LAT atkreipė dėmesį ir į tai, kad nėra jokio pagrindo abejoti Antano Kraujelio partizaniška veikla ir jos reikšme Lietuvos valstybingumui. Aplinkybė, kad „Siaubūno" slapyvardžiu veikęs A. Kraujelis buvo sulaikytas 1965 metais, nepaneigia jo partizano statuso ir nereiškia, kad tuo metu buvo pasibaigusios Lietuvos valstybingumo kovos, teigiama teismo pranešime spaudai.
Bylą nagrinėjusi teisėjų kolegija pripažino, kad nukentėjusiosios partizano A. Kraujelio sesers kasaciniame skunde išdėstyti argumentai nėra pakankami tam, kad neginčijamai įrodytų M.Misiukonio kaltę dėl genocido vykdymo.
Teismas, įvertinęs paminėtas teismų nustatytas aplinkybes, konstatavo, kad nėra pagrindo teigti, jog M. Misiukonis, atlikdamas veiksmus, suvokė dalyvaująs sulaikant būtent A. Kraujelį, kaip partizaną.
Teismo nuomone, nėra pagrindo teigti, kad tokie M. Misiukonio veiksmai gali būti vertinami kaip padaryti, turint specialų tikslą. Tai yra siekiant fiziškai sunaikinti visus ar dalį žmonių, priklausančių politinei grupei -partizanams. Be to, iš bylos medžiagos matyti, kad M. Misiukonis nebuvo tas asmuo, kuris organizavo ar vadovavo A. Kraujelio sulaikymo operacijai, konstatavo Teismas.
Byloje nerasta įrodymų, paneigiančių aplinkybes, kad M. Misiukonis iš anksto žinojo tik tai, kad kitą dieną jis turės dalyvauti kratoje Utenos rajone, tačiau, teismo nuomone, informacija nebuvo detali.
"Tik nuvykus į vietą, jis buvo informuotas, kad krata bus daroma turint tikslą surasti ir suimti ieškomą „ginkluotą nelegalą" A. Kraujelį. M. Misiukonis nežinojo, kad A. Kraujeliui buvo iškelta baudžiamoji byla ir kokiais nusikaltimais jis yra kaltinamas. Jokių KGB struktūrose turėtų dokumentų, susijusių su A. Kraujeliu ir jo veikla, nebuvo matęs ir su jais nebuvo susipažinęs", - teigiama teismo pranešime.
Kasacinis Teismas taip pat pabrėžė, kad žemesniųjų pakopų teismai, vadovaudamiesi Konstitucinio Teismo praktika, įvertinę prokurorų pareikštą ir pirmosios instancijos teisme pakeistą kaltinimo apimtį, pagrįstai nusprendė, kad byloje nagrinėjamo įvykio metu, 1965 m., nebuvo įstatymo, numatančio atsakomybę už veiką, kurios padarymu kaltinamas M. Misiukonis (dalyvavimas fiziškai sunaikinant atskiros politinės grupės - pasipriešinimo sovietų okupacijai - narį, Lietuvos partizaną A. Kraujelį). Baudžiamojo įstatymo grįžtamosios galios išimtis tokiai veikai netaikoma. Taigi ir šiuo aspektu M. Misiukonio baudžiamoji atsakomybė pagal pareikštą kaltinimą negalima".
Ši LAT nutartis yra galutinė ir neskundžiama.
Teismo nutarties atvykusi išklausyti LAT nutartį Aukščiausiajam Teismui apskundusi A. Kraujelio - Siaubūno sesuo Janina Šyvokienė teigė esanti nusivylusi teisingumu.
"Suvokiau, kad nepriklausomos Lietuvos Respublikos nėra, nes teisėsauga gina kolaborantus.(...) Tarsi nei A. Kraujelio, nei partizanų Lietuvoje nebūta... Buvo sovietų okupacinė valdžia, kuri tvarkė ir padėjo kolaborantams gaudyti partizanus. Aš taip suprantu šį teismo nuosprendį", - žurnalistams sakė J. Šyvokienė.
Nukentėjusiąja byloje pripažinta J. Šyvokienė pasakojo, kad A. Kraujelis kovojo 17 metų, žuvo apsupties operacijos metu, joje dalyvavo ir M. Misiukonis.
"Jis pats sąmoningai veikė, dalyvavo, žinojo, ko ten visi eina... (...) M. Misiukonis dalyvavo būdamas operatyviniu įgaliotiniu Anykščiuose, (...) jam buvo paaiškinta, kur eina, kokiu tikslu eina. (...) Argi tai neįrodymai? Iš Maskvos būdavo nurodymai, kad reikia partizanų likučius likviduoti, ir jiems A. Kraujelis buvo tiesiog rakštis, nes jis nepasidavė, "nesilegalizavo" ir visą laiką aiškino, kad Lietuva bus laisva. Manau, kad M. Misiukonis sąmoningai dalyvavo tokioje operacijoje, jo niekas nevertė, jis pakluso tai valdžiai, kolaboravo su ta valdžia ir jis dalyvavo, ir surašė A. Kraujelio atpažinimo aktą, ir iki pat galo dalyvavo toje operacijoje, paskui nežinia, kur išvežė lavoną (...) Aš labai vyliausi, pasitikėjau nepriklausomos Lietuvos teisėsauga, tikėjau, kad ji išspręs šitą klausimą taip, kaip jis ir turėjo būti išspręstas", - kalbėjo nukentėjusioji.
