Muitinės departamentas ir jam pavaldžios įstaigos 2002 metais šešioms programoms vykdyti iš valstybės biudžeto gavo daugiau nei 115 mln. Lt asignavimų, panaudojo 4,6 mln. Lt Privatizavimo fondo lėšų rentgeno technikai ir kitoms techninėms priemonėms įsigyti bei 3,9 mln. Lt paskolinių lėšų Muitinės informacinei sistemai kurti.

Auditoriai nustatė, kad Muitinės departamentas, įsigydamas kompiuterinę įrangą iš bendrovės "Comliet" už beveik 2 mln. Lt, davė nurodymą pavaldžioms muitinės įstaigoms jų apskaitos registruose fiksuoti skolinius įsipareigojimus bendrovei "Comliet".

Vykdydamos tokį neteisėtą nurodymą, muitinės įstaigos pažeidė Buhalterinės apskaitos įstatymą ir Vyriausybės nutarimu patvirtintą Biudžetinių įstaigų apskaitos tvarką ir parengė neatitinkančias tikrovės finansines ataskaitas.

Todėl auditoriai, patikrinę Muitinės departamentui pavaldžias įstaigas, apie dviejų iš jų - Vilniaus teritorinės muitinės ir Muitinės informacinių sistemų centro finansines ataskaitas pateikė sąlyginę nuomonę.

Pasak Valstybės kontrolės Finansinio audito 1-ojo departamento direktorės Laimos Šipkauskienės, tai neturėjo įtakos Muitinės departamento suvestinei finansinei atskaitomybei, tačiau šie pažeidimai neleidžia apie ją pareikšti teigiamą nuomonę.

Todėl galutinė auditorių nuomonė apie Muitinės departamento finansines ataskaitas yra sąlyginė. Dėl minėtų pažeidimų valstybės kontrolieriaus pavaduotojas Viktoras Švedas priėmė sprendimą, kuriuo įpareigojo Muitinės departamento vadovą nurodytus pažeidimus per du mėnesius pašalinti.

Auditoriai atkreipė dėmesį, kad Vilniaus teritorinė muitinė, statydama Šalčininkų kelio postą, į statinio skaičiuojamąją kainą įtraukė išlaidas tiesiogiai su statybų investicijomis nesusijusiam ilgalaikiam turtui įsigyti už 1,7 mln. Lt. Iš statybai skirtų lėšų per 1999-2002 metus Vilniaus teritorinė muitinė įsigijo transporto priemonę, baldų bei kitokios įrangos ir išleido daugiau nei 580 tūkst. Lt. Auditoriai tai įvertino kaip netaupų ir neracionalų statybai skirtų lėšų panaudojimą bei pasiūlė atlikti statybos darbų auditą ir sustiprinti vidaus kontrolę.

Pateiktose rekomendacijose Valstybės kontrolė taip pat rekomendavo Muitinės departamentui ir Finansų ministerijai bei jos valdymo sričiai priskirtoms biudžetinėms įstaigoms ieškoti galimybių parengti ir naudoti unifikuotas kompiuterines apskaitos sistemas, kurios būtų suderintos su veikiančia Valstybės biudžeto, apskaitos ir mokėjimų sistema.