Jis kreipėsi į Vyriausiąjį administracinį teismą prašydamas panaikinti nepalankų Vilniaus apygardos administracinio teismo sprendimą. Gruodžio 2 dieną šie teismas konstatavo, kad rugpjūčio 13-ąją atleisdamas iš darbo V. Budniką sveikatos apsaugos ministras Konstantinas Romualdas Dobrovolskis tinkamai pritaikė įstatymus. Todėl V. Budniko skundas buvo pripažintas nepagrįstu ir atmestas.

Ministras K. R. Dobrovolskis V. Budniką atleido už tarnybinius nusižengimus, kuriais šis pareigūnas pažeidė Viešųjų ir privačių interesų derinimo valstybinėje tarnyboje įstatymą.

Ministras rėmėsi žinybinės komisijos išvadomis ir Specialiųjų tyrimų tarnybos pateiktais duomenimis, kad V. Budnikas nevengė patekti į viešųjų ir privačių interesų konfliktą. Nustatyta, kad jis naudojosi savo pareigomis asmeninei naudai gauti, tarnybiniu automobiliu važinėdavo privačiais reikalais. Liepos-rugpjūčio mėnesiais V. Budnikas atostogavo Norvegijoje ir Astrachanėje su farmacijos firmų "Marino Baltic" bei "Novartis Pharma Servines Inc" vadovais už šių kompanijų lėšas.

V. Budnikas nesutinka su Vilniaus apygardos administracinio teismo sprendimu, šio teismo darbą vadindamas "spardymu į vienus vartus". Buvusio vaistų kontrolieriaus žodžiais, teismas nesudarė jam sąlygų gintis: pavyzdžiui, teismas neskyrė ypatingo dėmesio čekiams, kuriais V.Budnikas siekė įrodyti, kad kelionėms išleistus pinigus farmacininkams jis vėliau grąžino.