Teismui konstatavus, kad A. Kraujelis buvo kriminalinis nusikaltėlis, jo sesuo šiuo teiginius atmetė. J. Šyvokienė kategoriškai atmetė teiginius, esą M. Misiukonis eidamas į operaciją nežinojo, kur einąs.
"Jo pareigos buvo operatyvinis įgaliotinis. Anykščiuose dirbo - Anykščiai, Utena, Molėtai kurpė planus kaip sugauti A. Kraujelį. Tai kaip jis galėjo nežinoti? Jis pagal pareigas privalėjo žinoti, kur gaudyti, kaip gaudyti, agentus verbuoti ir t.t.", - sakė ji.
Pats M. Misiukonis teigė savo nekaltumu neabejojęs dar prieš 16 metų, kai prasidėjo ši byla.
"Kaip ką nors reikia sulaikyti žinojau, bet jis buvo kriminalinis nusikaltėlis, buvo iškelta baudžiamoji byla, buvo visuomenei pavojingas, todėl vyko sankcionuota prokuroro krata", - po posėdžio komentavo M. Misiukonis.
Buvęs pirmasis vidaus reikalų ministras po Nepriklausomybės atkūrimo M. Misiukonis patikslino, kad A. Kraujelis plėšė parduotuves, kolūkius, žmones. Jam pagal vagysčių faktus buvo iškelta baudžiamoji byla, surasti bendrininkai, kurie vėliau nuteisti to pačio Aukščiausiojo Teismo. "Bet kadangi jis pasislėpė buvo priimtas sprendimas, sankcionuotas prokuroro, jį sulaikyti", - tikino jis.
M. Misiukonis sakė nežinojęs, kad A. Kraujelis buvo partizanas. Apskritai jam mestus kaltinimus 77-erių vyras vertino kaip politinę bylą.
"Už tų kaltinimų stovi ne nukentėjusi J. Šyvokienė, bet grupė žmonių - politikų, stambių politikų. Daugiau aš jums nieko negaliu pasakyti. Ir jie visą laikė "stūmė" ir tą baudžiamąją bylą, ir prokurorus vargino - jiems grasinančius laiškus rašė. Prokuratūra pasidavė - taip baudžiamoji byla ir tęsiasi 16 metų, nors keletą kartų ji buvo sustabdyta nesant įrodymų, kad buvo padarytas jo (A. Kraujelio, - ELTA.) atžvilgiu nusikaltimas. Juk tą dieną jis nušovė savo šeimininką, du pareigūnus sužeidė. Apie kokį galime mes šnekėti kitokį variantą?", - klausė jis.
ELTA primena, kad M. Misiukonis, 1990-1992 m. ėjęs vidaus reikalų ministro pareigas, buvo vienintelis baudžiamojoje byloje gyvas likęs kaltinamasis. Kiti teismui perduoti trys asmenys - Sergejus Tichomirovas, Rimantas Kublickas ir Petras Laguckas - proceso metu mirė.
Dėl užsitęsusių archyvinių dokumentų paieškų, ekspertizių, komplikuoto tarptautinės teisinės pagalbos prašymų vykdymo kai kuriose užsienio šalyse beveik po 11 metų teismui baudžiamoji byla dėl vieno paskutiniųjų Lietuvos partizanų - A. Kraujelio - žūties buvo perduota 2009-ųjų lapkritį, primena ELTA.
Prokurorai šioje byloje nustatė dešimt asmenų, kurie, būdami sovietinių struktūrų, siekusių fiziškai sunaikinti pasipriešinimo sovietų okupacijai ir okupaciniam režimui dalyvius, atstovai, vykdė genocidą ir aktyviu ginkluotu puolimu nulėmė Lietuvos partizano žūtį. Teismui perduoti keturi kaltinamieji, kadangi kiti šeši jau buvo mirę.
Ikiteisminis tyrimas dėl paskutinio Aukštaitijoje išlikusio Lietuvos partizano A. Kraujelio nužudymo buvo pradėtas 1998 metais, kai jam po mirties 1997-ųjų gruodį buvo suteiktas teisinis kario savanorio statusas.
Ikiteisminio tyrimo duomenimis, A. Kraujelis po 17 metų persekiojimo ir siekimo susidoroti, aptikus partizano slaptavietę vienoje sodyboje ir apsupus ją ginkluotiems operacijos dalyviams, 1965 metų pavasarį nusišovė.
Ikiteisminį tyrimą kontroliavo Generalinės prokuratūros ir Panevėžio apygardos prokuratūros prokurorai.
Įstatymas už genocido vykdymą numato laisvės atėmimą nuo penkerių iki dvidešimties metų arba laisvės atėmimą iki gyvos galvos.
1997 metais Lietuvos partizanui A. Kraujeliui suteiktas teisinis kario savanorio statusas (po mirties), 1998 metais - vyresniojo leitenanto laipsnis, 1998 m. gegužės 19 d. jis apdovanotas Vyčio Kryžiaus 3-iojo laipsnio ordinu.
2000 metais tuometis Prezidentas Valdas Adamkus M. Misiukonį apdovanojo Didžiojo Lietuvos kunigaikščio Gedimino 3-iojo laipsnio ordinu. Tuomet Prezidentas teigė, kad apdovanojimas skirtas už tarnybą pirmaisiais nepriklausomos Lietuvos atkūrimo metais. Šis sprendimas sulaukė prieštaringų vertinimų.