Lietuvos valstiečių partijos narys Viktoras Rinkevičius prieštaravo ratifikavimui, nes juo "siekiama užkirsti kelią ištirti kelto "Estonia" žūties priežastis", be to, suabejojo, ar šį susitarimą jau ratifikavo Estijos parlamentas.

Liberalas Algirdas Gricius taip pat siūlė išsiaiškinti, "ar etiška ratifikuoti anksčiau negu kiti".

Naujosios sąjungos (NS, socialliberalų) frakcijos nario Egidijaus Klumbio siūlymu Seimas bendruoju sutarimu priėmė protokolinį nutarimą išsiaiškinti, ar Estijos parlamentaras jau ratifikavo šį susitarimą.

1994 metais rugsėjo 28 dieną Baltijos jūroje, Švedijos išskirtinėje ekonominėje zonoje katastrofą patyrus keltui "Estonia", žuvo beveik 900 žmonių, įskaitant tris Lietuvos piliečius.

Siekdamos apsaugoti kelto žūties vietos ramybę, 1995 metų vasario 23 dieną Švedija, Suomija ir Estija pasirašė susitarimą dėl kelto "Estonia" žūties vietos apsaugos ir paragino kitas Baltijos jūros valstybes imtis atitinkamų priemonių.

1996 metų balandžio 23 dieną trys minėtosios valstybės pasirašė papildomąjį protokolą, kuris sudarė galimybes prie minėtojo susitarimo prisijungti kitoms valstybėms.

Šiuo metu prie susitarimo dėl kelto "Estonia" jau yra prisijungusios Latvija, Danija, Rusija, Jungtinė Karalystė ir Lenkija.

Susitarimu pripažįstama, kad bet kokia veikla, kuria trikdoma kelto žūties vietos ramybė, yra neteisėta, bei užtikrinama, kad keltas nebus iškeltas.

Prisijungus prie susitarimo dėl kelto "Estonia" žūties vietos apsaugos, bet kokia veikla kelto žūties vietos rajone laikoma nusikaltimu.

Lietuvos baudžiamasis kodeksas numato atsakomybę už kapo išniekinimą, vadinasi, iš esmės užtikrina kelto "Estonia" nuskendimo vietos, kaip kapavietės, bei mirusiųjų teisinę apsaugą.