Jonas Paulius II savo laiške prisiminė 1993-ųjų metų kelionę į Lietuvą, kuomet jam kilo mintis šalia Kryžių kalno pastatyti vienuolyną. Šia idėja jis pasidalino Italijos provincijoje Toskanoje esančiame La Vernos kalno vienuolyne, kuris, popiežiaus nuomone, yra artimas Kryžių kalnui.
"Pranciškoniški bendravimo ryšiai dar prieš komunizmo įsigalėjimą jau siejo Lietuvos ir Toskanos Mažesniųjų Brolių provincijas, kuomet jaunuoliai iš Lietuvos, trokštantys išsiugdyti pranciškonišką dvasingumą, vykdavo būtent į Toskaną", rašoma Jono Pauliaus II sveikinime.
Savo laiške popiežius paragino tikinčiuosius leistis į piligrimines keliones į Kryžių kalną ir La Verną.
Dienraščio "Lietuvos rytas" žiniomis, 1998 metų pavasarį prasidėjusi vienuolyno statyba kainavo 8 mln. litų. Lėšų statybai skyrė Toskanos provincijos pranciškonai. Dalį pinigų vienuolyno pastatymui yra pažadėjusi ir Lietuvos Vyriausybė.
Iki rudens vienuolyne gyvens 10 mažesniųjų brolių pranciškonų, vėliau prie jų prisijungs dar 14.
Dviaukščiame vienuolyno pastate yra koplyčia, valgykla, biblioteka, bendra salė, trys pokalbių ir svečių salės, vienuolių celės.
Kryžių kalnas yra unikalus tūkstančiais kryžių, pastatytų ant jo sovietų trėmimams ir kitiems įvykiams atminti. Sovietmečiu juos keletą kartų mėginta išvartyti buldozeriu, bet kryžiai vėl būdavo paslapčia atstatomi.