Audito metu nustatyta, kad už valstybės tarnautojų mokymą atsakingi Vidaus reikalų ministerija ir Valstybės tarnybos departamentas neturi išsamios ir tikslios informacijos apie jų organizavimą ir apie tam tikslui panaudotas lėšas. Didžioji dalis mokymų vykdoma pagal neįvertintas ir nepatvirtintas programas. Daugumoje institucijų valstybės tarnautojų mokymo poreikis formuojamas neįvertinus ankstesnių mokymų naudos.
2008 m. mokymus valstybės tarnautojams organizavo mažiau negu pusė iš 176-ių Vidaus reikalų ministerijos patvirtintų kvalifikacijos tobulinimo įstaigų. Daugiausia tarnautojų mokėsi valstybės institucijų žinybiniuose mokymo centruose, kurie rengia ir specializuotus mokymus, kokių nesiūlo kitos kvalifikacijos tobulinimo įstaigos. Tačiau šių centrų vieta valstybės tarnautojų mokymo sistemoje nereglamentuota, dėl ko nevisiškai panaudojami jų ištekliai.
Analizuodami žinybinių mokymo įstaigų veiklą auditoriai nustatė kelis bendrus trūkumus. Mokymo paslaugas jie dažniausiai perka pagal autorines sutartis, nors pagal įstatymą jos turėtų būti priskiriamos paslaugų teikimo sutartims – taip dėstytojams sudaromos prielaidos mokėti mažesnio dydžio gyventojų pajamų mokestį. Paskaitas skaitantys valstybės tarnautojai dažnai tokį darbą dirba negavę savo darbdavio leidimo arba už tai gauna atlygį net tada, kai tokia prievolė nustatyta jų pareigybės aprašymuose. Nustatyta atvejų, kai valstybės tarnautojai už perskaitytas paskaitas gavo atlygį iš tų žinybinių mokymo įstaigų, kurias patys prižiūri ir kontroliuoja – taip sudaromos prielaidos kilti viešų ir privačių interesų konfliktui.
Valstybiniai auditoriai atkreipė dėmesį, kad galiojantys teisės aktai teisę mokyti valstybės tarnautojus suteikia tik juridiniams asmenims. Tačiau kvalifikacijos tobulinimo įstaiga yra tik tarpininkas tarp dėstytojo ir įstaigos, siekiančios organizuoti savo tarnautojų mokymą, todėl galimybė mokymo paslaugas pirkti tiesiogiai iš fizinio asmens leistų sutaupyti tarpininkui tenkančią valstybės biudžeto lėšų dalį. Audito metu šią problemą pradėta spręsti – Seime įregistruotas įstatymo pakeitimo projektas, kurį priėmus fiziniai asmenys taip pat turėtų teisę mokyti valstybės tarnautojus.
Valstybės kontrolės nuomone, Vidaus reikalų ministerija turėtų pertvarkyti valstybės tarnautojų mokymo sistemą, aiškiai apibrėžti kvalifikacijos tobulinimo įstaigoms keliamus reikalavimus, geriau panaudoti žinybinių mokymo įstaigų galimybes. Auditoriai akcentavo būtinybę tobulinti valstybės tarnautojų mokymo kokybės ir efektyvumo vertinimą. Valstybės tarnybos departamentui pasiūlyta nustatyti kvalifikacijos tobulinimo įstaigų veiklos ir mokymo proceso kontrolės priemones, kurios užtikrintų tinkamą mokymo kokybės priežiūrą.