Bene didžiausias konfliktas šiuo metu yra kilęs tarp šalia uosto gyvenančių miestiečių ir dviejų didžiausių kompanijų: AB "Klaipėdos nafta" ir AB "Klaipėdos jūrų krovinių kompanija" ("Klasco"). Vos 40 metrų nuo uosto tvoros gyvenantys žmonės yra nepatenkinti iš AB "Klaipėdos nafta" sklindančiais naftos produktų kvapais bei bendrovės "Klasco" krovos metu visą parą keliamu triukšmu. Be to, gyventojai sako, jog juos iš krovos kompanijos pasiekia ir geležies lydinių dalelės.
Žmonės sako, jog atviros krovos metu "Klasco" teritorijoje pakilusias dulkes vėjas neša į jų butus. Metalo nuosėdų jie randantys visur: ant langų, grindų, indų, maisto produktų. Kompanijos vadovai neneigia šios problemos, tačiau tvirtina, jog krauti uždaru būdu neįmanoma dėl ferolydinių rūšių gausos, mat jų negalima maišyti.
Bendrovės "Klasco" plėtros direktorius Benediktas Petrauskas Eltai sakė, jog ateityje numatoma pastatyti specialią garsą ir dulkes sulaikančią tvorelę. Anot jo, ji turėtų gerokai sumažinti gyventojus pasiekiančio krovos darbų triukšmo lygį bei apsaugoti nuo vėjo nešamų metalo dalelių.
Pastaruoju metu šiuos uosto kaimynų nepatogumus papildė ir dar vienas - mat pradėjus krantinės rekonstrukciją net naktimis uoste imta kalti polius. Gyventojų prašymu Klaipėdos visuomenės sveikatos centro higienos ir fizinių matavimų laboratorija atliko triukšmo matavimus. Nustatyta, kad nakties metu, vykdant krovos bei polių kalimo darbus, maksimalus triukšmo lygis gyvenamojoje teritorijoje viršijo leistinus lygius. Tačiau, nepaisant medikų rekomendacijų, šie darbai buvo tęsiami bet kuriuo paros metu.
Susitikę su gyventojais krovos kompanijų vadovai tvirtino ir toliau sieksiantys investuoti į modernias technologijas, kad žalingas poveikis aplinkai būtų kuo mažesnis. Tačiau uosto pašonėje gyvenantys klaipėdiečiai sako netikintys tokiais pažadais ir yra pasiryžę rinkti pinigus bei atlikti nepriklausomą tyrimą, kuris įrodytų, kokiomis kenksmingomis sąlygomis jiems tenka gyventi. Jie neatmetė galimybės, jog kreipsis į teismą ir reikalaus žalos atlyginimo.