Nuteistųjų malonės prašymus preliminariai svarsto ir pasiūlymus dėl jų teikia Malonės komisija, kurios posėdžiams vadovauja prezidentas.

Malonės komisiją sudaro Aukščiausiojo Teismo pirmininkas, teisingumo ir vidaus reikalų ministrai, generalinis prokuroras, prezidento patarėjas valstybės ir teisės klausimais, Prezidento kanceliarijos vadovas, policijos kapelionas, Kalinių globos draugijos atstovas.