Konstitucinio Teismo nagrinėtoje byloje į vieną buvo sujungti dviejų Seimo narių grupių prašymai, kurie gauti 2003 m. lapkričio 28 ir gruodžio 18 dienomis.
Pirmajame prašyme buvo reiškiamos abejonės, ar Seimo 2003 m. gruodžio 2 d. nutarimo "Dėl Seimo laikinosios tyrimų komisijos dėl galimų grėsmių Lietuvos nacionaliniam saugumui išvados" nuostatos neprieštarauja konstituciniam teisinės valstybės principui ir penkiems Konstitucijos straipsniams: 5 (valdžių padalijimo principas), 31 (nekaltumo prezumpcija), 67 (Seimo įgaliojimai), 109 (teisingumą vykdo tik teismai), 114 (kišimasis į teisėjo ar teismo veiklą draudžiamas ir užtraukia atsakomybę) ir Seimo laikinųjų tyrimo komisijų įstatymo 3 ir 8 straipsniams.
Antroji prašymą pateikusi Seimo narių grupė abejojo, ar Seimo laikinųjų tyrimo komisijų įstatymo 4 straipsnis atitinka šešis Konstitucijos straipsnius: 55 (laisvas Seimo nario mandatas), 61 (Seimo nario įgaliojimai, susiję su parlamentine kontrole), 67, 109 ir 118 (prokuroro statusas).
Pareiškėjui - Seimo narių grupėms - Konstituciniame Teisme atstovavo Seimo narys Henrikas Žukauskas. Suinteresuotam asmeniui - Seimui - atstovavo Seimo narys Juozas Bernatonis ir Seimo kanceliarijos Teisės departamento vyresnysis patarėjas Antanas Jatkevičius.
Konstitucinis Teismas konstatavo, kad Seimas yra Tautos atstovybė, kuriai reikia turėti išsamią, objektyvią informaciją apie valstybėje bei visuomenėje vykstančius procesus ir įvairiose valstybės bei visuomenės gyvenimo srityse kylančias problemas.
Pasak Konstitucinio Teismo nutarimo, Seimas taip pat turi teisę kurti tokius savo struktūrinius padalinius, kuriems pavedama atlikti tyrimą bei rinkti informaciją.
Seimo laikinųjų tyrimo komisijų įstatyme numatyta, kad Seimas, pripažinęs būtinybę ištirti valstybinės svarbos klausimą, gali sudaryti laikinąją tyrimo komisiją. Konstitucinis Teismas pabrėžė, kad Seimas pagal įstatymą turi įgaliojimus tokią komisiją sudaryti ne bet kokiam, o tik ypatingam, valstybinės svarbos klausimui ištirti. Kiekvienu konkrečiu atveju Seimas, prieš apsispręsdamas dėl laikinosios tyrimo komisijos sudarymo, privalo įvertinti, ar klausimas yra valstybinės svarbos.
Tam, kad galėtų vykdyti Seimo suformuluotus uždavinius, Seimo laikinoji tyrimo komisija turi turėti teisę reikalauti informacijos iš valstybės ir savivaldybių institucijų, pareigūnų, kitų asmenų. Ginčijamose Seimo laikinųjų tyrimo komisijų įstatymo nuostatose, pasak Konstitucinio Teismo, šios teisės yra įtvirtintos.
Konstitucinis Teismas taip pat pažymėjo, kad pagal įstatymą Seimo laikinoji tyrimo komisija neturi teisės reikalauti, kad teisėjas, prokuroras, ikiteisminio tyrimo pareigūnas kviečiamas atvyktų į komisijos posėdį arba teiktų paaiškinimus dėl teisme priimtos nagrinėti, nagrinėjamos arba išnagrinėtos bylos, atliekamo arba atlikto ikiteisminio tyrimo.
