Už apkaltos komisijos sudarymą pasisakė parlamentarai iš visų Seimo frakcijų ir mišrios Seimo narių grupės. Komisijos sudarymui pritarė ir vienas Liberaldemokratų frakcijos narys - Jonas Lionginas.
Parlamentinei komisijai, nuo kurios išvadų priklausys, ar bus siūloma prezidentą nušalinti nuo pareigų apkaltos tvarka, vadovaus sovietmečiu tris dešimtmečius Aukščiausiojo Teismo teisėjo pareigas ėjęs Pranciškus Žalkauskas.
1926 metais gimęs P.Žalkauskas šiuo metu eina Aukščiausiojo Teismo Baudžiamųjų bylų pirmininko patarėjo pareigas, yra buvęs Lietuvos komunistų partijos nariu. Į komisijos pirmininkus jį pasiūlė valdančioji Socialdemokratinės koalicijos frakcija.
Komisijos pirmininkas buvo išrinktas iš dviejų kandidatų. Už P.Žalkauską balsavo 60, už opozicijos pasiūlytą Seimo narį liberalcentristą Raimondą Šukį - 41 parlamentaras.
Žurnalistams P.Žalkauskas teigė, jog jo paskyrimas komisijos pirmininku "yra netikėtas posūkis jo gyvenime", tvirtino nesiekęs šio posto. Be P.Žalkausko dvylikos narių komisijoje dar yra penki teisininkai, deleguoti Teismų tarybos ir Generalinės prokuratūros, bei šeši parlamentarai.
Į komisiją burtų keliu iš 12 pasiūlytų teisininkų be P.Žalkausko buvo atrinkti Aukščiausiojo teismo Baudžiamųjų bylų skyriaus pirmininko patarėja Irma Randakevičienė, Apeliacinio teismo teisėjo padėjėjas Vaidas Pajeda, Vilniaus apygardos prokuratūros Apeliacinio skyriaus prokuroras Kęstutis Bieliauskas, Vilniaus apygardos prokuratūros Organizuotų nusikaltimų ir korupcijos tyrimo skyriaus prokuroras Linas Belevičius ir Generalinės prokuratūros Valstybinio kaltinimo skyriaus prokuroras Jonas Martinaitis.
Trečdalį arba keturis komisijos narius delegavo apkaltos iniciatoriai - po vieną nuo valdančiųjų Socialdemokratinės koalicijos ir Naujosios sąjungos (NS, socialliberalų) bei opozicinių Liberalų ir centro sąjungos ir Tėvynės sąjungos - konservatorių frakcijų.
Apkaltos iniciatoriams komisijoje atstovaus socialdemokratas Julius Sabatauskas, socialliberalas Vaclovas Karbauskis, liberalcentristas Raimondas Šukys ir konservatorius Jurgis Razma.
J.Sabatauskas patvirtintas komisijos pirmininko pavaduotoju. Du komisijos nariai deleguoti nuo Seimo daugumos ir mažumos. Daugumai komisijoje atstovaus socialdemokratas Alfonsas Macaitis, mažumai - liberalcentristas Gintaras Steponavičius.
Parlamentinei tyrimo komisijai pavesta iki kitų metų vasario 13 dienos pateikti Seimui išvadas dėl kaltinimų prezidentui pagrįstumo.
86 parlamentarų parašais paremtoje apkaltos iniciatyvoje prezidentas kaltinamas šiurkščiu Konstitucijos pažeidimu ir priesaikos sulaužymu pagal šešis punktus.
Prezidentas kaltinamas savo veiksmais sudaręs grėsmes Lietuvos nacionaliniam saugumui, neužtikrinęs valstybės paslapties apsaugos, daręs neteisėtą įtaką privačių ūkio subjektų veiklai, nesuderinęs viešųjų ir privačių interesų, neužtikrinęs ir sutrikdęs darnų valdžios institucijų funkcionavimą, aplaidžiai vykdęs savo pareigas, sudaręs prielaidas prezidento patarėjams piktnaudžiauti savo pareigomis.
Kaltinimai remiasi anksčiau Seimo patvirtintomis išvadomis, jog prezidentas R.Paksas dėl savo ryšių "buvo ir yra pažeidžiamas" ir tai sudaro grėsmes Lietuvos nacionaliniam saugumui.
Komisijos posėdžiuose turi būti išklausyti apkaltos proceso iniciatoriai ir prezidentas, taip pat ji gali apklausti liudytojus, prireikus pasitelkti ekspertus bei specialistus.
Liudytojai ir ekspertai turi būti apklausiami pagal baudžiamojo proceso taisykles, jie turės atsakyti už atsisakymą liudyti ar melagingus parodymus. Komisijos posėdžiuose taip pat gali dalyvauti ir asmens, kuriam taikoma apkalta, advokatas.
Seimo statutas numato, jog apkaltos iniciatorių kaltinimus svarstančios komisijos posėdžiai "paprastai" yra uždari. Kadangi prezidentas kaltinamas šiurkščiu Konstitucijos pažeidimu, savo išvadą dėl to turės pateikti ir Konstitucinis Teismas.
Į KT Seimas gali kreiptis savo iniciatyva arba kaltinimus prezidentui svarstančios komisijos siūlymu. Apkalta prezidentui inicijuojama pirmą kartą šalies istorijoje. Prezidentui nušalinti po apkaltos reikia ne mažiau kaip 85 balsų. Iš viso šiuo metu Seime yra 137 nariai, keturios vietos yra laisvos.
Premjeras Algirdas Brazauskas ir Seimo pirmininkas Artūras Paulauskas yra paraginę R.Paksą atsistatydinti nelaukiant apkaltos pradžios, tačiau prezidentas atsisako tai daryti.
Prezidento skandalui užsitęsus pusantro mėnesio, Lietuvoje vis ryškiau pastebimas visuomenės skilimas, perspėjama apie tarptautinės izoliacijos pavojų.