1990 metų balandžio 25 dieną Lietuvos Vyriausybės sprendimu buvo įkurtas Krašto apsaugos departamentas, kurio generaliniu direktoriumi paskirtas Audrius Butkevičius. Departamento įsteigimas žymi krašto apsaugos atkūrimo pradžią.
Anot Krašto apsaugos ministerijos pranešimo, departamentui buvo pavesta suformuoti krašto apsaugos koncepciją ir sukurti krašto apsaugos sistemą. Atkūrus nepriklausomybę visų prima reikėjo perimti sienų kontrolę, organizuoti krašto ir jo žmonių gynybą.
Per pirmuosius metus buvo įkurtas karinis-techninis sporto klubas, kuris turėjo rengti vyrus Lietuvos gynybai, sukurti septyni departamento skyriai Lietuvos regionuose, suformuotas Atskirasis apsaugos būrys, kuris ilgainiui buvo reformuotas į Motorizuotąją pėstininkų brigadą "Geležinis Vilkas", įsteigti karininkų kursai, kurių pagrindu vėliau įkurta Puskarininkių mokykla, Pasienio apsaugos tarnyba. Vasarą pradėjo veikti trys savanorių rinktinės Vilniuje, Kaune ir Klaipėdoje.
1991 metais panaikinus departamentą ir įkūrus Krašto apsaugos ministeriją, ginkluotųjų pajėgų kūrimas tęsiamas toliau. Pirmieji jaunuoliai į kuriamos nepriklausomos Lietuvos kariuomenę buvo pašaukti 1991 metų rudenį.
1992 metų birželį į Lietuvos padangę pakilo pirmasis lėktuvas su Lietuvos karo aviacijos ženklais, lapkričio mėnesį įsteigta karinių jūrų pajėgų flotilė.
1992 metų lapkričio 19 dieną Lietuvos Aukščiausioji Taryba konstatavo, kad Lietuvos kariuomenė atkurta.
Atkurti nepriklausomą krašto pasaugos sistemą tapo įmanoma tik tada, kai Lietuva 1990 kovo 11 dieną paskelbė atkurianti nepriklausomybę, iki tol beveik penkiasdešimt metų šalis prievarta buvo inkorporuota į Sovietų Sąjungos sudėtį.