Tačiau pastaraisiais metais joje mokėsi nedaug mokinių - mokykla yra beveik už dviejų kilometrų nuo Varputėnų kaimo ir kilometro atstumu nuo pagrindinio kelio Kuršėnai - Šaukėnai. Be to, senas pastatas reikalavo nemažai investicijų.
Šiaulių rajono savivaldybė dar 1999 metų kovą atkūrė nuosavybės teises į dvarą A.Griškevičiui, išmokant kompensaciją pinigais. Akmenų - raudonų plytų dvaro rūmai buvo įvertinti 65,7 tūkst. litų. Tų pačių metų gegužę A.Griškevičius kreipėsi į savivaldybę, prašydamas atkurti jam nuosavybės teises natūra.
Kadangi paveldėtojui piniginė kompensacija nebuvo pradėta mokėti, pernai savivaldybė nutarė iškeldinti iš dvaro mokyklą ir grąžinti nuosavybę natūra. Mokykla buvo perkelta į patį Varputėnų kaimo centrą - kultūros namus.
Jeigu Vyriausybė su tokiu šiauliečių siūlymu sutiks ir piliečiui turtas bus grąžintas natūra - valstybės biudžetas sutaupys beveik 66 tūkst. litų.