Viena pirmųjų prezidento komandą paliko vos pusmetį patarėjos teisės klausimais pareigas ėjusi teisininkė Toma Birmontienė. 2004-ųjų gruodį prezidentas V.Adamkus pasirašė dekretą, kuriuo pateikė Seimui jos kandidatūrą į Konstitucinio Teismo (KT) teisėjas. Tai buvo ir vienas pirmųjų prezidento konfrontacijos su parlamentu teisėjų kadrų klausimais ženklų - KT teisėja T.Birmontienė paskirta tik iš antro karto, šešių balsų persvara, kai pirmo balsavimo metu jos kandidatūrai nepritarta.

2005 metų birželį atsistatydino prezidento spaudos tarnybos vadovas Marius Lukošiūnas, laimėjęs konkursą dirbti UNESCO atstovybėje Maskvoje. Kiek vėliau iš šios tarnybos pasitraukė prezidento patarėjo pareigas ėjęs ir jam kalbas rašęs žurnalistas Valdas Bartasevičius.

Tuo metu prezidento Socialinės politikos grupės patarėjos postą paliko Audronė Morkūnienė, grįžusi į ankstesnę savo darbovietę - Socialinės apsaugos ir darbo ministeriją.

2006 metų kovą atsistatydino į vadinamąjį Turniškių skandalą įsipainioję patarėjas užsienio politikos klausimais Edminas Bagdonas ir patarėjas nacionalinio saugumo klausimais Rytis Muraška, kilus abejonių, jog galėjo pasinaudoti tarnybine padėtimi prestižiniame sostinės rajone įsigydami kotedžus.

Prezidentūrą į karjerą Europos Sąjungos institucijose iškeitė prezidento konsultantas Jurgis Vilčinskas, Vidaus politikos ir analizės grupės patarėjas Arnoldas Pranckevičius, Užsienio politikos grupėje dirbusi Eglė Jankauskaitė.

2006 metų rugpjūtį iš Prezidentūros pasitraukė Vidaus politikos ir analizės grupės vadovo pareigas ėjęs Darius Gudelis, vadovavęs ir V.Adamkaus rinkimų štabui 2004-ųjų rinkimuose.

Tą pat vasarą dėl nesutarimų su Aukščiausiojo Teismo vadovu iš prezidento patarėjo teisės klausimais atsistatydino Haroldas Šinkūnas.

2008-ųjų vasarą iš prezidento patarėjų komandos pasitraukė Nerijus Udrėnas, dirbęs Ekonominės ir socialinės politikos grupėje, buvęs vienas derybininkų dėl nacionalinio investuotojo bendrovės "Leo LT"steigimo.

2008-aisiais patvirtinus naująjį ministrų kabinetą į jį dirbti perėjo du prezidento komandos nariai. Buvęs prezidento patarėjas bei atstovas Seime ir Vyriausybėje Vytautas Umbrasas paskirtas krašto apsaugos viceministru; Kultūros, mokslo ir ugdymo grupėje dirbusi patarėja Nerija Putinaitė - švietimo ir mokslo viceministre.

Prezidento komandą nuo sausio 1-osios paliko ir Kultūros, mokslo ir ugdymo grupės vadovė patarėja Irena Vaišvilaitė, grįžusi į savo ankstesnį darbą, kuriame nuo 2004 metų dirbo antraeilėse pareigose - Vilniaus universiteto Istorijos fakultetą.

Šį pavasarį iš Prezidentūros pasitraukė Vidaus politikos ir analizės grupės vadovas Lauras Bielinis, nutaręs dalyvauti Europos Parlamento (EP) rinkimuose. Prezidento patarėjas teigė apie savo sprendimą kandidatuoti į EP paneuropinės partijos "Libertas" sąraše informavęs V.Adamkų. Tačiau šalies vadovo atstovė spaudai Rita Grumadaitė tikino, jog šis L.Bielinio sprendimas prezidentui buvo netikėtas.

Šią prezidento kadenciją keitėsi ne tik politinio pasitikėjimo pareigūnai, bet ir Prezidentūroje atsakingas pareigas ėję valstybės karjeros tarnautojai.

2006 metų gruodį iš Prezidento kanclerio posto skandalingai pasitraukė Osvaldas Markevičius. Paprašytas prisiimti atsakomybę dėl prašmatnaus Prezidentūros tualetų remonto, jis prieš pasitraukdamas viešai apkaltino prezidento patarėjus spaudimu.

2006-aisiais iš Prezidentūros dar pasitraukė vyriausiosios buhalterės pareigas ėjusi Irena Bigelienė.

Antroji prezidento V.Adamkaus penkerių metų kadencija baigiasi liepos mėnesį.

Prezidento rinkimų pirmasis turas vyks gegužės 17 dieną. Antrasis turas, jei prireiks, planuojamas kartu su Europos Parlamento (EP) rinkimais birželio 7 dieną.