VšĮ „Vilnius – Europos kultūros sostinė 2009“ tarybą, be Vilniaus miesto savivaldybės deleguoto F. Latėno ir LR Kultūros ministerijos deleguotos Z. Kelmickaitės, sudaro Donatas Valančiauskas, Deividas Staponkus (abu deleguoti Kultūros ministerijos), Irena Veisaitė, Arvydas Šaltenis, Evalda Šiškauskienė, Arturas Liudkovskis, Jonas Juodka (visi deleguoti Vilniaus miesto savivaldybės).

VšĮ „Vilnius – Europos kultūros sostinė 2009“ taryba analizuoja ir teikia pasiūlymus dėl programos „Vilnius – Europos kultūros sostinė 2009“ įgyvendinimo, svarsto įstaigos veiklos planus ir jų įgyvendinimą, svarsto įstaigos metines ir veiklos ataskaitas bei teikia išvadas dėl jų visuotiniam dalininkų susirinkimui, atlieka kitas įstatuose numatytas funkcijas.

2008 m. vasario 6 d. LR Vyriausybės sprendimu patvirtintos nacionalinės programos „Vilnius - Europos kultūros sostinė 2009“ įgyvendinimą koordinuoja LR Kultūros ministerija ir Vilniaus m. savivaldybė. Šių dviejų institucijų įsteigta VšĮ „Vilnius – Europos kultūros sostinė 2009“ yra viena iš nacionalinės programos vykdytojų.