Dažniausiai buvo skundžiamasi dėl galimų pažeidimų, susijusių su darbo santykiais (37 skundai), ir valdžios bei valdymo institucijų veiklos (26). 21 skundas buvo susijęs su prekėmis ir paslaugomis, 10 skundų – su švietimo įstaigų veikla.
Daugiau kaip pusė visų skundų, kai buvo galima nustatyti pareiškėjo gyvenamąją vietą, buvo iš Vilniaus apskrities (57). Iš Kauno apskrities gauta 18 skundų, Klaipėdos – 10, Šiaulių – 7, Marijampolės – 5, Alytaus – 2, Telšių – 2, Panevėžio ir Tauragės – po 1. 2006 metais visai nesiskundė Utenos apskrities gyventojai.
44 skundų tarnyba 2006 m. negalėjo nagrinėti, kaip nepriklausančių jos kompetencijai. Tokiais atvejais tarnyba besiskundžiančiam asmeniui nurodė kompetentingą instituciją – dažniausiai policiją, Sodrą, Socialinės apsaugos ir darbo ministeriją, Vaiko teisių apsaugos kontrolieriaus įstaigą, Seimo kontrolierių įstaigą, Žurnalistų etikos inspektoriaus tarnybą.
Vienas garsiausių pernai nuskambėjusių tyrimų buvo pradėtas pagal vilnietės gautą skundą dėl darbdavio seksualinio priekabiavimo. A. Burneikienė šiam asmeniui pareiškė įspėjimą – tai buvo pirmas atvejis, kai tarnyba nubaudė dėl tokio pobūdžio veiksmų.
Šis sprendimas buvo apskųstas Vyriausiajai administracinių ginčų komisijai, kuri priėmė sprendimą panaikinti kontrolierės pareikštą įspėjimą. Merginai pateikus naujų garso įrašų, tarnyba pradėjo naują tyrimą dėl seksualinio priekabiavimo vienoje sostinės statybos bendrovėje.
Nemažai atgarsių sulaukė ir tyrimas, pradėtas pagal anoniminį skundą dėl pernykščio valstybinio anglų kalbos brandos egzamino užduoties. Joje moksleiviai turėjo parašyti apie Visų Šventųjų dieną ir Kūčias. A. Burneikienė nustatė, kad abiturientai, kurie yra ne katalikai arba netikintys, egzamino metu patyrė netiesioginę diskriminaciją dėl religijos.
Kaip pažymima pranešime, skundų dėl galimos diskriminacijos nemažėja. Tarnybos veiklos pradžioje 1999 metais buvo gautas 31 skundas, 4 tyrimai buvo atlikti savo iniciatyva. 2000 metais kontrolierę pasiekė 52 skundai (5 tyrimai pradėti savo iniciatyva), 2001 metais– 63 (10), 2002 metais – 72 (34), 2003 metais – 50 (15), 2004 metais – 57 (17), 2005 metais – 128 (5).
Iš viso 1999-2006 metais Lygių galimybių kontrolierės tarnyba gavo 583 skundus ir atliko 95 tyrimus savo iniciatyva.
Per visus tarnybos gyvavimo metus kiek dažniau skųsdavosi moterys, išskyrus 2000 metus, kai vyrų skundų gauta daugiau, nei moterų.