biomedicinos ir fizinių mokslų srities I ir II pakopos studijų programos, sukurtos naujos, parengti nauji dalykai, dalis jų bus dėstoma anglų kalba, kai kurie perkelti į nuotolines studijas, parašyti nauji vadovėliai ir metodinės knygos, organizuotas dėstytojų kvalifikacijos tobulinimas.

Vilniaus Gedimino technikos universiteto kartu su partneriais parengtame projekte pagal Civilinės inžinerijos sektoriaus plėtros ir transporto nacionalinę programą numatoma įsigyti stacionarių kompiuterių, specializuotos kompiuterinės technikos geotechniniams tyrimams, įrangos tiltų ir viadukų elementų deformacijai matuoti, programų, reikalingų nuotolinėms studijoms bei kt.

Bus plėtojamos su mechatronika susijusios mokslo ir studijų sritys. Mechatronikos tyrimai ir mechatroninių sistemų panaudojimu grįstų technologijų kūrimas pasitarnaus telekomunikacijos, kompiuterinių technologijų plėtrai. Mechatronikos srities kompleksinė plėtra apims tam tikrų mašinų ir įrangos gamybą, įstaigos įrangos ir kompiuterių, radijo, televizijos ir ryšių įrangos bei aparatūros gamybą, medicinos, tiksliųjų ir optinių prietaisų, įvairių tipų laikrodžių gamybą ir kt.

Nacionalinės kompleksinės programos papildo slėnių programas. Taip siekiama užtikrinti konkrečių ūkio subsektorių (mokslui imlaus verslo segmentų) darnią plėtrą, kompleksiškai derinant aukščiausios kvalifikacijos specialistų rengimą, MTEP vykdymą, stiprinti mokslo ir verslo ryšius bei kt.

Nacionalinių kompleksinių programų projektų idėjų konkursą, atsižvelgusi į švietimo ir mokslo ministro kreipimąsi, 2009 metų liepą paskelbė Lietuvos mokslo taryba. Paraiškas galėjo teikti mokslo ir studijų institucijos, viešosios įstaigos, kurių bent vienas steigėjas yra mokslo ir studijų įstaiga.