Auditoriai konstatavo, kad Klaipėdos uoste stovinčiuose laivuose susidariusios atliekos priimamos prisilaikant pagrindinių konvencijos reikalavimų, tačiau jos nerūšiuojamos. Vis dar išlieka rizika, kad laivų ekipažai sieks nelegaliai atsikratyti chemiškai užterštų vandenų, nes jie tvarkomi pagal susitarimus su krovos darbų kompanijomis, nors įstatymu užtikrinama, kad tokia paslauga turi būti teikiama nemokamai.
Lietuvos institucijos vis dar negali skirti baudų laivams už laivybos taisyklių reikalavimų nevykdymą, nes atitinkamos Europos Sąjungos direktyvos nuostatos neperkeltos į mūsų šalies Administracinių teisės pažeidimų kodeksą. Įstatymo papildymo projektą Susisiekimo ministerija Seimui pateikė 2004 m. spalio mėnesį.
Lietuvos saugios laivybos administracija nevykdo reikalavimo inspektuoti ne mažiau kaip 25 proc. atplaukiančių į Būtingės terminalą užsienio laivų, nes neturi tam tikslui reikalingo greitaeigio katerio. Katerį numatoma įsigyti 2005 metais.
Auditoriai atkreipė dėmesį, kad skirtingos mūsų šalies institucijos turi skirtingus duomenis apie taršos atvejų skaičių ir negali paaiškinti neatitikimų priežasčių. Klaipėdos regioninio aplinkos apsaugos departamentas patvirtino potencialių taršos nafta objektų sąrašą, į kurį neįtraukė AB "Klaipėdos nafta", UAB "Krovinių terminalas", AB "Smiltynės perkėla", AB "Klaipėdos terminalas" ir žvejybinių laivų prieplaukos, nors būtent prie jų krantinių įvyksta daugiausiai taršos incidentų.
Išanalizavusi pasirengimą Šventosios uosto steigimui, kuris reikalingas laivų prieglobsčiui, Valstybės kontrolė rekomendavo Vyriausybei numatyti uosto įrengimo terminą.
Pasak valstybės kontrolierės Rasos Budbergytės, Valstybės kontrolė ir ateityje aplinkosaugai skirs daug dėmesio. Tuo tikslu mūsų šalies valstybiniai auditoriai aktyviai dalyvauja Europos aukščiausiųjų audito institucijų organizacijos (EUROSAI) Aplinkosaugos audito darbo grupės veikloje.