Išnagrinėjęs prašymą ištirti Seimo laikinųjų tyrimo komisijų įstatymo nuostatų konstitucingumą, Konstitucinis Teismas konstatavo, kad valstybės valdžios ir valdymo institucijų, Lietuvos banko, valstybės ir savivaldybių įmonių, įstaigų ir organizacijų, jų vadovų ir darbuotojų atsisakymas atvykti į Seimo laikinosios tyrimo komisijos posėdžius ir pateikti informaciją galėtų būti vertinamas kaip kliudymas Seimo laikinajai tyrimo komisijai vykdyti savo uždavinius. Kartu tai būtų ir trukdymas Seimui - Tautos atstovybei vykdyti savo konstitucines funkcijas.
Konstitucinis Teismas atkreipė dėmesį, kad ginčytame įstatymo straipsnyje įtvirtinta Seimo laikinosios tyrimo komisijos teisė susipažinti su Generalinės prokuratūros ar ikiteisminio tyrimo įstaigos žinioje esama byla, suderinus šitai su atitinkama įstaiga, sudaro prielaidas vieną konstitucinę vertybę - prokuroro nepriklausomumą iškelti virš kitų konstitucinių vertybių - Konstitucijoje įtvirtintų Seimo, kaip Tautos atstovybės, funkcijų. Tai galį apsunkinti Seimo, kaip Tautos atstovybės, funkcijų vykdymą, tačiau, kaip teigiama Konstitucinio Teismo nutarime, šios konstitucinės vertybės nėra paneigiamos.
Kartu teismas pabrėžė, kad įstatymų leidėjas turi šią nuostatą patikslinti. Ji turėtų būti tikslinama taip, kad neatsirastų prielaidų iš esmės neleisti Seimo laikinajai tyrimo komisijai atlikti išsamaus ir objektyvaus tyrimo. Patikslinimas taip pat turėtų apsaugoti nuo ikiteisminio tyrimo priešpriešinimo Seimo laikinosios tyrimo komisijos atliekamam valstybinės svarbos klausimo tyrimui.
Išnagrinėjęs antrosios Seimo narių grupės abejones, Konstitucinis Teismas paskelbė išvadą, kad Seimas pagal Konstituciją ir Seimo statutą turėjo teisę priimti ginčijamą nutarimą, kuriuo buvo pritarta Seimo sudarytos laikinosios tyrimo komisijos dėl galimų grėsmių Lietuvos nacionaliniam saugumui išvadai.
Seimo nutarimas, kuriame formuluojamas Seimo požiūris į sudarytos Seimo laikinosios tyrimo komisijos išvadą, tiesiogiai nesukelia teisinių padarinių išvadoje nurodytiems asmenims. Jiems tokius padarinius gali sukelti tik kitų institucijų, jų pareigūnų sprendimai, kurie gali būti priimti atsižvelgus į Seimo laikinosios tyrimo komisijos išvadą.
Konstitucinis Teismas pažymėjo, kad pareiškėjas prašė ištirti, ar Seimo nutarimas neprieštarauja Konstitucijai dėl trijų komisijos padarytų išvadų.
Pirmoji jų skelbia, kad "įslaptinta informacija per Prezidentą ir jo patarėjus pasiekdavo tuos asmenis, kurie jos žinoti neturėjo teisės, tarp jų ir tuos, kurių atžvilgiu atliekamas operatyvinis tyrimas".
Pasak antrosios išvados, "Prezidentas ir kai kurie jo patarėjai darė neleistiną įtaką įmonių privatizavimui ir atskiriems privataus verslo subjektams".
Trečioji išvada skelbia, jog "Prezidentui toleruojant, jo patarėjai viršijo savo kompetenciją, kišosi į kitų valstybės institucijų veiklą, piktnaudžiavo savo statusu, taip įnešdami sumaištį į valstybės valdymą".
Kadangi pareiškėjas kreipėsi tik dėl šių išvadų, bet neginčijo paties Seimo nutarimo teiginių teisingumo ir pagrįstumo, byla pagal šį prašymą Konstitucinio Teismo sprendimu buvo nutraukta.