A.Butkevičiaus byla buvo atnaujinta po Europos žmogaus teisių teismo 2002 metais priimto sprendimo. Teismas tuomet konstatavo, kad bylos nagrinėjimo metu A.Butkevičius buvo nepagrįstai suimtas iki teismo ir kalinamas dvi savaites, be to, buvo pažeista jo nekaltumo prezumpcija.
Strasbūre posėdžiaujantis teismas A.Butkevičiui priteisė iš Lietuvos beveik 30 tūkst. litų. Tačiau Generalinės prokuratūros prokuroro Rolando Tilindžio teigimu, A.Butkevičius buvo suimtas ir kalinamas pagal tuo metu galiojusias Baudžiamojo proceso kodekso nuostatas, kurios dabar yra pasikeitusios, o nekaltumo prezumpciją pažeidė ne teisėjai, o tuometinio parlamentaro bylą komentavę politikai.
Tuo tarpu, buvusio politiko gynėjai Rimas Andrikis ir Adomas Liutvinskas tvirtino, kad A.Butkevičių nuteisę trijų instancijų Lietuvos teismai buvo šališki.
R.Andrikio teigimu, aukštas valdžios pareigūnas (tuometinis Seimo pirmininkas Vytautas Landsbergis - BNS) savo viešais pareiškimais įtakojo teismų spendimus.
"Net neiškėlus baudžiamosios bylos, antrą dieną po suėmimo, A.Butkevičius aukšto valdžios pareigūno buvo paskelbtas kaltu, nors tai galėjo padaryti vienintelis dievas žemėje - teismas", - teigė R.Andrikis.
Tuo tarpu prokuroras R.Tilindis pacitavo Europos žmogaus teisių teismo galutinio sprendimo ištrauką, kurioje kalbama, kad A.Butkevičiaus nekaltumo prezumpcijos principą pažeidė spauda ir valdžios atstovai, o ne sprendimą priėmę teismai.
"Negaliu patikėti, kad trijų instancijų teismai buvo susitarę ir, paklausę aukšto pareigūno pasisakymų, priėmę šališką sprendimą", - tvirtino R.Tilindis.
Be to, prokuroro teigimu, Strasbūre posėdžiaujantis teismas nagrinėja tik žmogaus teisės pažeidimus, tačiau nerevizuoja nacionalinių teismų priimtų spendimų ir į juos nesikiša.
Anot R.Tilindžio, už pasikėsinimą sukčiauti stambiu mastu A.Butkevičiui paskelbto nuosprendžio teisėtumas nėra ginčijamas, o nustatyti procesiniai pažeidimai nėra pakankamas pagrindas iš naujo nagrinėti bylą.
"Jūsų, Aukščiausiasis Teisme, rankose yra Lietuvos teisės prestižas ir prašau priimti tokį sprendimą, kris neužtrauktų gėdos Lietuvai dėl elementarių teisės normų neišmanymo", - teisme sakė prokuroras.
Kaip skelbta, Kovo 11-osios nepriklausomybės atkūrimo akto signataras, buvęs krašto apsaugos ministras ir tuometinis Seimo narys A.Butkevičius buvo sulaikytas Vilniuje 1997 metų rugpjūčio 12 dieną, kai paėmė voką su 15 tūkst. JAV dolerių iš degalų bendrovės "Dega" direktoriaus Klemenso Kiršos.
A.Butkevičių viešbutyje "Draugystė" sulaikė Valstybės saugumo departamento ir Generalinės prokuratūros pareigūnai.
K.Kirša prieš tai Valstybės saugumo departamentą informavo, kad A.Butkevičius reikalauja iš jo 300 tūkst. JAV dolerių už tai, kad būtų nutraukta Vilniaus miesto apylinkės prokuratūroje tuo metu tirta byla dėl bendrovės "Dega" ir JAV korporacijos "Mobil" tarpusavio atsiskaitymų.
1997 metų rugpjūčio 14 dieną generalinis prokuroras paprašė Seimo leisti patraukti parlamentarą baudžiamojon atsakomybėn. Rugpjūčio 19 dieną Seimas leido tai padaryti, ir kitą dieną buvo iškelta baudžiamoji byla A.Butkevičiui. Spalio 14 dieną jam buvo pareikštas kaltinimas bandymu apgaulės būdu užvaldyti svetimą turtą.
1998 metų lapkričio 18 dieną teismas pripažino A.Butkevičių kaltu ir nuteisė jį kalėti pusšeštų metų, skyrė jam 50 tūkst. litų baudą ir konfiskavo pusę jo turto. Iki nuosprendžio jis buvo laikomas Lukiškių tardymo izoliatoriuje.
Netrukus po nuosprendžio parlamentaras buvo išvežtas atlikti bausmės į Vilniaus sustiprintojo režimo pataisos darbų koloniją. A.Butkevičius nei per tardymą, nei teisme kaltas neprisipažino. Į laisvę buvęs Seimo narys išėjo pirma laiko, 2000-ųjų kovą. A.Butkevičius Europos žmogaus teisių teismui skundėsi dėl baudžiamojo proceso pažeidimų ir bylą prieš Lietuvą laimėjo.
Jis skundėsi, kad buvo neteisėtai laikomas suimtas nuo 1997 metų lapkričio 30 iki 1997 gruodžio 8 dienos, nuo 1997 gruodžio 31 dienos iki 1998 sausio 8 dienos. Jis taip pat skundėsi negalėjęs apskųsti teismui savo kardomojo suėmimo pratęsimo teisėtumo.
A.Butkevičius dar skundėsi, kad kai kurie tuometinių generalinio prokuroro ir Seimo pirmininko pareiškimai žiniasklaidoje pažeidė jo nekaltumo prezumpciją.