Išvadose teigiama, kad Lietuvoje buvo sudarytos sąlygos JAV sulaikymo centrams veikti, taip pat - nekliudomai pervežti, įvežti ar išvežti CŽV sulaikytus asmenis, tačiau nenustatyta, ar šiomis sąlygomis pasinaudota.

Tyrėjai nustatė, kad Valstybės saugumo departamentas (VSD) buvo gavęs CŽV prašymą įrengti patalpas, tinkamas sulaikytiems asmenims laikyti, ir tokios patalpos buvo įrengtos, tačiau nenustatyta, ar jose buvo laikomi terorizmu įtariami asmenys.

Komiteto teigimu, buvę VSD vadovai Mečys Laurinkus, Arvydas Pocius ir Dainius Dabašinskas nebuvo pateikę reikiamos informacijos šalies vadovams, todėl jų veiksmus siūloma ištirti Generalinei prokuratūrai.

NSGK atkreipė dėmesį, kad su CŽV sulaikytų asmenų pervežimu oficialiuose tyrimuose siejami orlaiviai 2002-2005 metais ne kartą kirto Lietuvos oro erdvę. Nustatyta, kad jie mūsų šalyje ir buvo nusileidę. Kai kurie orlaiviai išvengė ir muitinės, ir pasienio patikros. Nei keleivių tapatybės, nei krovinių paskirties nebuvo įmanoma nustatyti.

Be to, VSD nekontroliavo, ką užsienio partneriai atveža ir išveža.

Du NSKG nariai - socialdemokratai Juozas Olekas ir Gediminas Kirkilas, nebalsavę už tyrimo išvadas - įregistravo siūlymą papildyti Seimo nutarimo projektą.

Socialdemokratai ragina parlamentarus pabrėžti, kad "parlamentinio tyrimo metu nenustatyta, kad į Lietuvos Respublikos teritoriją būtų atvežti, ar iš jos išvežti CŽV pareigūnų sulaikyti asmenys, tokie asmenys kalinami ar tardomi, ar kitaip Lietuvos Respublikos politikų, pareigūnų ar valstybės tarnautojų sprendimais ar veiksmais būtų pažeistos žmogaus teisės".

Seimas buvo pavedęs NSGK iki antradienio, gruodžio 22 dienos, nustatyti, ar Lietuvoje veikė slaptas kalėjimas, kur galėjo būti kankinami įtariamieji terorizmu. Taip pat komitetas turėjo išsiaiškinti, ar CŽV sulaikyti asmenys buvo pervežami ir kalinami Lietuvos teritorijoje, ar Lietuvos valstybės institucijos (politikai, pareigūnai, valstybės tarnautojai) svarstė klausimus, susijusius su slaptųjų sulaikymo centrų veikla šalies teritorijoje, sulaikytų asmenų pervežimu ir kalinimu Lietuvos teritorijoje.

Apie tai, kad netoli Vilniaus 2004-2005 metais veikė slaptas Jungtinių Valstijų CŽV kalėjimas įtariamiems teroristams laikyti, praėjusių metų rugpjūtį pranešė JAV televizija "ABC News". Jame teigta, jog Lietuvoje kalinti ir galimai kankinti aštuoni terorizmu įtariami asmenys.